生物分子复合体结构预测中的几个基本问题研究

发布时间：2020-12-27 16:52

　　蛋白质、RNA等生物分子是组成生物体的重要物质,其通过相互作用的方式参与了生物体的大部分生理过程。为了理解这些分子在生理过程中的作用与机制,对其分子结构的研究是必要的。对于现阶段的实验技术而言,得到蛋白质与RNA的序列要易于得到其结构,并且得到其单体结构要易于得到其复合体结构。所以发展出了利用已有的序列和结构信息来预测未知的生物分子结构的计算方法。以此为基础在本文中主要研究了三个方面的问题:1.构建新的蛋白质-RNA复合体结构预测的打分函数。目前对于生物分子的复合体结构预测主要分为两个步骤:采样和打分。其中打分部分的打分函数可以分为基于知识的打分函数和基于物理的打分函数。基于知识的打分函数主要受两个因素的影响:统计对象和参考态的选择。本文尝试使用新的统计对象来构建新的打分函数:a)以蛋白质残基与RNA碱基之间的堆积（stacking）现象作为统计对象构建了打分函数Score_π。该打分函数在已有的打分函数基础上加入stacking修正项,从而使打分函数更容易得到近天然态结构。b)不同于以往的打分函数通过距离,角度等参数描述配对状态,以蛋白质残基与RNA碱基之间的配对... 

【文章来源】：华中科技大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

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【学位级别】：博士

【部分图文】：

homas小组提出的迭代算法流程图

华 中 科 技 大 学 博 士 学 位 论 文24图1-8. 在人类细胞的细胞周期不同阶段中不同的 yclin 复合体在细胞中的出现情况，其中左侧标记出的是不同的细胞周期；中间为不同的 yclin 复合体，其中 yclin 简化为 yc， 简化为 ；右侧为不同复合体在不同的细胞周期中的作用。本图来自文献106在细胞周期的 G1 阶段，CyclinD 会优先与 CDK4 和 CDK6 形成复合体并发挥其催化作用。Cyclin D 的合成和稳定性受细胞内的生长因子水平的控制，并且Cyclin D 的活化可以控制细胞通过 G1 阶段的速度[117; 118]。同一阶段，Cyclin E会与 CDK2 形成活性的复合体，并且其浓度会在细胞周期由 G1 阶段转入至 S 阶段时达到顶峰

华 中 科 技 大 学 博 士 学 位 论 文29图2-2. 蛋白质和 中具有非饱和键平面 环形结构的氨基酸 碱基结构，而在这些结构之间会出现 π-π 相互作用。


本文编号：2942117