玉米DNA诱导的水稻变异株WGS及RNA-seq分析
发布时间：2022-02-05 04:49
外源DNA直接诱导水稻种胚细胞产生变异是分子育种的一个新途径,是创制水稻新材料新种质的便捷方法。利用基因组重测序和转录组测序的方法来研究外源DNA直接诱导水稻种胚细胞产生变异的分子机理,旨在探讨外源DNA如何对受体基因组产生作用及受体基因组的变异情况,揭示变异的内在规律,为外源DNA种胚细胞转化技术提供理论依据,为水稻分子标记辅助育种、新的功能基因发现等提供理论数据。本实验室利用种胚细胞转化法（种胚细胞诱导技术）,将玉米基因组DNA直接诱导受体水稻（日本晴）种胚细胞,获得了在株高、分蘖数、分蘖性状、穗型、根系等遗传性状上与对照相比有明显变化的变异株RMIM92。本研究首先采用全基因组重测序技术对变异株RMIM92进行高通量测序,结果表明:1、在变异株RMIM92基因组中共检测到了258条玉米DNA片段,长度在16bp-205bp之间。2、玉米片段插入到受体水稻基因组中的位置是随机的,整合到水稻基因组时多数是替换掉了不同长度的水稻序列。3、插入玉米片段的103个水稻基因中,有43个基因仅发生错义突变、3个基因仅发生剪切位点突变,33个基因发生错义突变和剪切位点突变,12个基因发生错义突变...
【文章来源】：河南师范大学河南省
【文章页数】：97 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
R92表现出的部分特异性状
测序仪进行双端测序。具体建库流程见欧易官网（www.oebiotech.c转录组 RNA 提取和质量检测期选取 R92 的剑叶和茎节，采用液氮保存法快递寄送至上海欧易生质检。组建库质检合格后的 RNA 建库，建库方法步骤见欧易官网（www.oebiotec基因组重测序分析仪下机的原始数据 raw data 按照质控标准进行质控，得到 clean data基因组作比对，比对结果进行格式转化、排序，得到待分析的比对:
SN只涉及插入和缺中的 SNINDEL数据库进行 SN2.3.8 水NP 全称单核到单个碱基缺失。基于NP 和 IND数据库，使，使用 GATNP 和 INDE水稻转录组核苷酸多态基的变异，这于样本与参DEL 位点。使用GATK软TK 软件对EL 预测。以组测序分析态性，是指基这种变异可考基因组的a.使用 pica软件对插入对突变碱基进以上流程使析基因组上单个可由单个碱基的比对结果ard 软件对入缺失位点进进行重校准使用 Church个核苷酸的基的转换或，利用 Ch对比对后的文进行重排列准。d.使用 Ghill 软件进行的变异，SN或颠换所引起hurchill/GA文件进行处列。c.根据已GATK 的 Ha行整合。NP 所表现的起。INDELATK 软件预处理。b.根据已有的SNP&aplotypecal的多L 全预测据已&INller
【参考文献】：
期刊论文
[1]野生稻基因导入系W6023对白叶枯菌的抗谱及转录组差异表达基因分析[J]. 张明伟,徐飞飞,郝巍,王春连,赵开军. 植物遗传资源学报. 2017(02)
[2]基因组重测序分析γ射线诱发水稻可遗传变异的频率与特征（英文）[J]. Shan LI,Yun-chao ZHENG,Hai-rui CUI,Hao-wei FU,Qing-yao SHU,Jian-zhong HUANG. Journal of Zhejiang University-Science B（Biomedicine & Biotechnology）. 2016(12)
[3]我国水稻分子育种研究进展[J]. 朱义旺,林雅容,陈亮. 厦门大学学报(自然科学版). 2016(05)
[4]A Comprehensive Review on RNA-seq Data Analysis[J]. Zhang Li,Liu Xuejun. Transactions of Nanjing University of Aeronautics and Astronautics. 2016(03)
[5]基于重测序的大豆新品种齐黄34的全基因组变异挖掘[J]. 张彦威,李伟,张礼凤,王彩洁,戴海英,徐冉. 中国油料作物学报. 2016(02)
[6]基因沉默技术及其在棉花中的应用[J]. 李婷,孔祥强,董合忠. 分子植物育种. 2016(04)
