基于BSA技术的水稻(Oryza sativa L.)粒长基因初步定位及候选基因分析
发布时间:2024-02-18 04:18
水稻是主要的粮食作物之一,它的籽粒是主要的经济产品,其粒型既影响水稻产量,也影响稻米品质。挖掘粒长基因,可以为水稻产量的提高、稻米品质的改善提供理论基础。本研究利用小粒矮秆野生稻品系S18和长粒栽培稻品系KJ01组配杂种F1,构建分离群体F2。对F2群体构建极端短粒与极端长粒DNA混合池,然后进行BSA(Bulked Segregant Analysis,群体分离分析法)分析及候选基因的生物信息学分析。研究结果如下:(1)F1表现为中间型偏短粒,F2群体的籽粒长度频率近似呈正态连续分布。说明粒长属于典型的数量性状,该群体中存在控制粒长性状的主效基因。(2)DNA混合池高通量测序结果表明:四个样品共获得100.22Gbp(Clean Data),Q30达到93.88%以上。样品与参考基因组的平均比对率为96.64%,平均覆盖深度为55X,基因组覆盖度为96.51%。通过与参考基因组比较,长粒混合池和短粒混合池分别检测到2136482个SNP、2216645个SNP,其中转换和颠换...
【文章页数】:61 页
【学位级别】:硕士
【文章目录】:
摘要
abstract
1 前言
1.1 水稻粒长基因的研究进展
1.1.1 数量性状研究方法的进展
1.1.2 粒长基因的QTL定位
1.1.3 水稻粒长基因克隆及其功能分析
1.1.4 水稻粒长基因在分子育种中的应用
1.2 研究目的和技术路线
1.2.1 研究目的和意义
1.2.2 技术路线
2 材料与方法
2.1 材料
2.2 试验方法
2.2.1 主要试剂配置
2.2.2 粒长极端混池的构建
2.2.2.1 水稻粒长测量
2.2.2.2 DNA的提取
2.2.3 Illumina测序及数据分析
2.2.3.1 Illumina测序流程
2.2.3.2 测序数据质量分布和过滤
2.2.3.3 SNP结果注释
2.2.3.4 DNA水平的变异基因功能注释
2.2.4 BSA分析方法
2.2.4.1 SNP-index方法原理
2.2.4.2 欧氏距离方法原理
2.2.5 RT-PCR
2.2.5.1 所需引物
2.2.5.2 幼穗的采集
2.2.5.3 总RNA的提取
2.2.5.4 候选基因cDNA的合成
2.2.5.5 RT-PCR
3 结果与分析
3.1 亲本及其F2群体的农艺性状调查
3.2 测序数据质量
3.3 SNP检测与注释
3.3.1 SNP检测
3.3.2 SNP注释
3.4 BSA关联分析
3.4.1 SNP-index方法关联结果
3.4.2 ED方法关联结果
3.5 关联区域基因功能注释
3.5.1 候选区域内SNP功能注释
3.5.2 非同义突变基因功能注释
3.6 候选基因表达量分析
3.7 长粒亲本的RNA表达分析
4 讨论与结论
4.1 讨论
4.1.1 BSA技术的应用
4.1.2 粒长候选基因筛选
4.2 结论
致谢
参考文献
附录A
附录B
本文编号:3901886
【文章页数】:61 页
【学位级别】:硕士
【文章目录】:
摘要
abstract
1 前言
1.1 水稻粒长基因的研究进展
1.1.1 数量性状研究方法的进展
1.1.2 粒长基因的QTL定位
1.1.3 水稻粒长基因克隆及其功能分析
1.1.4 水稻粒长基因在分子育种中的应用
1.2 研究目的和技术路线
1.2.1 研究目的和意义
1.2.2 技术路线
2 材料与方法
2.1 材料
2.2 试验方法
2.2.1 主要试剂配置
2.2.2 粒长极端混池的构建
2.2.2.1 水稻粒长测量
2.2.2.2 DNA的提取
2.2.3 Illumina测序及数据分析
2.2.3.1 Illumina测序流程
2.2.3.2 测序数据质量分布和过滤
2.2.3.3 SNP结果注释
2.2.3.4 DNA水平的变异基因功能注释
2.2.4 BSA分析方法
2.2.4.1 SNP-index方法原理
2.2.4.2 欧氏距离方法原理
2.2.5 RT-PCR
2.2.5.1 所需引物
2.2.5.2 幼穗的采集
2.2.5.3 总RNA的提取
2.2.5.4 候选基因cDNA的合成
2.2.5.5 RT-PCR
3 结果与分析
3.1 亲本及其F2群体的农艺性状调查
3.2 测序数据质量
3.3 SNP检测与注释
3.3.1 SNP检测
3.3.2 SNP注释
3.4 BSA关联分析
3.4.1 SNP-index方法关联结果
3.4.2 ED方法关联结果
3.5 关联区域基因功能注释
3.5.1 候选区域内SNP功能注释
3.5.2 非同义突变基因功能注释
3.6 候选基因表达量分析
3.7 长粒亲本的RNA表达分析
4 讨论与结论
4.1 讨论
4.1.1 BSA技术的应用
4.1.2 粒长候选基因筛选
4.2 结论
致谢
参考文献
附录A
附录B
本文编号:3901886
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