微卫星标记应用于克氏原螯虾的半同胞家系分析和亲子鉴定

发布时间：2020-07-24 08:19

【摘要】：本文选用10个微卫星位点对克氏原螯虾的半同胞家系进行分析和亲子鉴定,首先用10个微卫星位点对随机选取48个克氏原螯虾个体进行多态性检测,计算出48个个体在10个微卫星位点基因座上的平均观测杂合度0.3455,平均期望杂合度为0.6224,平均香农指数为1.1335,平均多态信息含量是0.5656,根据检测结果,获得了个体之间的遗传距离并且绘制了 UPGMA聚类分析图,结果表明基于克氏原螯虾的这10个微卫星位点的多态性可以测量出各个个体间的遗传距离,这10个微卫星位点可以应用于克氏原螯虾遗传多样性的分析。在半同胞家系分析中,人工建立半同胞家系,对随机选取的成年的三个雌虾和两个公虾放入同一个水缸内让其自由交配,三个雌虾分别抱卵后,从这三个家系中分别取14、14、15个子代及对应的亲本进行3个微卫星位点的基因型检测,对检测结果利用GERUD2.0软件分析,显示第一个半同胞家系内的子代最少有两个父本,第二个半同胞家系内的子代最少有三个父本,第三个半同胞家系内的子代最少有四个父本,证明了克氏原螯虾的交配方式是一对多进行的,同时也说明在实验前,雌虾已经和其他雄虾交配过。在亲子鉴定的实验中,实验材料为在半同胞家系实验中的材料,由于一个雌虾可以和多个雄虾进行交配,产生的后代可以有多个父本,1号和2号为可疑父本,3号为第一个母本,从4号到17号为3号的子代,18号为第二个母本,19号到32号为18号的子代,33号为第三个母本,34号到48号为33号的子代。利用CERVUS3.0软件计算这10个微卫星位点的观测杂合度范围为0.354-0.896,期望杂合度范围为0.588-0.807,平均期望杂合度为0.7193,多态信息含量为0.521-0.767,平均多态信息含量为0.6662,平均每个位点有5.6个等位基因。测量这10个微卫星位点亲子排除率是:当两个亲本基因型未知时,则测得每一个位点的亲本排除率(E-1P)范围是0.177-0.417;当一个亲本基因型已知时,测得另一个亲本的排除率(E-2P)范围是0.325-0.596;测得一对亲本组合的双亲排除率(E-PP)是0.487-0.794,则10个微卫星位点的第一亲本累计非父排除概率是0.97616685,第二亲本的累计非父排除概率是0.99869019,双亲的累计排除概率是0.99998479。进一步的模拟分析,当双亲性别知道时,模拟子代选取10000个,候选母本是3,候选父本是2,亲本和子代的模拟配对率为100%;在双亲性别未知时,以100%的鉴定率和95%的置信度标准下,这10个微卫星位点可在最多有45个亲本并且双亲未知的情况下做亲子鉴定,已经满足了大多数的同塘繁育实验需求。在亲权鉴定时,结果显示两个可疑父本都不是这43个子代的亲生父本,这43个子代都找到了母本,4号到17号这14个子代的母本是3号个体,19号到32号这14个子代的母本18号个体,34号到48号这15个子代的母本是33号个体。测量这48个克氏原螯虾的遗传距离,然后根据遗传距离绘制了 UPGMA聚类分析图也证明了这两个可疑父本不是仔虾的生父,亲权鉴定结果和UPGNA聚类分析图相符合,表明这10个微卫星位点可以应用于克氏原螯虾的亲子鉴定。基于获得的三个半同胞家系遗传分析数据,本文提出了一种有效的鉴别克氏原螯虾不同家系的分子标记方法,在前述亲子鉴定的实验中我们得出三个半同胞家系的亲本没有任何关系,是完全独立的三个半同胞家系,我们用遗传分析软件Population软件分析这三个家系个体之间的遗传距离并构建UPGMA进化树,通过Population软件计算出半同胞家系或全同胞家系个体之间的遗传距离值域是小于0.579289,若两个个体之间的遗传距离小于0.579289,我们则考虑这两个个体是全同胞关系或者半同胞关系,从而避免了个体之间的近亲繁殖,从UPGMA进化树同样可以看出来自不同家系的个体聚类在不同分枝上,这个有效的区分不同家系的个体的方法为克氏原螯虾的选育和防止近亲繁殖提供了理论基础。
【学位授予单位】：南京农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S917.4
【图文】：

电泳图谱,引物,微卫星位点,实验结果

２．２实验结果与统计分析逡逑２．２．１实验结果逡逑对４８个克氏原桯邮个体共进行了邋１０个微卫星位点的检测，图２－１为引物ＰＣ１Ｇ０７逡逑的ＰＡＧＥ电泳图谱，图２－２为引物ＰｃｌＧ２７的ＰＡＧＥ电泳图谱，图谱显示，检测的４８个逡逑克氏原呡邱个体在送１０个微卫星位点多态性丰富，条带清晰，易于分辨，结果稳定。逡逑＿＾滋？逦２ｉ＇－｜邋ka售’瓣屋Ｉ逦Ｊ塞’置S茫⊙藻危桑翦巍ⅲ巢停洌澹矗常澹矗矗危畺躿摹觥危矗卞濉停唬义贤迹玻卞澹校悖欤牵埃芬锒钥耸显瓍萦矢鎏澹ǎ危铮玻担危铮矗福┑睦┰鼋峁义希疲椋纾玻卞澹裕瑁邋澹幔恚穑欤椋妫椋悖幔簦椋锎蝈澹猓幔睿溴澹铮驽澹校悖欤牵埃峰澹穑颍椋恚澹蝈澹妫铮蝈澹危铮玻担危铮矗稿澹椋睿洌椋觯椋洌酰幔欤箦澹铮驽澹郑铮慊茫悖茫愦蝈义献ⅲ海湾逦澹停幔颍耄澹颍澹保担板搴湾澹保埃板宸直鹬稿澹保担埃猓疱搴湾澹欤希希猓稹ｅ义希危铮簦唬澹哄澹裕瑁邋澹湾澹椋箦澹停幔颍耄澹颍邋澹保担板澹椋箦澹保担埃猓穑邋澹保埃板澹椋箦澹欤希希猓穑义希常佩澹湾宥浚垮澹慈矗峰危矗卞危停义贤迹玻玻校悖欤牵玻芬锒钥耸显瓩邮个体（Ｎｏ．２５－Ｎｏ．４８）的扩增结果逡逑Ｆｉｇ．２－２邋Ｔｈｅ邋ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ邋ｂａｎｄ邋ｏｆ邋ＰｃｌＧ２７邋ｐｒｉｍｅｒ邋ｆｏｒ邋Ｎｏ．２５－Ｎｏ．４８邋ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ邋ｏｆＰｒｏｃａｍｂｎｉｓ邋ｃｌａｒｋｉｉ逡逑注！邋Ｍ邋为邋Ｍａｒｋｅｒ，邋１００邋和邋１５０邋分别指邋ｌＯＯｂｐ邋和邋１５０ｂｐ。逡逑Ｎｏｔｅ：邋Ｔｈｅ邋Ｍ邋ｉｓ邋Ｍａｒｋｅｒ

引物,条带

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【参考文献】