[7]中国北方粳型超级稻研究进展[J]. 徐正进,陈温福. 中国农业科学. 2016(02)
[8]海涂互花米草与水稻正反远缘杂交创新方法研究（英文）[J]. 陈启康,陈博,陆惠兰,周慧,梅治平. Agricultural Science & Technology. 2015(12)
[9]利用高密度SNP标记定位水稻粒形相关QTL[J]. 胡苗,孙志忠,孙学武,谭炎宁,余东,刘瑞芬,袁贵龙,丁佳,袁定阳,段美娟. 杂交水稻. 2015(05)
[10]海南疣粒野生稻基因组DNA导入与创新水稻种质[J]. 唐清杰,王效宁,云勇,邢福能,严小微. 西南农业学报. 2015(04)
博士论文
[1]核辐射诱发水稻基因组变异的特征及定向选择技术研究[D]. 李珊.浙江大学 2016
[2]小麦TaTGW6基因的克隆鉴定和功能标记开发[D]. Mamoona Hanif.中国农业科学院 2016
[3]转移远缘物种基因组DNA创新水稻种质及分子机理研究[D]. 胡远艺.中南大学 2014
[4]新型玉米矮化突变位点的鉴定及其功能分析[D]. 叶凌凤.中国农业大学 2013
[5]基于全基因组重测序技术分析水稻和菰渐渗系的基因组变异[D]. 王真慧.东北师范大学 2013
[6]BTG2相互作用CCR4-NOT蛋白质复合体的新功能研究[D]. 陈川.第三军医大学 2011
硕士论文
[1]玉米DNA诱导的18个水稻姊妹系AFLP特异序列分析[D]. 李志坤.河南师范大学 2016
[2]竹稻远缘杂交育种及雷竹SSR引物的开发[D]. 张柯柯.浙江农林大学 2015
[3]转录组测序研究水分胁迫水稻对褐飞虱Nilaparvata lugens（St（?）l）基因表达的影响[D]. 徐文彦.中国计量学院 2014
[4]玉米DNA诱导的18种水稻变异材料特异DNA条带序列分析[D]. 马亚锋.河南师范大学 2014
[5]体细胞杂种的染色体组成鉴定和农艺性状调查[D]. 叶文宣.华中农业大学 2013
[6]水稻抗褐飞虱基因的定位和分子标记辅助选择育种利用[D]. 康海燕.南京农业大学 2013
[7]下一代测序短序列比对软件算法比较及评价[D]. 尚婧.苏州大学 2013
[8]水稻在我国粮食安全中的战略地位分析[D]. 虞国平.中国农业科学院 2009
[9]一份水稻雌雄不育突变体MFS-Z9的形态特征和遗传定位[D]. 丁磊.四川农业大学 2009
[10]水稻早稳后代的遗传变异分析以及水稻与玉米远缘杂交的初步研究[D]. 薛晶晶.四川农业大学 2008
本文编号：3614592
【文章来源】：河南师范大学河南省
【文章页数】：97 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
R92表现出的部分特异性状
测序仪进行双端测序。具体建库流程见欧易官网（www.oebiotech.c转录组 RNA 提取和质量检测期选取 R92 的剑叶和茎节，采用液氮保存法快递寄送至上海欧易生质检。组建库质检合格后的 RNA 建库，建库方法步骤见欧易官网（www.oebiotec基因组重测序分析仪下机的原始数据 raw data 按照质控标准进行质控，得到 clean data基因组作比对，比对结果进行格式转化、排序，得到待分析的比对:
SN只涉及插入和缺中的 SNINDEL数据库进行 SN2.3.8 水NP 全称单核到单个碱基缺失。基于NP 和 IND数据库，使，使用 GATNP 和 INDE水稻转录组核苷酸多态基的变异，这于样本与参DEL 位点。使用GATK软TK 软件对EL 预测。以组测序分析态性，是指基这种变异可考基因组的a.使用 pica软件对插入对突变碱基进以上流程使析基因组上单个可由单个碱基的比对结果ard 软件对入缺失位点进进行重校准使用 Church个核苷酸的基的转换或，利用 Ch对比对后的文进行重排列准。d.使用 Ghill 软件进行的变异，SN或颠换所引起hurchill/GA文件进行处列。c.根据已GATK 的 Ha行整合。NP 所表现的起。INDELATK 软件预处理。b.根据已有的SNP&aplotypecal的多L 全预测据已&INller
【参考文献】：
期刊论文
