马铃薯种质资源遗传多样性研究及块茎性状的全基因组关联分析

发布时间：2023-04-03 04:41

　　马铃薯(Solanum tuberosum L.)在许多国家都是一种重要的主粮和经济作物。中国是世界马铃薯第一种植大国和生产大国,在世界马铃薯产业中起到了主导地位。为了解马铃薯种质资源的遗传多样性和群体结构,丰富目前匮乏的马铃薯基因以促进马铃薯改良,为了筛选与马铃薯块茎重要表型性状相关的SNPs位点及候选基因,同时为寻找与马铃薯生产上的主要病害之一马铃薯晚疫病抗性相关的候选基因,为马铃薯种质资源的创新利用和新品种选育提供参考依据。本研究通过简单重复序列(SSR)标记、扩增片段长度多态性(AFLP)标记技术和基于SLAF-seq技术开发出单核苷酸多态性(SNP)位点,对收集和保存的包括从世界上8个国家和国际马铃薯研究中心(CIP)及国内不同地方的288份马铃薯种质资源进行了系统的遗传多样性和群体结构研究;对4个主要块茎性状(芽眼色、芽眼深浅、肉色和皮色)进行了全基因组关联分析;进行了基于SNP标记的马铃薯种质资源抗晚疫病基因区域选择消除分析。本研究取得的主要结果如下:1.通过SSR和AFLP标记技术来评估这288份马铃薯种质资源的遗传多样性和群体结构,从20对表现多态性的SSR标记中检测...

【文章页数】：156 页

【学位级别】：博士

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摘要
Abstract
缩略语表
第一章 综述
    1.1 中国马铃薯育种发展简史
    1.2 中国马铃薯种质资源研究现状
    1.3 马铃薯种质资源的遗传多样性研究
        1.3.1 形态学标记
        1.3.2 细胞学标记
        1.3.3 生化标记
        1.3.4 分子标记
        1.3.5 马铃薯主要农艺性状的全基因组关联分析
    1.4 本研究的目的意义
第二章 基于SSR和AFLP标记的288份马铃薯种质资源遗传多样性和群体结构分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 实验材料
        2.1.2 方法
    2.2 结果与分析
        2.2.1 SSR和AFLP标记的多态性分析比较
        2.2.2 SSR和AFLP标记的聚类分析结果的比较
        2.2.3 综合两种分子标记的群体结构分析、PCA分析和聚类分析
        2.2.4 综合两种分子标记结果进行不同地区马铃薯种质资源群体间聚类分析
    2.3 讨论
第三章 基于SLAF-seq技术开发的SNP标记的马铃薯种质资源遗传多样性和群体结构分析
    3.1 材料与方法
        3.1.1 实验材料
        3.1.2 基因组DNA的提取
        3.1.3 酶切建库
        3.1.4 测序数据统计与质量分析
        3.1.5 实验建库评估
        3.1.6 SLAF标签的获得和SNP标记的开发
        3.1.7 数据的统计与分析
    3.2 结果与分析
        3.2.1 酶切方案评估
        3.2.2 测序数据统计与质量分析
        3.2.3 实验建库评估
        3.2.4 SLAF标签的获得和SNP标记的开发
        3.2.5 遗传进化分析
    3.3 讨论
第四章 基于SNP标记的马铃薯种质资源主要块茎性状的全基因组关联分析
    4.1 材料与方法
        4.1.1 实验材料
        4.1.2 方法
    4.2 结果与分析
        4.2.1 芽眼色性状的关联分析
        4.2.2 芽眼深浅性状的关联分析
        4.2.3 肉色性状的关联分析
        4.2.4 皮色性状的关联分析
    4.3 讨论
第五章 基于SNP标记的马铃薯种质资源抗晚疫病基因选择分析
    5.1 材料与方法
        5.1.1 实验材料
        5.1.2 方法
    5.2 结果与分析
        5.2.1 抗病性鉴定结果统计
        5.2.2 Fst群体选择清除分析
    5.3 讨论
第六章 结论
参考文献
附录
致谢
个人简介



本文编号：3780679