雀形目NUMT及线粒体系统发育基因组学研究
发布时间：2020-12-05 02:50
世界上现存鸟类的数量约为1万种,分属于40目、247科和2312属。鸟类作为脊椎动物的一大类群,广泛分布于世界各地,具有丰富的物种多样性和基因多样性。鸟类与人类的生存和发展息息相关,并在维护生态平衡中起到重要的作用。雀形目（Passeriformes）是鸟纲中最大的目（约占总数60.4%）,大多数雀形目鸟类在早第三纪（Paleogene）经历了快速进化,关于雀形目的起源及各科间的系统发育关系错综复杂,是鸟类学研究中争论的热点。由于线粒体的起源与进化贯穿整个真核生物的起源与进化过程,线粒体DNA具有严格的母性遗传、较快的进化速率等特点,是系统进化研究良好的分子标记。本研究通过第一代测序技术扩增并测定8种雀形目鸟类线粒体基因组,并利用新一代高通量测序技术对5个红嘴蓝鹊（Urocissa erythroryncha）个体进行cDNA文库的构建及转录组测序。此外,本研究还通过高通量测序技术对6种雀形目鸟类和1种鹦形目鸟类进行基因组文库的构建及序列的测定,并结合本课题组已测定的其他鸟类转录组数据,以及NCBI公共数据库中的相关数据,我们探讨了如下4个问题:（1）雀形目线粒体基因组结构特征;（2）...
【文章来源】：安徽师范大学安徽省
【文章页数】：147 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
鸟类线粒体基因顺序Fig1-1.Mitochondrialgeneordersinaves
图 2-2 棕背伯劳线粒体全基因组扩增凝胶电泳检测图Fig2-2. Electrophoresis results of amplification of complete mitochondrial genomics in L. schach3.1.2 雀形目 8 种鸟类的线粒体 DNA 特征白顶溪鸲（P. leucocephalus）、银喉长尾山雀（A. glaucogularis）、灰眶雀鹛（A.morrisonia）、七彩文鸟（E. gouldiae）、棕背伯劳（L. schach）、红尾伯劳（L. cristatus）、蓝喉歌鸲（L. svecica）和蒙古百灵（M. mongolica）线粒体的 DNA 均为环状结构，长度、碱基组成和偏选如表 2-4 所示。和前人研究基本相似，8 种雀形目鸟类线粒体基因组均含有 37 个基因：13 个蛋白编码基因，22 个 tRNA 基因，2 个 rRNA 基因。此外，灰眶雀鹛（A. morrisonia）、蒙古百灵（M. mongolica）和银喉长尾山雀（A.glaucogularis）包含 2 个 CR 区，其余 5 种鸟类只含有 1 个 CR 区，8 种鸟类 mtDNA序列具有很高的同源性。本研究以白顶溪鸲（P. leucocephalus）作为单控制区类型的线粒体代表，其结构如图 2-3、表 2-5。其中外环代表 H 链，内环表示 L 链，内圈阴影环表示 GC 含量，2 个 rRNA 和 22 个 tRNA 基因分散在 13 个蛋白质编码基因之间。
的蛋白编码基因是 MT-ATP8，长度均为 168 bp，位置均处于 tRNALys基因和 MT-ATP6基因之间，8 种鸟类编码蛋白基因碱基组成、碱基偏选情况见附件 9-10。除白顶溪鸲（P. leucocephalus）、蓝喉歌鸲（L. svecica）和蒙古百灵（M. mongolica）的 MT-ND2 基因及灰眶雀鹛（A. morrisonia）、白顶溪鸲（P. leucocephalus）、七彩文鸟（E. gouldiae）、红尾伯劳（L. cristatus）、棕背伯劳（L. schach）的 MT-COX1 基因的起始密码子为 GTG 外，其余鸟类的其他蛋白编码基因起始密码子均为 ATG；8 种雀形目鸟类的 MT-ND5 终止密码子均为为 AGA；MT-ND3 除银喉长尾山雀（A.glaucogularis）和灰眶雀鹛（A. morrisonia）的终止密码子为 TA-外，其余鸟类的终止密码子均为 TAA；8 种雀形目鸟类的 MT-COX3 和 MT-ND4 基因终止密码子均为T--、COX1 基因终止密码子均为 AGG，银喉长尾山雀（A. glaucogularis）的 MT-ND1和 MT-ND6，红尾伯劳（L. cristatus）的 MT-ND1 终止密码子也为 AGG。8 种雀形目鸟类线粒体蛋白编码基因的起始和终止密码子比较如下附件 11。本研究 8 个雀形目鸟类的氨基酸密码子使用频率见图 2-4，由图可以看出，在 20 个密码子中密码子 Leu在 8 个雀形目鸟类中的使用频率均为最高，Cys 使用频率均为最低。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基因组内碱基分布整体均衡与局部不均衡的研究进展[J]. 钟东,赵贵军,张振书,徐安龙. 遗传. 2002(03)
