云南丝膜菌属真菌分子系统发育研究

发布时间：2020-05-19 22:43

【摘要】：丝膜菌属(Cortinarius)是世界上最大的真菌类群之一,含有数量众多的物种,具有非常重要的经济价值和生态价值。由于该属物种多样性丰富,经典的形态地理学方法不能很好地解决属内分类问题,相关的分子系统发育研究亦不充分,使得该属的分类问题争议不断。本论文对采自云南的疑似丝膜菌属真菌的50份样品的核糖体基因内转录间隔区(ITS)、核糖体大亚基(LSU)、核糖体小亚基(SSU)三个序列片段进行PCR扩增和克隆测序,共获得了 108条自测序列。将ITS序列、LSU序列分别与GenBank中的数据进行BLAST 比对,进行初步的物种鉴定。对每个序列片段运用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯分析(Bayesian Analysis)分别构建系统发育树,再将三个序列片段串联起来运用三种方法进行分析,比较不同的方法构建的系统树的拓扑结构,比较每个序列提供的系统发育信息。研究结果表明:在本论文所获得的36份样品的ITS、LSU和SSU序列通过BLAST比对,下载相似度接近99%的序列构建系统发育树,进行分子系统发育分析后得出36份样品均为丝膜菌属物种,且C22(半血红丝膜菌)、C30(黏柄丝膜菌)、C42(白紫丝膜菌)、C46(半血红丝膜菌)、C49(皱盖丝膜菌)的分子鉴定结果与形态鉴定结果一致。所构建的12棵系统发育树表明该研究的36份样品分属于Subg.Phlegmacium,Subg.Myxacizum,Subg.Dermocybe,Subg.Anomali,Subg.Telamonia,Subg.Leprocybe六个亚属,其中Sect.Anomdli是一个独立的亚属。在三种分析方法中,贝叶斯分析提供较高的分支后验概率,邻接法和最大似然法中每个序列的分支支持率都不是很高;贝叶斯分析提供的分支信息不如邻接法和最大似然法多,其中最大似然法较邻接法更优。在单个序列的分析中,LSU序列能提供更多的信息。因此建议将LSU序列作为丝膜菌属真菌分子鉴定及系统发育分析的主要片段,ITS、SSU序列作为辅助片段,使我们能更好地借助分子数据研究丝膜菌属物种的形态和生态学的演变情况。
【图文】：

图２．３．１基因ＩＴＳ、ＬＳＵ、ＳＳＵ的引物结合位点，，基于逡逑ｈｔｔｐ：／／ｓｉｔｅｓ．ｂｉｏｌｏｇｖ．ｄｕｋｅ．ｅｄｕ／ｆｕｎｇｉ／ｍｖｃｏｌａｈ／ｐｒｉｍｃｒｓ．ｈｔｍ邋修改，红色字体为引物位点逡逑Ｆｉｇ２．３．１邋Ｐｒｉｍｅｒ邋ｂｉｎｇｉｎｇ邋ｓｉｔｅ邋ｏｆ邋ＩＴＳｎ邋ＬＳＵ＞邋ＳＳＵ，邋ｂａｓｅｄ邋ｏｎ逡逑ｈｔｔｎ：／／ｓｉｔｅｓ．ｂｉｏｌｏｇ＼．ｄｕｋｅ．ｅｄｕ／ｆｕｎｇｉ／ｍｖｃｏｌａｈ／ｐｒｉｎｉｅｒｓ．ｈｔｍ逡逑１）邋ＰＣＲ体系参数优化逡逑①模板浓度的确定：在ＰＣＲ反应中，样品ＤＮＡ的浓度和纯度会影响后续的进行。使用ＣＴＡＢ法提取的样品ＤＮＡ浓度一般都比较高，用于ＰＣＲ反应的逡逑ＮＡ模板都需要进行稀释，通常用做模板的ＤＮＡ浓度需要在２００ｎｇ／ｕＬ左右。逡逑②最佳退火温度确定：随机抽取Ｃｌ、Ｃ９、Ｃ１６、Ｃ２６、Ｃ３１号样品ＤＮＡ为逡逑增模板，在退火温度为５３°Ｃ、５４°Ｃ、５５°Ｃ、５６°Ｃ、５７°Ｃ的条件下分别扩X椕扛鲥义掀返模桑裕有蛄校辉谕嘶鹞露龋担

本文编号：2671596