马氏珠母贝肠道菌群结构分析
发布时间：2022-10-08 11:24
肠道菌群在宿主营养吸收、免疫和发育等方面具有重要作用,是当前的研究热点。马氏珠母贝是重要的养殖品种,用于培育海水珍珠,具有很高的经济价值,目前尚未有关于马氏珠母贝肠道菌群的研究报道。本论文以海区养殖和人工饲料养殖的马氏珠母贝为研究对象,首先分析了自然海区养殖的马氏珠母贝肠道及水体环境中的菌群结构;然后比较了不同配方微胶囊饲料养殖的马氏珠母贝生长、生理指标以及肠道菌群结构差异,最后将各期实验获得的马氏珠母贝肠道菌群数据库进行了联合分析。结果显示马氏珠母贝肠道菌群结构可塑性较强,菌群组成和相对丰度受到养殖方式、饵料种类的影响较大,同时,也存在相对稳定的核心菌群。本研究首次从多角度认识马氏珠母贝肠道菌群的结构组成和演替规律,为开展马氏珠母贝的健康养殖和疾病防控、开发微生态制剂和优化饲料配方积累了基础资料。主要结果如下:1、分别采集雷州后洪和徐闻大井海区养殖的马氏珠母贝肠道（HP和DP）与海水菌群（HW和DW）,16S rRNA-V4区测序和分析结果显示:（1）HP和DP的优势菌均隶属于蓝细菌门、柔膜菌门和变形菌门,优势菌属均为聚球藻属,浮霉状菌属和支原体属。（2）HW和DW的优势菌均隶属于蓝...
【文章页数】：119 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1 前言
1.1 研究背景
1.2 本研究的目的和意义
1.3 文献综述
1.3.1 马氏珠母贝应用研究进展
1.3.2 肠道菌群研究
1.3.3 益生菌
1.3.4 微生物的研究方法
2 海区养殖马氏珠母贝肠道与水体菌群的多样性
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 样品采集
2.2.2 样品总DNA提取、PCR扩增及高通量测序
2.2.3 数据分析
2.3 结果
2.3.1 基因组DNA和 PCR扩增产物质量检测
2.3.2 样品测序质量分析
2.3.3 马氏珠母贝肠道和养殖水体多样性估计
2.3.4 菌群组成
2.3.5 Venn图分析
2.3.6 OTU相对丰度分析
2.3.7 聚类分析与主成分分析
2.4 讨论
3 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝肠道菌群的影响
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 饲料来源
3.2.2 饲养管理
3.2.3 存活率和增长率
3.2.4 样品采集
3.2.5 消化酶和免疫酶活力分析
3.2.6 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)
3.2.7 基因组DNA提取、PCR扩增和高通量测序
3.2.8 数据分析
3.3 结果
3.3.1 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝特定生长率的影响
3.3.2 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝消化酶活性的影响
3.3.3 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝免疫酶活性和免疫相关基因的影响
3.3.4 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝肠道菌群的影响
3.4 讨论
3.4.1 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝生长性状的影响
3.4.2 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝消化酶活性的影响
3.4.3 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝免疫酶和免疫相关基因表达的影响
3.4.4 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝肠道菌群的影响
4 不同碳水化合物/蛋白水平饲料对马氏珠母贝肠菌群的影响
4.1 引言
4.2 材料与方法
4.2.1 饲料来源
4.2.2 实验设计
4.2.3 存活率和增长率
4.2.4 样品采集
4.2.5 消化酶和免疫酶活力分析
4.2.6 基因组DNA提取、PCR扩增和高通量测序
4.2.7 数据分析
4.3 结果
4.3.1 不同C/P比例饲料对马氏珠母贝存活率和生长性状的影响
4.3.2 不同C/P比例饲料对马氏珠母贝酶活的影响
4.3.3 不同C/P比例饲料对马氏珠母贝肠道菌群的影响
4.4 讨论
4.4.1 不同C/P比例水平饲料对马氏珠母贝生长和酶活的影响
4.4.2 不同C/P比例饲料对马氏珠母贝肠道菌群的影响
5 马氏珠母贝肠道核心菌群
5.1 引言
5.2 材料与方法
