石斑鱼感染刺激隐核虫免疫过程的转录组学分析和重要分子的功能初探
发布时间：2023-08-03 18:15
刺激隐核虫是危害海洋经济鱼类养殖业的寄生虫之一,而对于其感染鱼类和相关,免疫应答机制尚不明确,有研究显示鱼类皮肤的粘膜免疫应答在寄生虫感染过程中发挥重要作用。粘膜免疫系统由皮肤,鳃,肠道和泌尿组织组成。对于水生动物而言,粘膜免疫尤为重要,这些组织和器官不仅是与水体密切接触的部分,还是应对病原体入侵的第一道防线。在对病原体入侵硬骨鱼的研究中,研究热点主要集中在传统的免疫器官,如头肾,胸腺等。而粘膜免疫并没有得到相应的重视。本课题选用斜带石斑鱼感染皮肤组织作为研究对象,首先从转录组层面宏观的研究了皮肤在刺激隐核虫感染斜带石斑鱼后黏膜免疫系统的应答情况。转录组结果显示补体通路,趋化因子及趋化因子受体,Toll样受体通路显著富集。同时我们分析得到了一系列在感染过程中显著富集的分子。在分析转录组过程中,我们开发了一个用于富集分析,网络分析和数据可视化的软件包,用于优化分析流程。在转录组的显著差异表达基因中,我们挑选了BCR共受体和CD40/CD40L分子进行深入的序列分析和表达谱研究。鉴定了EcIFITM1和EcCD81两个BCR共刺激受体,其中EcCD81分子保守性较高。健康石斑鱼的组织分布分...
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
1.1 斜带石斑鱼
1.1.1 分类及分布
1.1.2 形态特征
1.1.3 养殖情况
1.2 转录组学
1.2.1 建库和测序
1.2.2 转录组数据分析
1.2.3 转录组学在鱼类免疫研究中的应用
1.3 鱼类免疫系统
1.3.1 免疫相关组织和器官
1.3.2 鱼类免疫细胞
1.3.3 体液免疫因子
1.4 BCR通路相关基因研究情况
1.4.1 BCR结构
1.4.2 BCR信号通路
1.4.3 BCR共刺激受体
1.4.4 BCR共抑制受体
1.5 鱼类粘膜免疫
1.5.1 粘膜免疫与疫苗
1.5.2 粘膜免疫组织中的抗体
1.5.3 粘膜免疫组织中的T/B细胞
1.6 刺激隐核虫
1.6.1 刺激隐核虫及生活史
1.6.2 刺激隐核虫的感染形式
1.6.3 刺激隐核虫病的防治
1.7 本研究的目的和意义
第二章 刺激隐核虫局部感染斜带石斑鱼的转录组分析
2.1 实验材料和方法
2.1.1 实验鱼
2.1.2 刺激隐核虫
2.1.3 局部感染和采样
2.1.4 RNA提取,建库和测序
2.1.5 测序结果的质控,组装和注释
2.1.6 基因差异表达分析
2.1.7 KEGG和GO网络富集分析
2.1.8 qRT-PCR验证
2.2 结果分析
2.2.1 转录组测序和组装
2.2.2 基因差异表达分析
2.2.3 免疫相关差异表达基因聚类
2.2.4 qRT-PCR验证转录组数据
2.3 讨论
2.3.1 获得性免疫相关分子
2.3.2 补体激活相关分子
2.3.3 趋化因子和趋化因子受体
2.3.4 Toll样受体信号通路
2.3.5 抗原递呈和T/B细胞激活
2.4 本章小结
第三章 用于通路和网络分析的PYTHON软件包
3.1 相互作用网络和通路数据库
3.1.1 通路数据库
3.1.2 相互作用网络数据库
3.1.3 数据请求与处理
3.1.4 数据导出
3.2 网络富集分析
3.2.1 基因集合富集分析
3.2.2 网络富集分析
3.3 网络建模分析
3.3.1 网络传播
3.3.2 最优子网络
3.4 数据可视化与导出
3.5 本章小节
第四章 刺激隐核虫感染斜带石斑鱼BCR相关共刺激/抑制受体表达谱分析
4.1 实验材料和方法
4.1.1 实验材料
4.1.2 感染组织样品采集
4.1.3 健康组织样品采集
4.1.4 感染组织样品采集
4.1.5 组织总RNA提取
