基于SSR标记的菲律宾蛤仔DNA指纹图谱构建及软件开发

发布时间：2020-04-02 01:37

【摘要】：菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)是我国四大养殖贝类之一,目前我国北方蛤仔养殖海区的苗种90%以上来自南方。由于长期地理隔绝,不同地理群体之间在形态、生物学及遗传性状存在差异。南方群体大量移养北方后,占领当地土著群体蛤仔生态位,加之人类无序捕捞,导致当地土著群体频临灭绝,对当地群体遗传结构产生影响,遗传多样性丧失。因此,蛤仔土著群体的种质资源保护已迫在眉睫。基于蛤仔SSR分子遗传标记,构建不同群体蛤仔DNA指纹图谱及数字化指纹数据库,实现不同群体蛤仔的种群识别、亲子鉴定、品种纯度和真伪鉴定的计算机化遗传鉴定。对蛤仔土著群体种质资源保护提供有力保障。本实验共筛选了微卫星引物66对,其中43对引物在实验的6个群体中有特异扩增条带,扩增成功率达65.15%,20对微卫星引物具有群体间相容性高、多态性良好的特征,对菲律宾蛤仔6群体共300个样品进行扩增分析,共检测到518个等位基因。在6个群体中,斑马蛤、福建连江、广西北海、辽宁营口、山东莱州以及天津群体的平均等位基因数(Na)在4.75-5.7之间。平均期望杂合度(He)在0.7011-0.7539之间。在天津(0.8660)中检测到20个位点的最高值,而在广西北海(0.4446)中最低值。微卫星位点的PIC值在0.3922~0.8444之间;在山东莱州群体中RPg15608的PIC最大,为0.8444;天津群体中RPg16975的PIC值最小,为0.3922。在山东莱州、辽宁营口、福建连江、斑马蛤群体中20个位点均表现为高度多态,高度多态的位点百分率均为100%;在广西北海群体中高度多态的位点百分率为95%;在天津群体中高度多态的位点百分率为90%。2个标记(RPg15429,RPg15608)在6个群体中的PIC值均大于0.7,这2个标记可作为有效的遗传标记。平均多态信息含量(PIC)在0.6421-0.7068之间。这六个群体的遗传多样性为山东莱州斑马蛤福建连江广西北海天津辽宁营口。大部分存在显著或极显著偏离哈代-温伯格定律,说明微卫星引物在种群中可能存在无效等位基因,同时也表明本文检测的六个群体很可能存在近交现象。计算菲律宾蛤仔6个群体间的Nei's相似性以及遗传距离,Nei's相似系数为0.6591-0.8472遗传距离为01659-1.4169,福建连江和辽宁营口相似性系数最高,为0.8472,福建连江和天津遗传相似性最低,为0.6591。在此基础上,首次构建了不同地理群体的菲律宾蛤仔DNA指纹图谱,开发出两种软件:一种是网页版软件;另一种为单机版程序软件。网页版软件的优点是操作简单,不需要下载,有网络即可进行操作;缺点则是需要使用MATLAB软件,修改文件格式,在没有网络的情况下不能够进行操作,有一定局限性。单机版软件,使用者下载后可以在没有网络的情况下进行操作,并且不需要使用MATLAB软件将等位基因频率数据库的格式进行更改,直接在EXCEL软件中录入数据库,最后导入到该程序中可立刻得到相似度矩阵,操作简单方便,精确到小数点后6位,得到结果更加准确。
【图文】：

琼脂糖电泳,基因组DNA,微卫星引物,群体

图 2-1 基因组 DNA 琼脂糖电泳图M：DL2000 分子量标准；1-24：基因组 DNA 样品Fig 2-1 Genomic DNA samples detected on agarose gelM: DL2000 DNA marker; 1-24: genomic DNA samples4.2 6 个群体菲律宾蛤仔的 SSR 扩增结果本实验共计筛选了微卫星引物 66 对，其中 43 对引物在实验的 6 个群体中有特异扩增条带，扩增成功率达 65.15%，其中 20 对微卫星引物具有群体间相容性高、多态性良好的特征。微卫星引物的特征性描述如表 2-1，利用这 20 对微卫星引物对菲律宾蛤仔 6 群体共 300 个样品进行扩增分析，，二十个微卫星位点共检测到 518 个等位基因。4.2.1 等位基因数（Na）、期望杂合度（He）及多态信息含量（PIC）本研究采用 20 个微卫星标记，六个群体共监测到等位基因 518 个。在 6 个

指纹图谱,群体,引物,图谱

从微卫星指纹图谱(图 1-1)中，我们筛选到 2 个特异的微卫星标记(RPg16260和 RPg15246)可用于菲律宾蛤仔群体的区分，通过多次相同引物对应不同群体中随机个体进行实验，产生的特异性条带 RPg16260 和 RPg15246 分别可将广西北海菲律宾蛤仔群体和斑马喴群体直接鉴定，其部分结果见图 2-2。
【学位授予单位】：大连海洋大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S917.4

【参考文献】