5.3 结果
5.3.1 门水平上各组共有菌群
5.3.2 属水平上各组共有菌群
5.4 讨论
6 结论
参考文献
附录
致谢
作者简介
导师简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于高通量测序的东海带鱼肠道菌群结构分析[J]. 油九菊,柳敏海,殷小龙,李伟业,傅荣兵,徐志进. 渔业研究. 2018(06)
[2]发酵饲料对南美白对虾消化酶活性与肠道菌群的影响[J]. 袁春营,孟阳,毕建才,崔青曼. 饲料工业. 2018(24)
[3]鲜饲料与混合饲粮对咖啡貂（Mustela iutreola）肠道微生物多样性的影响[J]. 刘晗璐,钟伟,司华哲,李志鹏,李光玉. 动物营养学报. 2019(01)
[4]植物蛋白质对海水养殖鱼类肠道健康的研究进展[J]. 郑晶,欧伟豪,麦康森,张彦娇. 动物营养学报. 2019(03)
[5]基于高通量测序技术研究白甲鱼肠道微生物群落组成[J]. 苏月华,陈少威,吴程,蔡斌斌,杨梅. 福建师范大学学报(自然科学版). 2018(06)
[6]发酵豆粕对大黄鱼生长、肠道结构及肠道微生物菌群的研究[J]. 何娇娇,王萍,冯建,娄宇栋. 水生生物学报. 2018(05)
[7]日粮中高糖高脂对团头鲂肝脏及肠道微生物菌群组成的影响[J]. 刘寒,吴芸倩,李会峰,王卫民. 华中农业大学学报. 2018(04)
[8]玉米蛋白粉对大黄鱼生长、肠道组织结构及肠道菌群的影响[J]. 何娇娇,王萍,冯建,娄宇栋. 中国水产科学. 2018(02)
[9]马氏珠母贝“海选1号”和对照群体生长性状的比较[J]. 陈小宏,蔡强,陈海进,赵军,徐会平. 安徽农业科学. 2018(01)
[10]不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群的结构差异[J]. 许燕,王印庚,张正,姜燕,廖梅杰,李彬,王凯,李文生. 水产学报. 2018(03)
博士论文
[1]乳酸菌对凡纳滨对虾益生机理的研究[D]. 沙玉杰.中国科学院研究生院(海洋研究所) 2016
硕士论文
[1]虾夷扇贝幼体及育苗池水体细菌群落动态及潜在益生菌筛选[D]. 孙雪莹.大连海洋大学 2016
[2]甘露寡糖对泥鳅生产性能、肠道菌群和非特异性免疫功能的影响[D]. 苏健.四川农业大学 2013
[3]湛江港网箱养殖海区水质因子与细菌数量的关系及弧菌属细菌的分布[D]. 邝英朋.广东海洋大学 2011
[4]三种微生态制剂对草鱼（Ctenopharyngodon idellus）生长性能、生理机能及肠道黏膜的影响[D]. 邱燕.苏州大学 2010
[5]酵母培养物在团头鲂饲料中的应用研究[D]. 李高锋.苏州大学 2009
[6]不同豆粕水平的饲料中添加一种酵母培养物（益康XP）对大菱鲆生长、组织学结构以及肠道菌群的影响[D]. 赵贵萍.中国海洋大学 2008
[7]复合益生菌与酵母培养物对牙鲆（Paralichthys olivaceus）生长、免疫及抗病力的影响[D]. 温俊.中国海洋大学 2007
本文编号：3687630
【文章页数】：119 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1 前言
1.1 研究背景
1.2 本研究的目的和意义
1.3 文献综述
1.3.1 马氏珠母贝应用研究进展
1.3.2 肠道菌群研究
1.3.3 益生菌
1.3.4 微生物的研究方法
2 海区养殖马氏珠母贝肠道与水体菌群的多样性
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 样品采集
2.2.2 样品总DNA提取、PCR扩增及高通量测序
2.2.3 数据分析
2.3 结果
2.3.1 基因组DNA和 PCR扩增产物质量检测
2.3.2 样品测序质量分析
2.3.3 马氏珠母贝肠道和养殖水体多样性估计
2.3.4 菌群组成
2.3.5 Venn图分析
2.3.6 OTU相对丰度分析
2.3.7 聚类分析与主成分分析
2.4 讨论
3 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝肠道菌群的影响
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 饲料来源
3.2.2 饲养管理
3.2.3 存活率和增长率
3.2.4 样品采集
3.2.5 消化酶和免疫酶活力分析
3.2.6 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)
3.2.7 基因组DNA提取、PCR扩增和高通量测序
3.2.8 数据分析
3.3 结果
3.3.1 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝特定生长率的影响
3.3.2 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝消化酶活性的影响
