不同品系鸡akirin2基因调控序列及相关miR-142的克隆与表达分析

发布时间：2020-08-04 19:05

【摘要】：AKIRIN2作为一个高度保守的核内因子,通过与其它蛋白形成复合物来调控靶基因进而发挥生物学功能。目前,有关AKIRIN2蛋白研究主要是集中于肌肉发育和免疫调控领域,而对于akirin2基因自身转录调控机制研究未见报道。启动子和miRNA在目的基因的转录前和转录后调控过程中发挥关键作用,本研究以鸡为模式动物,克隆不同品系鸡akirin2基因5'-端上游2832 bp序列和3'-端下游417 nt序列,通过生物信息学分析预测获得miR-142-3p可能靶向akirin2基因3'非翻译区(3'UTR),综合分析miR-142-3p和miR-142-5p的表达与功能特性,主要研究结果如下:首先,本研究克隆了海蓝褐鸡、AA~+鸡和三黄鸡的akirin2基因启动子区2832bp序列,并进行序列比对和生物信息学分析。结果表明:蛋鸡(海蓝褐鸡)和肉鸡(AA~+鸡和三黄鸡)之间一共有38个SNP位点,而AA~+鸡和三黄鸡之间只有4个SNP位点;通过转录因子预测发现,蛋鸡与肉鸡间的19个SNP位点导致了转录因子结合位点改变,进而导致蛋鸡和肉鸡在转录因子的种类和数量上存在差异;通过CpG岛预测发现,蛋鸡和肉鸡间CpG岛序列差异不大,但有较多的SNP位点分布在CpG岛内。推测不同品系鸡间的akirin2基因启动子调控机制存在差异。其次,本研究克隆了海蓝褐鸡、AA~+鸡和三黄鸡的akirin2基因终止密码子下游3'UTR部分417nt序列,并进行序列比对和生物信息学分析。结果表明:三个品系鸡中3'UTR部分序列完全一致,推测不同品系鸡akirin2基因的转录后调控机制相似,生物信息学预测发现miR-142-3p可能靶向3'UTR序列。最后,pri-miR-142部分序列分析表明:三个品系鸡pri-miR-142序列完全一致。miR-142-3p/5p组织表达谱表明:三个品系鸡中miR-142-3p/5p在各组织中广泛表达,miR-142-3p/5p的表达活性与组织发育和免疫功能相关,并且miR-142-3p相比miR-142-5p可能更具有功能多样性。miR-142-3p/5p在炎症模型和疫苗免疫模型的组织表达谱分析表明,miR-142-3p/5p均参与炎症反应和免疫应答,并且在不同免疫组织中发挥着不同的调控作用;miR-142-3p和miR-142-5p间表达活性差异可能与二者的功能特性、不同品系鸡性状以及不同病理过程等相关。本研究表明akirin2启动子序列SNP位点可能是影响不同品系鸡akirin2基因表达活性差异的关键因素之一。研究akirin2基因启动子及其相关miR-142表达与特性,对于深入理解akirin2基因表达调控机制和miR-142在炎症与免疫中的功能与应用,具有重要的理论和实践意义。
【学位授予单位】：哈尔滨师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：Q78
【图文】：

15图 2-1 akirin2 基因启动子序列 PCR 结果对分子量标准；P1-P3：akirin2 基因启动子 Pig.2-1 PCR products of akirin2 gene promoterrelative molecular mass standard; P1-P3: PCR p

图 2-2 akirin2 基因启动子重组质粒单酶切鉴定 DNA 相对分子量标准；P1-P3：akirin2 基因启动子单酶切产物gle enzyme digestion results of akirin2 gene promoter recombinant prelative molecular mass standard; P1-P3: Single enzyme digestion re基因启动子测序结果及不同品系鸡序列比对

图 2-4 akirin2 基因启动子序列同源性分析：NC_000070.6）；人（GenBank：NC_000006.12）；黑猩猕猴（GenBank: NC_027896.1）；牛（GenBank：NC_03C_006090.5）；AA+鸡（GenBank：MK478013）；三黄鸡褐鸡（GenBank：MK478013）；绿头鸭（GenBank：NCBank：NC_036854.1）；斑马鱼（GenBank：NC_00713130681.1）；澳洲咸水鳄（GenBank：NW_017728918.1）；NW_019776320.1）Fig.2-3 Homologous analysis of akirin2 gene promoterenBank: NC_000070.6); Homo sapiens(GenBank： NC_nBank: NC_036885.1); Macaca mulatta(GenBank: NC_0: NC_037336.1); Gallus gallus(Genbank: NC_006090.5);A; Sanhuang broiler(GenBank: MK478014); Hi-Line Brown lAnas platyrhynchos(GenBank: NC_040048.1); Salvelinus a1); Danio rerio(GenBank： NC_007131.7); Xenopus tropic

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本文编号：2780965