低能离子束重组酵母菌株Ar_Han0458的基因组学研究

发布时间：2020-12-26 18:43

　　异常汉逊酵母具有高产乙酸乙酯的能力,且在较高温度的下具有较强的发酵力和酯化力,是酿造工业中的主要生香来源,同时也是常用的外源基因表达载体,用于离子注入介导的转基因研究。本研究使用PacBio三代测序技术对离子束重组异常汉逊酵母菌Ar_Han0458及其原始菌株As2340进行了基因组de novo测序,应用生物信息学方法,从基因组结构与组分、基因功能、系统进化等方面开展了低能离子注入前后的异常汉逊酵母菌基因组学的研究。基因组de novo测序结果表明,低能离子注入前,异常汉逊酵母菌As2340的基因组大小为13,760,069bp,Contig N50长度为1,883,332bp,GC含量为34.53%;检测到总长为238,164bp的1,897条串联重复序列,散在重复序列108,253bp,重复序列长度占基因组的2.46%;预测到了932个非编码RNA基因;在预测的6,664个编码基因中,98.62%具有同源蛋白基因,其基因完整性达到91.7%;注释到KOG、KEGG和GO数据库的蛋白编码基因分别为4,391个、2,119个和3,580个,富集获得了3,937种GO功能(GO Ter... 

【文章来源】：新疆大学新疆维吾尔自治区 211工程院校

【文章页数】：65 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 离子束注入技术
    1.2 测序技术及研究现状
        1.2.1 第一代测序技术
        1.2.2 第二代测序技术
        1.2.3 第三代测序技术
    1.3 酵母菌基因组研究现状
    1.4 研究内容及意义
第二章 材料与方法
    2.1 材料
        2.1.1 酵母菌株
        2.1.2 培养基配制
    2.2 方法
        2.2.1 基因组DNA提取及测序
        2.2.2 基因组组装
        2.2.3 重复序列
        2.2.4 非编码RNA
        2.2.5 基因预测
        2.2.6 基因完整性评估
        2.2.7 基因功能注释
        2.2.8 SNP/InDel
        2.2.9 基因家族分析
        2.2.10 系统进化分析
第三章 结果与讨论
    3.1 酵母菌培养及其基因组DNA制备
Han0458 基因组草图">    3.2 离子束重组异常汉逊酵母菌Ar_Han0458 基因组草图
        3.2.1 测序结果
        3.2.2 组装结果
        3.2.3 重复序列
        3.2.4 非编码RNA
        3.2.5 基因预测
        3.2.6 基因完整性
        3.2.7 基因功能注释
    3.3 原始菌株As2340 基因组草图
        3.3.1 测序结果
        3.3.2 组装结果
        3.3.3 重复序列
        3.3.4 非编码RNA
        3.3.5 基因预测
        3.3.6 基因完整性
        3.3.7 基因功能注释
    3.4 异常汉逊酵母菌的比较基因组学分析
        3.4.1 离子注入前后异常汉逊酵母菌含六核苷酸重复基序的微卫星序列分析
        3.4.2 SNP/InDel分析
        3.4.3 基因家族
        3.4.4 系统进化分析
第四章 结论与展望
参考文献
附录
在读期间发表论文及参加学术会议
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]碳离子束辐照诱变选育丁醇耐受菌株[J]. 高越,杨阳,张苗苗,郭晓鹏,李文建,陆栋.  辐射研究与辐射工艺学报. 2019(01)
[2]高产二十碳五烯酸的微拟球藻藻株的诱变选育[J]. 李悦明,崔球,夏修峦,宋晓金,徐建春,李霞,范栋,李妍.  发酵科技通讯. 2018(03)
[3]16S rRNA基因在微生物生态学中的应用[J]. 刘驰,李家宝,芮俊鹏,安家兴,李香真.  生态学报. 2015(09)
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[5]非编码RNA——有待挖掘的生物宝库[J]. 陈润生.  生物化学与生物物理进展. 2013(07)
[6]H+,N+和Ar+离子束辐射诱导碳纳米结构的变化（英文）[J]. A Ishaq,Shahid Iqbal,Naveed Ali,A A Khurram,A U Akrajas,C F Dee,Shahzad Naseem,H M Rafique,Yan Long.  新型炭材料. 2013(02)
[7]低能N+离子注入诱变选育琼胶酶高产菌株[J]. 梅建凤,唐中秀,王琦,易喻,王鸿,应国清.  浙江工业大学学报. 2013(01)
[8]比较研究啮齿类动物基因组中的散在重复序列[J]. 韩丽娟.  科技通报. 2012(12)
[9]低能离子注入诱变选育盐霉素高产菌株[J]. 武利勤,苗凤香,顾海科,尚宏忠.  安徽农业科学. 2012(28)
[10]重离子辐照柠檬酸菌株的诱变选育[J]. 胡伟,陈积红,张珍,刘敬,王曙阳,李文建.  辐射研究与辐射工艺学报. 2012(01)

博士论文
[1]家蚕基因组中50-500nt非编码RNA的发现鉴定及表达谱研究[D]. 李丹丹.南京农业大学 2010



本文编号：2940262