钝吻黄盖鲽微卫星位点的开发及群体遗传多样性分析

发布时间：2021-11-27 14:37

　　利用Roche454GS FLX高通量测序技术，进行钝吻黄盖鲽微卫星位点筛选，获得了51486条高质量序列，利用MISA进行SSR位点的搜索，共得到5641个微卫星位点。采用聚类分析的方法对得到的5641个微卫星位点进行类比分析，得到247种多态性位点，其中完美型占52.22%，非完美型占20.24%，复合型占27.54%，（AC）n、（AG）n两碱基重复类型的比例是44%，重复次数在10次以上的占总数的87.5%。随机选取11个位点的微卫星引物，采用5个野生个体，利用荧光标记和毛细管电泳进行多样性评价，4个位点偏离Hardy-Weinberg，不同位点得到的等位基因范围为3⁸，平均等位基因数目为5。平均观望杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）以及平均多态性信息含量（PIC）分别是0.5882、0.7882和0.67。本研究结果不仅表明454GS FLX提供了一种直观、高效开发微卫星的方法，同时开发的微卫星位点将为钝吻黄盖鲽种群多样性研究、家系识别和种质鉴定提供有效的工具。利用17对微卫星荧光引物（FAM, HEX, or TAM）分析了来自北朝鲜近海钝吻黄盖鲽... 

【文章来源】：上海海洋大学上海市

【文章页数】：59 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 钝吻黄盖鲽研究综述
        1.1.1 钝吻黄盖鲽形态特征
        1.1.2 钝吻黄盖鲽生活习性
        1.1.3 钝吻黄盖鲽分布概况
        1.1.4 钝吻黄盖鲽繁殖和养殖概况
        1.1.5 钝吻黄盖鲽研究进展
    1.2 新一代测序技术发展状况
        1.2.1 新一代测序技术的特点
        1.2.2 新一代高通量测序技术
        1.2.3 新一代测序技术动植物研究中的应用
    1.3 分子标记
        1.3.1 分子标记的定义、分类及应用
        1.3.2 微卫星（SSR）分子标记
        1.3.3 微卫星（SSR）分子标记的应用
            1.3.3.1 基因组连锁图构建
            1.3.3.2 系谱认证
            1.3.3.3 遗传多样性分析
    1.4 微卫星的开发方法
        1.4.1 构建小片段基因组文库
        1.4.2 通过数据库检索微卫星序列
        1.4.3 利用近缘种的微卫星序列
        1.4.4 构建微卫星 DNA 富集文库筛选微卫星标记
        1.4.5 Roche 454 开发方法
    1.5 研究的目的及意义
第二章 基于 Roche 454 GS FLX 的钝吻黄盖鲽微卫星标记的开发
    2.1 材料与方法
        2.1.1 样品来源
        2.1.2 主要试剂和耗材
        2.1.3 钝吻黄盖鲽基于 Roche454 GS FLX 微卫星富集文库的构建
            2.1.3.1 DNA 的提取，片段化和连接
            2.1.3.2 SSR 探针的合成，文库变性
            2.1.3.3 SSR 文库磁珠富集、清洗及洗脱
            2.1.3.4 SSR 富集及纯化
            2.1.3.5 Roche 上机
            2.1.3.6 数据分析
            2.3.1.7 多态性检测
    2.2 结果
        2.2.1 高通量测序结果
        2.2.2 微卫星位点片段分布大小的总体情况
        2.2.3 毛细管电泳荧光标记检测
        2.2.4 位点多态性检测
    2.3 讨论
        2.3.1 探针的选择
        2.3.2 聚类分析
        2.3.3 Roche454 开发微卫星位点的优势
第三章 钝吻黄盖鲽野生和养殖群体的遗传多样性分析
    3.1 材料与方法
        3.1.1 样品来源
        3.1.2 主要试剂和耗材
        3.1.3 钝吻黄盖鲽微卫星位点的合成与扩增
        3.1.4 数据分析
    3.2 结果
        3.2.1 DNA 的提取纯化及浓度测定
        3.2.2 微卫星位点基因分型
        3.2.3 野生和养殖群体的遗传多样性
    3.3 讨论
        3.3.1 钝吻黄盖鲽野生和养殖群体的遗传多样性
        3.3.2 哈温平衡
        3.3.3 群体遗传结构
        3.3.4 荧光标记毛细管电泳技术
第四章 钝吻黄盖鲽微卫星位点在近缘物种的通用性研究
    4.1 材料与方法
        4.1.1 样品来源及 DNA 提取
        4.1.2 试验方法
        4.1.3 钝吻黄盖鲽微卫星位点的跨种筛选与多样性检测
        4.1.4 数据分析
    4.2 结果
        4.2.1 DNA 的提取纯化及浓度测定
        4.2.2 钝吻黄盖鲽微卫星位点对其它物种的通用性
        4.2.3 群体遗传多样性
    4.3 讨论
第五章 结论
参考文献
附录
致谢
发表学术论文


【参考文献】：
期刊论文
[1]5个红鳍东方鲀养殖群体微卫星DNA遗传多态性分析[J]. 陆丽君,马爱军,王新安,岳亮,孟雪松,翟介明,谭林涛,侯仕营.  渔业科学进展. 2013(04)
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[3]基于高通量测序的红豆杉EST-SSRs标记研究[J]. 吴琼,段小群,陈旭,肖培根.  中国中药杂志. 2012(24)
[4]扁吻鱼微卫星的筛选及群体多样性分析[J]. 郝卓然,梁利群,常玉梅,唐然,李世国,任波.  水产学杂志. 2012(03)
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[7]大口黑鲈微卫星DNA指纹图谱的构建和遗传结构分析[J]. 樊佳佳,白俊杰,李胜杰,任坤,叶星.  水生生物学报. 2012(04)
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博士论文
[1]长牡蛎的分子标记筛选和遗传图谱构建[D]. 李莉.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2003

硕士论文
[1]圆斑星鲽（Verasper variegatus）微卫星标记的筛选及应用[D]. 王佳实.中国海洋大学 2009



本文编号：3522486