基于CAPSS的糜子BAC克隆在参考基因组上定位

发布时间：2023-04-29 22:02

　　糜子是中国传统“五谷”之一,抗旱耐贫瘠,是干旱半干旱地区的重要作物。目前已有两个糜子品种的参考基因组发表。这两个基因组主要是以全基因组鸟枪法测序策略结合Illumina测序技术、PacBio测序技术、HiC技术和图谱技术完成的,其组装质量较好。BAC文库作为一种基因组资源,在基因组完善、功能基因研究、基因组比较等方面起着重要作用。本研究的主要目的是将糜子BAC文库与参考基因组进行整合,以便最大程度地利用BAC文库资源。本研究以糜子BAC文库中的9216个克隆为材料,利用CAPSS(克隆矩阵混合池鸟枪测序)策略和Illumina测序技术,经过两种途径解析BAC末端序列,最终将8262个BAC克隆定位到糜子参考基因组上,成功率为89.65%。其中通过双末端定位的克隆有5391个,通过单末端定位的克隆有2871个。随机挑拣55个BAC克隆通过Sanger法验证定位的准确性,其中54个BAC定位结果与其一致。通过BAC双末端定位结果,估计文库的平均插入片段大小为123.48 kb。通过将BAC末端序列与细胞器基因组进行比对,发现了 14个来自叶绿体基因组的BAC克隆,但没有发现属于线粒体基因组...

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
缩略词表
1 前言
    1.1 基因组测序技术的发展
        1.1.1 Roche 454测序平台
        1.1.2 ABI SOLiD测序平台
        1.1.3 Solexa测序平台
        1.1.4 PacBio测序平台
        1.1.5 Oxford Nanopore测序平台
    1.2 全基因组测序策略的发展
    1.3 全基因组辅助拼装技术
    1.4 基因组文库
        1.4.1 基因组文库的类型
        1.4.2 基因组文库的应用
    1.5 糜子的简介
    1.6 研究目的和意义
    1.7 研究策略
2 材料与方法
    2.1 实验材料
    2.2 实验仪器与试剂
    2.3 数据分析工具
    2.4 BAC混合池NGS文库构建
        2.4.1 BAC二级混合池构建
        2.4.2 BAC混合池DNA制备
        2.4.3 Illumina测序文库构建
        2.4.4 实时荧光定量PCR测定相对浓度
    2.5 BAC末端序列解析方法
    2.6 BAC末端序列重复序列注释
    2.7 BAC克隆在陇糜4号基因组中的定位
    2.8 基于JBrowse展示BAC信息
    2.9 Sanger法验证BAC末端序列
    2.10 鉴定叶绿体和线粒体BAC克隆
3 结果和分析
    3.1 二级混合池测序文库构建
    3.2 测序数据预处理
    3.3 糜子BAC短末端序列解析
    3.4 二级混合池NGS数据组装与长末端序列解析
    3.5 糜子BAC末端序列中重复序列注释
    3.6 糜子BAC末端序列与陇糜4号基因组比对及定位
    3.7 Sanger测序验证BAC定位
    3.8 细胞器BAC克隆鉴定
4 讨论
    4.1 大肠杆菌基因组污染
    4.2 质量控制和污染去除是数据分析前的重要步骤
    4.3 末端序列解析过程中软件的选择
    4.4 BAC末端序列定位中的问题
    4.5 关于细胞器基因组
参考文献
附录1 试剂配方
附录2 BAC质粒制备(用于BAC末端测序)
附录3 二级混合池统计
附录4 用于NGS建库的引物序列
致谢



本文编号：3805827