[1]野生稻基因导入系W6023对白叶枯菌的抗谱及转录组差异表达基因分析[J]. 张明伟,徐飞飞,郝巍,王春连,赵开军. 植物遗传资源学报. 2017(02)
[2]基因组重测序分析γ射线诱发水稻可遗传变异的频率与特征（英文）[J]. Shan LI,Yun-chao ZHENG,Hai-rui CUI,Hao-wei FU,Qing-yao SHU,Jian-zhong HUANG. Journal of Zhejiang University-Science B（Biomedicine & Biotechnology）. 2016(12)
[3]我国水稻分子育种研究进展[J]. 朱义旺,林雅容,陈亮. 厦门大学学报(自然科学版). 2016(05)
[4]A Comprehensive Review on RNA-seq Data Analysis[J]. Zhang Li,Liu Xuejun. Transactions of Nanjing University of Aeronautics and Astronautics. 2016(03)
[5]基于重测序的大豆新品种齐黄34的全基因组变异挖掘[J]. 张彦威,李伟,张礼凤,王彩洁,戴海英,徐冉. 中国油料作物学报. 2016(02)
[6]基因沉默技术及其在棉花中的应用[J]. 李婷,孔祥强,董合忠. 分子植物育种. 2016(04)
[7]中国北方粳型超级稻研究进展[J]. 徐正进,陈温福. 中国农业科学. 2016(02)
[8]海涂互花米草与水稻正反远缘杂交创新方法研究（英文）[J]. 陈启康,陈博,陆惠兰,周慧,梅治平. Agricultural Science & Technology. 2015(12)
[9]利用高密度SNP标记定位水稻粒形相关QTL[J]. 胡苗,孙志忠,孙学武,谭炎宁,余东,刘瑞芬,袁贵龙,丁佳,袁定阳,段美娟. 杂交水稻. 2015(05)
[10]海南疣粒野生稻基因组DNA导入与创新水稻种质[J]. 唐清杰,王效宁,云勇,邢福能,严小微. 西南农业学报. 2015(04)
博士论文
[1]核辐射诱发水稻基因组变异的特征及定向选择技术研究[D]. 李珊.浙江大学 2016
[2]小麦TaTGW6基因的克隆鉴定和功能标记开发[D]. Mamoona Hanif.中国农业科学院 2016
[3]转移远缘物种基因组DNA创新水稻种质及分子机理研究[D]. 胡远艺.中南大学 2014
[4]新型玉米矮化突变位点的鉴定及其功能分析[D]. 叶凌凤.中国农业大学 2013
[5]基于全基因组重测序技术分析水稻和菰渐渗系的基因组变异[D]. 王真慧.东北师范大学 2013
[6]BTG2相互作用CCR4-NOT蛋白质复合体的新功能研究[D]. 陈川.第三军医大学 2011
硕士论文
[1]玉米DNA诱导的18个水稻姊妹系AFLP特异序列分析[D]. 李志坤.河南师范大学 2016
[2]竹稻远缘杂交育种及雷竹SSR引物的开发[D]. 张柯柯.浙江农林大学 2015
[3]转录组测序研究水分胁迫水稻对褐飞虱Nilaparvata lugens（St（?）l）基因表达的影响[D]. 徐文彦.中国计量学院 2014
[4]玉米DNA诱导的18种水稻变异材料特异DNA条带序列分析[D]. 马亚锋.河南师范大学 2014
[5]体细胞杂种的染色体组成鉴定和农艺性状调查[D]. 叶文宣.华中农业大学 2013
[6]水稻抗褐飞虱基因的定位和分子标记辅助选择育种利用[D]. 康海燕.南京农业大学 2013
[7]下一代测序短序列比对软件算法比较及评价[D]. 尚婧.苏州大学 2013
[8]水稻在我国粮食安全中的战略地位分析[D]. 虞国平.中国农业科学院 2009
[9]一份水稻雌雄不育突变体MFS-Z9的形态特征和遗传定位[D]. 丁磊.四川农业大学 2009
[10]水稻早稳后代的遗传变异分析以及水稻与玉米远缘杂交的初步研究[D]. 薛晶晶.四川农业大学 2008
本文编号：3614592
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3614592.html
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