4.1.6 RNA反转录
4.1.7 目的基因全长克隆
4.1.8 琼脂糖凝胶电泳检测
4.1.9 PCR产物回收纯化
4.1.10 RACE
4.1.11 序列分析
4.1.12 BCR共刺激和共抑制受体引物设计
4.1.13 qRT-PCR
4.1.14 数据分析
4.2 实验结果与讨论
4.2.1 序列查找和克隆
4.2.2 序列结构分析
4.2.3 组织分布
4.2.4 感染后表达鉴定
4.3 本章小结
结论与展望
本文创新点
展望
参考文献
攻读硕士学位期间取得的研究成果
致谢
附件
本文编号：3838571
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
1.1 斜带石斑鱼
1.1.1 分类及分布
1.1.2 形态特征
1.1.3 养殖情况
1.2 转录组学
1.2.1 建库和测序
1.2.2 转录组数据分析
1.2.3 转录组学在鱼类免疫研究中的应用
1.3 鱼类免疫系统
1.3.1 免疫相关组织和器官
1.3.2 鱼类免疫细胞
1.3.3 体液免疫因子
1.4 BCR通路相关基因研究情况
1.4.1 BCR结构
1.4.2 BCR信号通路
1.4.3 BCR共刺激受体
1.4.4 BCR共抑制受体
1.5 鱼类粘膜免疫
1.5.1 粘膜免疫与疫苗
1.5.2 粘膜免疫组织中的抗体
1.5.3 粘膜免疫组织中的T/B细胞
1.6 刺激隐核虫
1.6.1 刺激隐核虫及生活史
1.6.2 刺激隐核虫的感染形式
1.6.3 刺激隐核虫病的防治
1.7 本研究的目的和意义
第二章 刺激隐核虫局部感染斜带石斑鱼的转录组分析
2.1 实验材料和方法
2.1.1 实验鱼
2.1.2 刺激隐核虫
2.1.3 局部感染和采样
2.1.4 RNA提取,建库和测序
2.1.5 测序结果的质控,组装和注释
2.1.6 基因差异表达分析
2.1.7 KEGG和GO网络富集分析
2.1.8 qRT-PCR验证
2.2 结果分析
2.2.1 转录组测序和组装
2.2.2 基因差异表达分析
2.2.3 免疫相关差异表达基因聚类
2.2.4 qRT-PCR验证转录组数据
2.3 讨论
2.3.1 获得性免疫相关分子
2.3.2 补体激活相关分子
2.3.3 趋化因子和趋化因子受体
2.3.4 Toll样受体信号通路
2.3.5 抗原递呈和T/B细胞激活
2.4 本章小结
第三章 用于通路和网络分析的PYTHON软件包
3.1 相互作用网络和通路数据库
3.1.1 通路数据库
3.1.2 相互作用网络数据库
3.1.3 数据请求与处理
3.1.4 数据导出
3.2 网络富集分析
3.2.1 基因集合富集分析
3.2.2 网络富集分析
3.3 网络建模分析
3.3.1 网络传播
3.3.2 最优子网络
3.4 数据可视化与导出
3.5 本章小节
第四章 刺激隐核虫感染斜带石斑鱼BCR相关共刺激/抑制受体表达谱分析
4.1 实验材料和方法
4.1.1 实验材料
4.1.2 感染组织样品采集
4.1.3 健康组织样品采集
4.1.4 感染组织样品采集
4.1.5 组织总RNA提取
4.1.6 RNA反转录
4.1.7 目的基因全长克隆
4.1.8 琼脂糖凝胶电泳检测
4.1.9 PCR产物回收纯化
4.1.10 RACE
4.1.11 序列分析
4.1.12 BCR共刺激和共抑制受体引物设计
4.1.13 qRT-PCR
4.1.14 数据分析
4.2 实验结果与讨论
4.2.1 序列查找和克隆
4.2.2 序列结构分析
4.2.3 组织分布
4.2.4 感染后表达鉴定
4.3 本章小结
结论与展望
本文创新点
展望
参考文献
攻读硕士学位期间取得的研究成果
致谢
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