鸡胚蛋孵化期间蛋白质磷酸化修饰组学及其肽组学研究
发布时间：2021-03-30 11:42
鸡胚蛋含有丰富的蛋白质、脂质等营养物质,这对鸡胚的正常生长发育具有重要意义。蛋清和蛋黄蛋白质是鸡胚发育过程中的主要蛋白质来源。蛋白质的功能和结构往往受其翻译后修饰的影响。磷酸化是调节生物功能最常见的翻译后修饰,其可以参与细胞代谢,蛋白活性调控,信号传导等。然而鸡胚蛋孵化过程中存在哪些磷酸化的蛋白质,其磷酸化状态如何变化,这些变化对鸡胚产生哪些影响,目前仍不清楚。此外,蛋清和蛋黄中含有丰富的酶系,孵化可能促使内源酶被激活,从而导致蛋白质在内源酶的酶解下产生一些具有生理活性的多肽,鸡胚发育过程中蛋白质会自动降解形成哪些小分子肽以及这些小分子肽具有什么生物活性,目前鲜有报道。基于此,本研究以孵化第0 d和孵化第12 d的蛋清和蛋黄混合物为原材料,采用比较定量磷酸化组学的策略,利用固定化金属螯合亲和层析特异性富集样品中的磷酸化肽段,并结合纳升液相色谱-串联质谱技术对富集到的磷酸化肽段进行鉴定和定量分析,并选取磷酸化水平发生显著变化的蛋白质,通过进一步的生物信息学分析以及相关文献报道来探讨蛋白质磷酸化状态改变对鸡胚发育的影响。此外,通过MALDI-TOF-MS/MS方法对不同孵化时期蛋清和蛋黄中...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：112 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
TMT6标中不同标记试剂的同位素原子的位置(Chenetal2016)
华中农业大学2020届学术学位硕士毕业论文20图2-1鸡蛋蛋白质差异定量磷酸化组学分析流程图Fig.2-1Flowchartforcomparativequantitativephosphoproteomicanalysisofthechickeneggprotein1.2.7数据库搜索二级质谱数据使用Maxquant(v1.5.2.8)进行检索。检索参数设置：数据库为美国国立生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI）Gallusgallus（75142条序列），添加了反库以计算随机匹配造成的假阳性率（FDR），并且在数据库中加入了常见的污染库，用于消除鉴定结果中污染蛋白的影响；酶切方式设置为Trypsin/P；漏切位点数设为2；肽段最小长度设置为7个氨基酸残基；肽段最大修饰数设为5；Firstsearch和Mainsearch的一级母离子质量误差容忍度分别设为20ppm和5ppm，二级碎片离子的质量误差容忍度为0.02Da。将半胱氨酸烷基化设置为固定修饰，可变修饰为甲硫氨酸的氧化，蛋白N端的乙酰化，丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸的磷酸化。定量方法设置为TMT-10plex，蛋白鉴定、PSM鉴定的FDR都设置为1%。
华中农业大学2020届学术学位硕士毕业论文22符合实验要求。图2-2B表示鉴定到的肽段长度分布，由图可知肽段长度主要分布在7-20个氨基酸残基之间。说明本实验鉴定到的肽段长度分布说明样品经胰蛋白酶酶解后达到质谱检测标准，符合质量控制要求。图2-2质谱数据的质控检测结果。(A)鉴定肽段的质量偏移分布。(B)鉴定肽段的长度分布。Fig.2-2Qualitycontroltestresultsofmassspectrometrydata.(A)Identifiedpeptidemasstolerancedistribution.(B)Peptidelengthdistribution.2.2样品重复性检验图2-3样品重复性检验Fig.2-3Repeatabilitytestbetweensamples本次实验我们采用了3次技术重复，利用3次重复实验值计算的标准偏差系数（RSD）并绘制箱图，用于检验技术重复样本的定量结果是否符合统计学上的一致
【参考文献】：
期刊论文
[1]鸡蛋清磷酸化蛋白质组鉴定与分析[J]. 杨燃,宋洪波,黄群,刘丽莉,邱宁,马美湖. 食品科学. 2019(11)
[2]孵化期间鸡胚及蛋内营养物质变化规律[J]. 张圆圆,李锋,王连生,单安山. 东北农业大学学报. 2010(03)
博士论文
[1]基于组学技术分析山羊乳与牛乳乳清蛋白与脂肪球膜蛋白组成及消化特性[D]. 孙玉雪.吉林大学 2019
本文编号：3109448
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：112 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
TMT6标中不同标记试剂的同位素原子的位置(Chenetal2016)
华中农业大学2020届学术学位硕士毕业论文20图2-1鸡蛋蛋白质差异定量磷酸化组学分析流程图Fig.2-1Flowchartforcomparativequantitativephosphoproteomicanalysisofthechickeneggprotein1.2.7数据库搜索二级质谱数据使用Maxquant(v1.5.2.8)进行检索。检索参数设置：数据库为美国国立生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI）Gallusgallus（75142条序列），添加了反库以计算随机匹配造成的假阳性率（FDR），并且在数据库中加入了常见的污染库，用于消除鉴定结果中污染蛋白的影响；酶切方式设置为Trypsin/P；漏切位点数设为2；肽段最小长度设置为7个氨基酸残基；肽段最大修饰数设为5；Firstsearch和Mainsearch的一级母离子质量误差容忍度分别设为20ppm和5ppm，二级碎片离子的质量误差容忍度为0.02Da。将半胱氨酸烷基化设置为固定修饰，可变修饰为甲硫氨酸的氧化，蛋白N端的乙酰化，丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸的磷酸化。定量方法设置为TMT-10plex，蛋白鉴定、PSM鉴定的FDR都设置为1%。
华中农业大学2020届学术学位硕士毕业论文22符合实验要求。图2-2B表示鉴定到的肽段长度分布，由图可知肽段长度主要分布在7-20个氨基酸残基之间。说明本实验鉴定到的肽段长度分布说明样品经胰蛋白酶酶解后达到质谱检测标准，符合质量控制要求。图2-2质谱数据的质控检测结果。(A)鉴定肽段的质量偏移分布。(B)鉴定肽段的长度分布。Fig.2-2Qualitycontroltestresultsofmassspectrometrydata.(A)Identifiedpeptidemasstolerancedistribution.(B)Peptidelengthdistribution.2.2样品重复性检验图2-3样品重复性检验Fig.2-3Repeatabilitytestbetweensamples本次实验我们采用了3次技术重复，利用3次重复实验值计算的标准偏差系数（RSD）并绘制箱图，用于检验技术重复样本的定量结果是否符合统计学上的一致
【参考文献】：
期刊论文
[1]鸡蛋清磷酸化蛋白质组鉴定与分析[J]. 杨燃,宋洪波,黄群,刘丽莉,邱宁,马美湖. 食品科学. 2019(11)
[2]孵化期间鸡胚及蛋内营养物质变化规律[J]. 张圆圆,李锋,王连生,单安山. 东北农业大学学报. 2010(03)
博士论文
[1]基于组学技术分析山羊乳与牛乳乳清蛋白与脂肪球膜蛋白组成及消化特性[D]. 孙玉雪.吉林大学 2019
本文编号：3109448
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/qgylw/3109448.html
