凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）亲虾性腺转录组分析及雌雄性腺差异表达基因鉴定

发布时间：2020-11-03 21:10

　　 凡纳滨对虾是我国乃至世界海水养殖的主导品种,但目前凡纳滨对虾的基础研究薄弱,特别是繁殖分子机理的研究尚缺。本研究对不同发育时期的凡纳滨对虾雌雄性腺组织进行转录组测序和分析,鉴定性别差异表达的功能基因。通过雄性亲虾精巢(Testis)、剪眼柄前雌性亲虾卵巢(Ovary)及剪眼柄后 1 天(1 Day afer Eyestalk Ablation Ovary,1DaEAO)、6 天(6 Days afer Eyestalk Ablation Ovary,6DaEAO)的雌性亲虾卵巢等4个样品的转录组测序,共获得原始序列249,107,536条,经质量控制、过滤和de novo组装后,获得凡纳滨对虾性腺表达Unigenes 65,218个,平均长度1,021bp,N50达到2,000bp。注释到NR,NT,Swiss-Prot,KEGG,(COG,GO库的Unigenes 数量和比例分别是 26,482 个(87.39%),14,626 个(48.26%),23,062个(76.10%),20,659 个(68.17%),11,935 个(39.38%),12,320 个(40.65%)。对GO数据库注释的12,320个Unigenes进行了 GO分类,其中分属于分子功能、细胞组分和生物过程的Unigenes数分别为9,884个、19,939个和34,317个。注释到KEGG库的20,659个Unigenes映射到258个代谢通路上,定位基因最多的三个通路分别为代谢、RNA转运和微丝骨架的调控。对卵巢(Ovary)和精巢(Testis)中的基因表达情况进行比较,发现22,808个Unigenes呈现了性别特异性或差异性表达。其中3,529个在卵巢中上调表达,另外19,279个在精巢中上调表达。经过富集分析,得到414个精巢上调表达 DEGs(differentially expressed genes)富集的 GO terms 和 646 个卵巢上调表达DEGs富集的GO terms,以及34个性别差异基因富集的代谢途径。通过实时定量PCR验证,我们鉴定获得9个卵巢特异表达,6个精巢特异表达、45个精巢上调表达和39个卵巢上调表达的Unigenes。另外,在10,411 个 Unigenes 序列中找到 13,223 个 SSRs,其中 2,192 个 Unigenes 包含多个SSR位点。本研究充实了凡纳滨对虾分子遗传信息数据库,并为其繁殖性状的分子调控机理解析与应用建立了基础,挖掘的SSR标记可用于功能基因组研究和分子育种新技术的研发。
【学位单位】：广西大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2017
【中图分类】：S917.4
【部分图文】：

３结果与分析??３．１?ＲＮＡ质检结果??样品电泳条带清晰，５Ｓ较弱，没有明显降解现象（图３－１）。总量均可以满足后续??实验要求（表３－１）。检测结果均可以为类型Ａ。??ｈｉ＾ｈｐ＾?＾?ｉ＾＾ｈｉｉｉｉｉ＾＾ｈｈ＾ｉｈｈｅ＇＇?ｖ?”??图３－１凡纳滨对奸总ＲＮＡ电泳图??Ｆｉｇ?３－１?Ｔｈｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｇｒａｍ?ｏｆ?ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ｅｘｔｒａｃｔｅｄ?ｆｒｏｍ?Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ?ｖａｎｎａｍｅｉ??ＮａｎｏＤｒｏｐ?ＮＤ－２０００超微量分光光度计检测浓度和纯度，结果如下：??表３－１凡纳滨对虾总ＲＮＡ样品浓度和纯度??Ｔａｂｌｅ?３－１?Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ?ａｎｄ?ｐｕｒｉｔｙ?ｏｆ?ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ｅｘｔｒａｃｔｅｄ?ｆｒｏｍ?Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ?ｖａｎｎａｍｅｉ??浓度?ＯＤ??编号?实验名称?总量（Ｍｇ）??（ｎｇ／｜ＪＬ）?２６０／２８０???１?ＴｅｓｔｉｓＡ?１７８４．９?２．０９?８９．２??２?ＴｅｓｔｉｓＢ?２４５２．３?２．０

６ＤａＥＡＯ?文库得到?６３，７８２，３４４、６０，３００，５４２、５８，１９５，３８０?和６１，０４８，９４８?的（＾３１１代还￡１８。组??装结果总?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ６５，２１８?个，总长?６６，５８７．５８ｍｂ，平均长度?ｌ，０２１ｂｐ，Ｎ５０?达到?２，０００?ｂｐ??（表３－３）。Ｕｎｉｇｅｎｅｓ的长度分布见图３－２。??表３－３组装质量统计??Ｔａｂｌｅ?３－３?Ａｓｓｅｍｂｌｉｎｇ?ｑｕａｌｉｔｙ?ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ??Ｕｎｉｇｅｎｅｓ?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ??ｃｌｅａｎ?ｒｅａｄｓ?ｃｌｅａｎ?ｒｅａｄｓ?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ?？?＿＿??样品名?平均长度?Ｎ５０长度??总数?总长度（Ｍｂ）?数量?，?、??（ｂｐ）?（ｂｐ）??Ｔｅｓｔｉｓ?６３，７８２，３４４?６３１４．３?／?／?／??Ｏｖａｒｙ?６０，３００，５４２?５９８１．３４?／?Ｉ?／??ＩＤａＥＡＯ?５８，１９５，３８０?５７６８．６３?／?／?／??６ＤａＥＡＯ?６１，０４８，９４８?６０４９．２３?／?／?／??Ｔｏｔａｌ?２４３，３２７，２１４?２４１１３．５?６５，２１８?１

图中（Ａ）?ＮＲ注释的ｅ－ｖａｌｕｅ分布；（Ｂ）?ＮＲ注释的相似度分布；（Ｃ）?ＮＲ注释的物种分布。??ＮＲ注释的ｅ－ｖａｌｕｅ分布图显示３８．７％的映射序列有很强的同源性（＜ｌ．〇Ｅ－６０），而??６１．３％的序列有同源性（１．０Ｅ－５？１．０Ｅ－６０）（图３－３Ａ）。相似度分布图显示一个类似的模??２１??
【参考文献】

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本文编号：2869104