小麦中国春全基因组转座元件的特征分析

发布时间：2023-02-18 11:52

　　转座元件也称为转座子,是一类具有跳跃能力的DNA序列。这类序列广泛分布在动植物基因组中,是基因组的主要组成部分,通过多种方式转座至基因组的其他位置从而影响下游基因表达或产生新的基因组片段,是产生变异的重要途径之一。研究转座子的特点和功能有助于认识基因组成分,并了解其在物种进化中发挥的作用。小麦中国春是异源六倍体物种,基因组庞大且主要由转座子构成,全基因组序列的获得加速了对转座子的认识,从而进一步了解小麦基因组的特征和功能以及进化过程中的多样性和保守性。中国春种植广泛,适应性强,是当前主要的粮食作物,对基因组成分的深入研究对进一步提高产量和改良品质具有重要意义。本研究比较了已有的计算分析方法,对小麦中国春基因组中的转座子进行了注释和综合分析。利用序列同源性的原理,将转座子文库中的序列和参考基因组比对,整合位置信息对中国春基因组进行转座子注释。结果发现,转座子在基因组中所占比例约为80%,主要由Gypsy,Copia,CACTA三类转座子组成。不同的亚基因组之间比较,转座子的类型和含量呈现相似的分布,总体上A亚基因组中的转座子含量较高,D亚基因组中转座子含量较低。基因组中大于90%的转座子...

【文章页数】：53 页

【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
1.引言
    1.1 .转座子的发现及分类
    1.2 .转座子的转座机制
    1.3 .高通量测序技术简介
    1.4 .转座子注释方法简介
    1.5 .转座子的表观调控机制
        1.5.1 .染色质修饰对转座子的调控
        1.5.2 .RNA干扰介导转座子沉默
    1.6 .转座子对基因组的影响
        1.6.1 .转座子影响基因组组成
        1.6.2 .转座子调控基因表达
    1.7 .小麦基因组中的转座子研究进展
2.材料与方法
    2.1 .分析数据准备
        2.1.1 .基因组和转座子文库准备
        2.1.2 .表观组学数据准备
    2.2 .对基因组进行转座子注释
        2.2.1 .利用序列同源性注释基因组转座子
        2.2.2 .利用从头注释的方法注释基因组中LTR-RTs
        2.2.3 .基因组中MITE的注释
        2.2.4 .基因组中TRIM的注释
    2.3 .CACTA转座子的分类
    2.4 .LTR-RTs介导的3’transduction注释
    2.5 .测序数据处理
3.结果与分析
    3.1 .中国春基因组中的转座子类型及分布
        3.1.1 .中国春基因组包含80%的转座子序列
        3.1.2 .主要TE家族的序列特征
        3.1.3 .LTR-RTs倾向于插入在染色体末端
        3.1.4 .DTC转座子的分类
        3.1.5 .MITE和 TRIM的注释
    3.2 .转座子介导的3’transduction现象
    3.3 .转座子区域的表观遗传修饰分析
讨论
参考文献
致谢
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本文编号：3744913