向日葵苗期抗旱性评价及全基因组关联分析

发布时间：2023-03-29 18:52

　　干旱是目前向日葵生产中影响最大的非生物胁迫之一,受干旱胁迫影响,向日葵生产及育种面临着极大的挑战。试验共收集了122份油用向日葵材料,利用SLAF-seq技术,以向日葵基因组作为参考进行酶切预测,水稻日本晴为对照进行比对,获得多态性标签,并开发大量特异性SNP,结合苗期抗旱盆栽试验,通过表型数据分析以及抗旱相关性状关联分析,鉴定供试品种抗旱性及性状显著关联位点,对显著相关位点候选基因进行功能注释,筛选可能抗旱候选基因,为进一步研究向日葵抗旱机理及分子标记辅助育种提供了理论依据。研究主要结果如下:1.干旱胁迫条件下,株高、叶片相对含水量、SPAD、叶面积、根冠比、相对电导率、根长度、根表面积及根体积9个性状均可作为向日葵苗期抗旱性鉴定指标。其中叶面积、根长、根表面积、根体积4个性状对胁迫反应更为敏感,在向日葵苗期抗旱性评价中更具有代表性。经过综合抗旱性评价,确定材料B108综合抗旱性最强。2.运用SLAF-seq技术,共获得477.76M reads数据,1,105,347个SLAF标签,其中多态性SLAF标签86,985个,共得到群体SNP标记414,692个,其中228,987个为高...

【文章页数】：56 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
1 前言
    1.1 作物抗旱机制
    1.2 向日葵抗旱性研究进展
    1.3 单核苷酸多态性(SNP)位点的开发及研究现状
        1.3.1 SNP标记开发
        1.3.2 国内外研究现状
    1.4 关联分析及其在作物育种中的研究进展
        1.4.1 连锁不平衡
        1.4.2 全基因组关联分析概述
        1.4.3 关联分析研究进展
    1.5 本研究的目的意义及技术路线
        1.5.1 研究目的与意义
        1.5.2 技术路线
2 材料与方法
    2.1 试验材料
    2.2 试验方法
        2.2.1 盆栽试验
        2.2.2 基于SLAF-seq技术开发SNP标记
    2.3 性状测定
    2.4 数据统计分析
        2.4.1 表型性状的统计分析
        2.4.2 分子数据统计分析
3 结果分析
    3.1 向日葵苗期抗旱性鉴定
        3.1.1 苗期各项指标抗旱系数对干旱胁迫响应分析
        3.1.2 各性状抗旱系数相关分析
        3.1.3 各性状抗旱系数与综合抗旱隶属函数值线性回归分析
        3.1.4 抗旱性综合评价
        3.1.5 苗期9项指标抗旱系数与综合抗旱评价D值相关分析
    3.2 SLAF-sep开发SNP标记分析
        3.2.1 酶切方案评估
        3.2.2 实验建库评估
        3.2.3 测序数据统计与评估
        3.2.4 参考基因组比对结果统计
        3.2.5 SLAF标签在向日葵染色体上的分布
        3.2.6 SNP标记开发
    3.3 全基因组关联分析
        3.3.1 不同条件下性状表型分析
        3.3.2 系统发育及亲缘关系评估
        3.3.3 群体结构分析
        3.3.4 连锁不平衡分析
        3.3.5 苗期抗旱相关性状全基因组关联分析
        3.3.6 候选基因预测分析
4 讨论
    4.1 抗旱性鉴定指标的筛选
    4.2 抗旱性评价方法
    4.3 传统分子标记局限性
    4.4 SLAF-seq在分子育种中技术优势
    4.5 遗传结构对全基因组关联分析的影响
    4.6 连锁不平衡对全基因组关联分析影响
    4.7 苗期抗旱性状全基因组关联分析检测
    4.8 抗旱候选基因
5 结论
致谢
参考文献
作者简介



本文编号：3774287