本文编号：2898728
【文章来源】：安徽师范大学安徽省
【文章页数】：147 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
鸟类线粒体基因顺序Fig1-1.Mitochondrialgeneordersinaves
图 2-2 棕背伯劳线粒体全基因组扩增凝胶电泳检测图Fig2-2. Electrophoresis results of amplification of complete mitochondrial genomics in L. schach3.1.2 雀形目 8 种鸟类的线粒体 DNA 特征白顶溪鸲（P. leucocephalus）、银喉长尾山雀（A. glaucogularis）、灰眶雀鹛（A.morrisonia）、七彩文鸟（E. gouldiae）、棕背伯劳（L. schach）、红尾伯劳（L. cristatus）、蓝喉歌鸲（L. svecica）和蒙古百灵（M. mongolica）线粒体的 DNA 均为环状结构，长度、碱基组成和偏选如表 2-4 所示。和前人研究基本相似，8 种雀形目鸟类线粒体基因组均含有 37 个基因：13 个蛋白编码基因，22 个 tRNA 基因，2 个 rRNA 基因。此外，灰眶雀鹛（A. morrisonia）、蒙古百灵（M. mongolica）和银喉长尾山雀（A.glaucogularis）包含 2 个 CR 区，其余 5 种鸟类只含有 1 个 CR 区，8 种鸟类 mtDNA序列具有很高的同源性。本研究以白顶溪鸲（P. leucocephalus）作为单控制区类型的线粒体代表，其结构如图 2-3、表 2-5。其中外环代表 H 链，内环表示 L 链，内圈阴影环表示 GC 含量，2 个 rRNA 和 22 个 tRNA 基因分散在 13 个蛋白质编码基因之间。
的蛋白编码基因是 MT-ATP8，长度均为 168 bp，位置均处于 tRNALys基因和 MT-ATP6基因之间，8 种鸟类编码蛋白基因碱基组成、碱基偏选情况见附件 9-10。除白顶溪鸲（P. leucocephalus）、蓝喉歌鸲（L. svecica）和蒙古百灵（M. mongolica）的 MT-ND2 基因及灰眶雀鹛（A. morrisonia）、白顶溪鸲（P. leucocephalus）、七彩文鸟（E. gouldiae）、红尾伯劳（L. cristatus）、棕背伯劳（L. schach）的 MT-COX1 基因的起始密码子为 GTG 外，其余鸟类的其他蛋白编码基因起始密码子均为 ATG；8 种雀形目鸟类的 MT-ND5 终止密码子均为为 AGA；MT-ND3 除银喉长尾山雀（A.glaucogularis）和灰眶雀鹛（A. morrisonia）的终止密码子为 TA-外，其余鸟类的终止密码子均为 TAA；8 种雀形目鸟类的 MT-COX3 和 MT-ND4 基因终止密码子均为T--、COX1 基因终止密码子均为 AGG，银喉长尾山雀（A. glaucogularis）的 MT-ND1和 MT-ND6，红尾伯劳（L. cristatus）的 MT-ND1 终止密码子也为 AGG。8 种雀形目鸟类线粒体蛋白编码基因的起始和终止密码子比较如下附件 11。本研究 8 个雀形目鸟类的氨基酸密码子使用频率见图 2-4，由图可以看出，在 20 个密码子中密码子 Leu在 8 个雀形目鸟类中的使用频率均为最高，Cys 使用频率均为最低。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基因组内碱基分布整体均衡与局部不均衡的研究进展[J]. 钟东,赵贵军,张振书,徐安龙. 遗传. 2002(03)
本文编号：2898728
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/2898728.html