3.3.3 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝免疫酶活性和免疫相关基因的影响
3.3.4 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝肠道菌群的影响
3.4 讨论
3.4.1 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝生长性状的影响
3.4.2 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝消化酶活性的影响
3.4.3 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝免疫酶和免疫相关基因表达的影响
3.4.4 不同蛋白源饲料对马氏珠母贝肠道菌群的影响
4 不同碳水化合物/蛋白水平饲料对马氏珠母贝肠菌群的影响
4.1 引言
4.2 材料与方法
4.2.1 饲料来源
4.2.2 实验设计
4.2.3 存活率和增长率
4.2.4 样品采集
4.2.5 消化酶和免疫酶活力分析
4.2.6 基因组DNA提取、PCR扩增和高通量测序
4.2.7 数据分析
4.3 结果
4.3.1 不同C/P比例饲料对马氏珠母贝存活率和生长性状的影响
4.3.2 不同C/P比例饲料对马氏珠母贝酶活的影响
4.3.3 不同C/P比例饲料对马氏珠母贝肠道菌群的影响
4.4 讨论
4.4.1 不同C/P比例水平饲料对马氏珠母贝生长和酶活的影响
4.4.2 不同C/P比例饲料对马氏珠母贝肠道菌群的影响
5 马氏珠母贝肠道核心菌群
5.1 引言
5.2 材料与方法
5.3 结果
5.3.1 门水平上各组共有菌群
5.3.2 属水平上各组共有菌群
5.4 讨论
6 结论
参考文献
附录
致谢
作者简介
导师简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于高通量测序的东海带鱼肠道菌群结构分析[J]. 油九菊,柳敏海,殷小龙,李伟业,傅荣兵,徐志进. 渔业研究. 2018(06)
[2]发酵饲料对南美白对虾消化酶活性与肠道菌群的影响[J]. 袁春营,孟阳,毕建才,崔青曼. 饲料工业. 2018(24)
[3]鲜饲料与混合饲粮对咖啡貂（Mustela iutreola）肠道微生物多样性的影响[J]. 刘晗璐,钟伟,司华哲,李志鹏,李光玉. 动物营养学报. 2019(01)
[4]植物蛋白质对海水养殖鱼类肠道健康的研究进展[J]. 郑晶,欧伟豪,麦康森,张彦娇. 动物营养学报. 2019(03)
[5]基于高通量测序技术研究白甲鱼肠道微生物群落组成[J]. 苏月华,陈少威,吴程,蔡斌斌,杨梅. 福建师范大学学报(自然科学版). 2018(06)
[6]发酵豆粕对大黄鱼生长、肠道结构及肠道微生物菌群的研究[J]. 何娇娇,王萍,冯建,娄宇栋. 水生生物学报. 2018(05)
[7]日粮中高糖高脂对团头鲂肝脏及肠道微生物菌群组成的影响[J]. 刘寒,吴芸倩,李会峰,王卫民. 华中农业大学学报. 2018(04)
[8]玉米蛋白粉对大黄鱼生长、肠道组织结构及肠道菌群的影响[J]. 何娇娇,王萍,冯建,娄宇栋. 中国水产科学. 2018(02)
[9]马氏珠母贝“海选1号”和对照群体生长性状的比较[J]. 陈小宏,蔡强,陈海进,赵军,徐会平. 安徽农业科学. 2018(01)
[10]不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群的结构差异[J]. 许燕,王印庚,张正,姜燕,廖梅杰,李彬,王凯,李文生. 水产学报. 2018(03)
博士论文
[1]乳酸菌对凡纳滨对虾益生机理的研究[D]. 沙玉杰.中国科学院研究生院(海洋研究所) 2016
硕士论文
[1]虾夷扇贝幼体及育苗池水体细菌群落动态及潜在益生菌筛选[D]. 孙雪莹.大连海洋大学 2016
[2]甘露寡糖对泥鳅生产性能、肠道菌群和非特异性免疫功能的影响[D]. 苏健.四川农业大学 2013
[3]湛江港网箱养殖海区水质因子与细菌数量的关系及弧菌属细菌的分布[D]. 邝英朋.广东海洋大学 2011
[4]三种微生态制剂对草鱼（Ctenopharyngodon idellus）生长性能、生理机能及肠道黏膜的影响[D]. 邱燕.苏州大学 2010
[5]酵母培养物在团头鲂饲料中的应用研究[D]. 李高锋.苏州大学 2009
[6]不同豆粕水平的饲料中添加一种酵母培养物（益康XP）对大菱鲆生长、组织学结构以及肠道菌群的影响[D]. 赵贵萍.中国海洋大学 2008
[7]复合益生菌与酵母培养物对牙鲆（Paralichthys olivaceus）生长、免疫及抗病力的影响[D]. 温俊.中国海洋大学 2007
本文编号：3687630
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