华南及邻近地区不同群体大刺鳅的遗传多样性及亲缘地理研究

发布时间：2020-08-06 14:46

【摘要】：大刺鳅(Mastacembelus armatus)隶属于合鳃目(Symbranchiformes)刺鳅科(Mastacembelidae)刺鳅属(Mastacembelus),是一种很重要的经济鱼类。本研究利用大刺鳅近缘种的ESTs序列,开发核基因序列标记,利用核基因序列标记联合线粒体序列标记,对华南及邻近地区的大刺鳅的遗传多样性,遗传结构,亲缘关系进行探讨,为大刺鳅的种质资源保护提供基础资料,同时探讨了亚洲刺鳅属的系统发育关系。研究结果如下:1.利用黄鳝的EST序列与参考基因组进行比对,筛选出可以用于大刺鳅群体分析的EPICs引物,总共筛选了52对EPICs的引物,其中,稳定扩增的有26对,可用于大刺鳅群体分析的有7对。这7对引物的平均遗传距离在0.250~1.222之间,平均核苷酸差异数在0.222~1.222之间。本研究的引物开发方法可以快速找到适合种群研究的核基因序列标记,是一种简单快捷的开发方法。2.基于线粒体COI对不同野生群体进行分析,探讨不同群体的遗传多样性、遗传结构和系统地理学。华南及邻近地区9个群体的大刺鳅总体的Hd=0.768,Pi=0.00578,显示出较高的遗传多样性。仁化和恩平群体的单倍型多样性较高,核苷酸多样性也高。龙岩、增城和红河群体单倍型多样性高,核苷酸多样性较低。五华、潮州和百色的单倍型多样性和核苷酸多样性都低。龙岩、五华、潮州和增城群体与其它群体出现高度分化,可能原因是由韩江水系的特殊地理位置造成的。3.本研究用自主研发的两对EPICs和一对内含子标记LWS核基因序列标记,对大刺鳅群体进行群体遗传学、系统发生学和亲缘地理学分析。由联合序列(mtDNA和nDNA)构建的最大似然树可知,可以分为三支。其中,龙岩、五华、潮州和增城可以为一支,仁化、恩平和红河为一支,屯昌单独为一支。基于遗传距离的AIS分析发现,东西部之间产生了明显的遗传分化。南渡江与其它群体在群体遗传结构中,属于陆岛模式,基因流主要是陆地流向岛屿。推测红河群体可能为大刺鳅的扩散中心,一方面经珠江水系向东扩散,另一方面由北部湾沿海区域扩散至南渡江。环境因子的相关分析表明,观测杂合度与累年年最多降水量和累年年降水量平均差显著相关。4.探究了EPICs引物在近缘种中的扩增效率,发现在4种刺鳅科鱼类中的扩增效率整体大于50%。利用核基因(S7)来探究刺鳅属系统发育关系,发现明显分为4个支系,且大刺鳅与网纹刺鳅(M.favus)的亲缘关系较近。
【学位授予单位】：广州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S917.4
【图文】：

图 1-1 大刺鳅的世界分布gure1-1: The entire distribution of Mastacembelus armatus in global scale.The map derived from http://www.discoverlife.org.

大刺鳅侧面图

图 2-1 大刺鳅采样地点示意图Figure 2-1 Sampling sites of M. armatus注：本图为五个省份（云南省、广东省、广西壮族自治区、海南省和福建省）的截取部分和部分河流。Note: this picture is the interception part of five provinces (Yunnan, Guangdong, the

【参考文献】

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本文编号：2782554