贵紫麦1号EST-SSR标记发掘利用及遗传图谱构建

发布时间：2021-03-11 07:47

　　普通小麦（2n=6x=42）作为异源六倍体作物,其基因组相对较大,且含有大量重复序列,因此开发新的分子标记不仅可以为加快开展小麦基因组研究提供新的方法及途径,也能为小麦遗传多样性分析、基因定位及分子辅助育种等研究奠定基础。本研究基于前期贵紫麦1号转录组测序结果,对测序所得总Unigenes序列进行EST-SSR标记开发,将开发的标记进行了多态性筛选、染色体定位及小麦遗传多样性分析。采用GBS技术（Genotyping-by-Sequencing,即通过测序进行基因分型）,结合筛选的部分标记,利用贵紫麦1号与中燕特大粒杂交获得的F₂代110个单株为作图群体,构建出遗传连锁图谱,并对来自于贵紫麦1号的抗白粉病基因进行了染色体定位。主要结果如下:1.基于贵紫麦1号转录组测序,共得到119,572条总Unigenes序列,利用MISA（1.0版）软件进行SSR位点检测分析,得到8,749条含微卫星位点的EST序列,占整个数据库的7.3%,平均每8.04 kb就会出现一个SSR。单^六核苷酸重复序列分别有1,906条（占总SSRs21.8%）、1,838... 

【文章来源】：贵州大学贵州省 211工程院校

【文章页数】：87 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

EST-SSR标记的开发流程

图 2 三种简化基因组方法的主要流程（Miller 等 2007；Sun 等 2013；Elshire 等 2011）（A：RAD-seq 技术的主要流程；B：SLAF-seq 技术的主要流程；C：GBS 技术的主要流程）Figure 2 The main flow of three Reduced Representation Genome Methods（Miller et al.,2007;Sun et al.,2013;Elshire et al., 2011）（A：The main flow of RAD-seq ；B：The main flow of SLAF-seq；C：The main flow of GBS-seq ）1.4.2 GBS 技术的原理GBS（Genotyping-by-Sequencing），即通过测序进行基因分型，是在第二代深度测序基础上发展而来的简化基因组测序技术中的一种方法，由 Elshire 等在2011 年提出的一种简便且适用于具高多样性物种的基因分型方法，其原理是将基因组 DNA 进行双酶切，不需要利用超声波进行随机打断，而是利用 PCR 进行片段大小的选择，对酶切片段两端序列进行高通量测序。GBS 是一种在建库策略上经过改进的简化基因组测序技术，因为 GBS 策略对建库流程进行了优化，可很大程度上减少基因组进行分析的复杂度，从而降低了测序成本；同时 GBS 不

在植物育种中利用测序进行基因分型（GBS）法的步骤示意图（He等2014）


本文编号：3076127