红鳍东方鲀低温转录组基因差异表达分析及系谱认证研究

发布时间：2021-11-24 04:19

　　红鳍东方鲀是我国北方的经济养殖品种,为了提高种质质量,减少养殖过程中产生的经济损失,实验从红鳍东方鲀系谱认证、耐寒基因筛选及低温相关调节机制开展相关研究。利用微卫星标记技术、实时荧光定量技术和转录组数据分析等对红鳍东方鲀养殖家系进行科学研究。选取18℃、8℃、5℃胁迫下的肝脏组织进行转录组测序,通过KEGG数据库对差异基因进行Pathway分析,结果显示差异基因主要集中在新陈代谢通路,而且在信号转导、运输和代谢方面差异基因存在较多。通过GO功能显著性富集分析,结果显示随着温度降低,与分子功能有关的部分消化酶活性均有不同程度的下调,这在一定程度上对鱼类自身机体的代谢强度产生了相关影响,酶活与调节机制代谢,信号转导等有着重要的联系作用。在温度下降的过程中,铁离子的结合和血红素的结合能力也呈下调趋势,这与低温环境下鱼类的活动减弱有着密不可分的关系。在低温胁迫下,鱼类活动减弱,呼吸变慢,吸入鱼体内部的氧气也随之减少,整个鱼体的溶氧情况对鱼体自身也起了一定的调节作用,鱼体在低温条件下,大部分的能量作为热能来平衡体内内环境与外界水温造成的温度差,鳃呼吸现象减弱,使得水中的氧气扩散到血液中的机会变少... 

【文章来源】：上海海洋大学上海市

【文章页数】：70 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
引言
第一章 综述
    第一节 转录组学相关研究
        1.转录组学研究现状
        2.鱼类的转录组学研究
    第二节 耐寒基因相关研究进展
        1.鱼类低温胁迫的相关研究进展
        2.低温胁迫对鱼类生长的影响
        3.耐寒基因相关研究进展
    第三节 系谱认证相关研究进展
        1.选择育种和杂交育种相关研究进展
        2.分子标记辅助育种相关研究进展
        3.系谱认证在人工选育中的作用
第二章 基于红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)低温转录组的调控机制的研究
    1.前言
    2.实验材料和方法
        2.1 实验材料
        2.2 实验方法
    3.数据处理
        3.1 数据预处理以及质量控制
        3.2 基因定量、差异基因筛选、功能富集及聚类分析
        3.3 基因结构优化及新转录本预测
        3.4 可变剪切分析以及SNP、INDEL分析
    4 结果
        4.1 基因表达水平分析
        4.2 差异表达基因分析
    5 讨论
第三章 红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)AFP、CIRP、Y-box和HMGB1基因的表达分析
    1.前言
    2.实验材料和方法
        2.1 实验材料
        2.2 总RNA的提取及CDNA文库的构建
        2.3 实时荧光定量表达
    3.数据处理
    4.结果
        4.1 低温胁迫情况下AFP基因在红鳍东方鲀各组织中的表达
        4.2 低温胁迫情况下CIRP基因在红鳍东方鲀各组织中的表达
        4.3 低温胁迫情况下HMGB1基因在红鳍东方鲀各组织中的表达
        4.4 低温胁迫情况下Y-BOX基因在红鳍东方鲀各组织中的表达
    5.讨论
        5.1 低温胁迫下红鳍东方鲀各组织中AFP基因表达的情况
        5.2 低温胁迫下红鳍东方鲀各组织中CIRP基因表达的情况
        5.3 低温胁迫下红鳍东方鲀各组织中HMGB1基因表达的情况
        5.4 低温胁迫下红鳍东方鲀各组织中Y-BOX基因表达的情况
    小结
第四章 红鳍东方鲀和暗纹东方鲀的系谱认证
    第一节 红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）的系谱认证研究
        1.前言
        2.材料与方法
            2.1 样品选取
            2.2 引物与试剂
            2.3 基因组DNA的提取
            2.4 PCR反应及电泳
            2.5 数据分析
        3.结果
            3.1 遗传多样性分析
            3.2 家系特异性鉴别
            3.3 推断缺失亲本基因型
        4.讨论
    第二节 暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)的系谱认证研究
        1.前言
        2.材料和方法
            2.1 样品选取
            2.2 引物与试剂
            2.3 基因组DNA的提取
            2.4 PCR反应及电泳
            2.5 数据分析
        3.结果
            3.1 遗传多样性分析
            3.2 家系鉴别
            3.3 推断缺失亲本基因型
        4.讨论
    小结
参考文献
硕士期间科研产出情况
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]南极鱼Ⅲ型抗冻基因真核表达质粒的构建及其细胞表达[J]. 杨敏,黄巧,陈良标.  浙江农业学报. 2016(11)
[2]利用微卫星标记的魁蚶混交家系鉴定[J]. 孙楠,李琪,于红,孔令锋.  中国海洋大学学报(自然科学版). 2015(09)
[3]温度和盐度对4种壳色马氏珠母贝谷胱甘肽过氧化物酶基因表达的影响[J]. 孙宗红,刘志刚,白成,李健强,刘超.  广东海洋大学学报. 2015(04)
[4]利用微卫星标记指导红鳍东方鲀亲本选配[J]. 刘永新,刘奕,周勤,张红涛.  大连海洋大学学报. 2015(02)
[5]利用微卫星标记分析3个暗纹东方鲀（Takifugu obscurus）养殖群体的遗传多样性[J]. 邹杰,马爱军,赵艳飞,何伟国,王婷,岳亮,刘大勇,郭正龙.  渔业科学进展. 2015(02)
[6]牙鲆耐寒相关基因CIRP、HMGB1的克隆及表达特征分析[J]. 胡金伟,尤锋,王倩,王丽娟,翁申达,辛梦娇.  海洋科学. 2015(01)
[7]急性温度胁迫对虹鳟肝脏代谢酶活性及生长相关基因表达的影响[J]. 管标,温海深,刘群,王金环,王庆龙.  大连海洋大学学报. 2014(06)
[8]低温胁迫对尼罗罗非鱼水通道蛋白基因（AQP1）表达的影响[J]. 朱华平,刘玉姣,刘志刚,卢迈新,高风英,可小丽,黄樟翰.  中国水产科学. 2014(06)
[9]拟穴青蟹ANT2基因的克隆与低温胁迫表达分析[J]. 于坤,叶海辉,巩杰,黄辉洋,林思恒.  厦门大学学报(自然科学版). 2014(03)
[10]急性低氧胁迫对卵形鲳鲹选育群体血液生化指标的影响[J]. 区又君,范春燕,李加儿,于娜,苏慧.  海洋学报(中文版). 2014(04)

硕士论文
[1]大黄鱼选育群体SSR遗传多样性分析、耐低温分子标记筛选和耐低温基因CIRP表达[D]. 胡谋.宁波大学 2014
[2]暗纹东方鲀养殖群体遗传多样性分析及生长性状微卫星标记筛选[D]. 邹杰.上海海洋大学 2014
[3]拟穴青蟹SNP和SSR标记开发及系谱认证技术的建立研究[D]. 马群群.上海海洋大学 2012
[4]低温胁迫对奥尼罗非鱼的生长、肌肉组成和血液生理生化指标的影响[D]. 贾明亮.广东海洋大学 2010



本文编号：3515221