缢蛏亲子鉴定技术及遗传连锁图谱的构建

发布时间：2020-04-01 22:35

【摘要】：缢蛏具有很高的经济价值,其养殖的历史悠久。分子标记辅助育种较传统养殖模式,能大大提高缢蛏养殖的效率。建立高密度缢蛏遗传连锁图谱,能对缢蛏分子辅助育种起到有效的帮助。本实验在开发了微卫星标记和SLAF标记的基础上,建立了缢蛏家系亲子鉴定技术,构建了缢蛏遗传图谱。主要研究内容如下:1.通过磁珠富集对微卫星文库进行构建,设计并开发400对引物,筛选并合成了30对微卫星引物,用12个缢蛏个体对18个微卫星引物进行多态性分析。18对微卫星引物在12个个体中等位基因为2~6,平均每对等位基因为3.00,位点G_ScSSR110等位基因最多,为6个;观测杂合度在0.000~1.000之间,平均值为0.5813;期望杂合度0.290~0.779,平均值为0.5284;多态信息含量为0.239~0.703,平均值0.4322。选取其中8对多态性较高的引物,对作图家系进行亲子鉴定,8个微卫星位点的亲子标记排除率,当两个亲本基因型未知的情况下,单个亲本排除率(E-1P)为0.583~0.916,平均值为0.7900;当一个亲本基因型已知的情况下,另一个亲本的排除率(E-2P)为0.406~0.830,平均值为0.6539。排除错配在1对引物以上的子代个体,鉴定出其中154个个体属于同一家系。2.通过磁珠富集法开发并了400对引物,通过筛选得到30个多态性标记;同时搜索EST库得到2010个微卫星引物序列,筛选五核苷酸、四核苷酸、三核苷酸序列得429个标记,对其基因组位点分析得到144个多态性标记。整合磁珠富集法和EST库中得到的微卫星引物共174对,剔除纯合微卫星标记,作图标记129个,上图标记70个,图遗传图谱长度为400.94 cM,连锁群长度范围0.91~60.66 cM;平均距离为10.97 cM,谱覆盖率为8.8%。3.利用SLAF-seq技术建立SLAF文库,开发315533个SLAF标记,多态性SLAF标记共有144920个,多态性比例达到45.93%。根据基因型编码规则对本实验获得的144920个多态性SLAF标记编码基因型,有96655个标记成功编码。筛选出的8212个SLAF标记,共上图7516个,上图率为91.52%,最终得到总图距2383.85 cM的遗传图谱,每条连锁群上标记的遗传平均距离为0.27 cM。19条连锁群的雄性遗传图谱,上图标记4189个,平均每个连锁群包含220个标记,连锁群标记范围61~389个;图谱总长度1815.64 cM,连锁群上标记的遗传平均距离为0.44 cM。雌性图谱上图标记4180个,平均每个连锁群包含220个标记,连锁群标记范围55~427个;图谱总长度2731.31 cM,连锁群长度范围在90.30~207.10 cM,连锁群上标记的遗传平均距离为0.78cM。将SSR标记与SNP标记进行整合得到缢蛏中性高密遗传连锁图谱,共上图7637个,总图距为2345.50 cM,连锁群长度范围在65.53~167.41 cM,连锁群上标记的遗传平均距离为0.31 cM。雄性遗传图谱,上图标记4281个,图谱总长度1693.33 cM,连锁群长度范围在82.68~211.15 cM,连锁群上标记的遗传平均距离为0.40 cM。雌性图谱上图标记4266个,图谱总长度2884.64 cM,连锁群长度范围在82.68~211.15 cM,连锁群上标记的遗传平均距离为0.68 cM。
【图文】：

图 2-1 基因组 DNA 凝胶电泳图Fig.2-1 Genomic DNA2.2.2 引物设计结果经过磁珠富集，在缢蛏微卫星文库中得到605个阳性克隆并测序，再PrimerSelect软件对测序结果进行引物设计，最后设计得到微卫星引物400对。2.2.3 微卫星引物筛选结果用 Sequencher 软件对五核苷酸、四核甘酸、三核苷酸重复微卫星序列，进去除接头及载体序列的操作，设计并合成引物 50 对。用 3 个缢蛏基因组 DNA 普通引物进行 PCR 扩增，PCR 产物用 2%琼脂糖凝胶电泳对进行检测，结果其20 对引物有明显清晰的条带。送上海迈浦生物有限公司，用 FAM 和 HEX 两种光基团对这 20 对引物 5 端进行修饰，合成荧光引物。得到的 20 对荧光引物，

图 2-2 部分微卫星引物初步筛选凝胶电泳图Fig.2-2 Microsatellite primers gel electrophoresis2.2.4 微卫星多态性引物对群体遗传评估分析用 Cervus 3.0 对这 18 对引物进行进行遗传多样性分析。 结果显示，18 对卫星引物在 12 个个体中等位基因为 2～6，平均每对等位基因为 3.00，位G_ScSSR110 等位基因最多，为 6 个；观测杂合度在 0.000～1.000 之间，平均值0.5813；期望杂合度 0.290～0.779，平均值为 0.5284；多态信息含量为 0.239～0.70平均值 0.4322。并且当两个亲本基因型未知的情况下，单个亲本排除率（E-1为 0.658～0.961，，平均值为 0.8409；当一个亲本基因型已知的情况下，另一个亲排除率（E-2P）为 0.479～0.880，平均值为 0.7291。当一个微卫星标记在各个位的亲缘排除率越高时，则说明该标记适合用于家系的亲子鉴定。引物信息见表 218 对缢蛏微卫星引物遗传参数见表 2-2。
【学位授予单位】：上海海洋大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S917.4

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本文编号：2611042