草鱼SAMHD1的转录调控及功能分析
发布时间：2020-12-27 21:31
SAMHD1（SAM domain and HD domain containing protein 1）蛋白作为一种宿主限制因子,因其具备独特的抗病毒功能而成为分子免疫学研究热点。在哺乳动物中,SAMHD1通过水解细胞内的dNTP,耗竭逆转录病毒复制所需的原料从而达到抗病毒功能。除抑制逆转录病毒复制外,SAMHD1还参与了STING介导的细胞凋亡通路,并且作为宿主限制因子,SAMHD1的缺失将导致严重的自身免疫疾病。尽管SAMHD1在哺乳动物中已有较多的研究,但是其在鱼类当中的报道非常少。本研究探索了草鱼SAMHD1的转录调控机制及其在先天免疫信号通路中的功能,另外还初步探索了草鱼SAMHD1在抑制GCRV病毒的作用。本研究首先通过同源克隆及RACE技术克隆获得草鱼SAMHD1的全长cDNA（2792 bp）,包括75 bp的5’UTR,833 bp的3’UTR和1884 bp的开放阅读框（ORF）,开放阅读框编码一个含628个氨基酸的蛋白。蛋白结构分析表明草鱼SAMHD1与哺乳动物SAMHD1一样具有SAM结构域（核酸结合位点）和HD结构域,并且与其他鱼类SAMHD1的同源性最高。...
【文章来源】：南昌大学江西省 211工程院校
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
人的SAMHD1蛋白结构
图 4.1 鱼类 SAMHD1 的氨基酸序列比对Figure 4.1 Amino acid sequences multiple alignments of fish SAMHD112 种鱼类 SAMHD1 的氨基酸序列。箭头指向区域分别为 SAM 和 HD 结构域。4.2 草鱼 SAMHD1 的系统进化分析在 NCBI 数据中找到 19 个物种的 SAMHD1 序列信息，将它们的氨基酸序列导出，经 Clustal X, MEGA 建树软件搭建 SAMHD1 的系统进化树(图 4.2)。从进化树上分析表明草鱼 SAMHD1 与其他鱼类 SAMHD1 具有较高的相似性，并且在同一进化分支上，其中草鱼 SAMHD1 与犀角金线魮(鲤形目鲤科)SAMHD1的进化关系最近。
图 4.2 SAMHD1 的系统进化树Figure 4.2 Phlogenetic tree of SAMHD1Clustal X 软件比对了 19 个物种中的 SAMHD1 蛋白序列。序列号依次为：弹涂鱼(XP_020785555.1) ， 大 黄 鱼 (XP_010739883.2) ， 尖 吻 鲈 (XP_018523705.1) ， 青 鳉(XP_004070541.1)，尼罗罗非鱼 (XP_003438935.3)，斑马拟丽鱼 (XP_014268301.1)，牙鲆(XP_019952006.1) ， 海 马 (XP_019746801.1) ， 龙 鱼 (XP_018612066.1) ， 点 斑 鸬 鹚(XP_017342242.1)，斑马鱼 (NP_001153405.1)，犀角金线魮 (XP_016374600.1)，小家鼠(NP_001132992.1)，黄牛 (NP_001069329.1)，野猪 (NP_001279034.1)，人(NP_056289.2)，猕猴 (NP_001258571.1)，绿猴 (NP_001279009.1)。图中实心三角形标注草鱼SAMHD1。4.3 草鱼 SAMHD1 兔多克隆抗体的特异性为后续检测草鱼 SAMHD1 的蛋白水平，所以需制备草鱼 SAMHD1 的多克隆抗体。将构建好的 SAMHD1-antibody-pET32a 质粒转化进 BL21 表达菌中，大量表达并纯化蛋白后免疫日本大耳朵兔制备多克隆抗体，四次免疫后从耳动脉取血并制备多抗血清。用预先抽提得到的 CIK 细胞总蛋白进行 western blot 验证结果发现在 75 kD 附近能检测到一条明显条带，并与预期大小一致，此条带即为SAMHD1(图 4.3)。
【参考文献】：
硕士论文
[1]草鱼IRF-2下调IFN、PKR、PKZ转录的分子机制[D]. 谷美慧.南昌大学 2015
本文编号：2942518
【文章来源】：南昌大学江西省 211工程院校
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
人的SAMHD1蛋白结构
图 4.1 鱼类 SAMHD1 的氨基酸序列比对Figure 4.1 Amino acid sequences multiple alignments of fish SAMHD112 种鱼类 SAMHD1 的氨基酸序列。箭头指向区域分别为 SAM 和 HD 结构域。4.2 草鱼 SAMHD1 的系统进化分析在 NCBI 数据中找到 19 个物种的 SAMHD1 序列信息，将它们的氨基酸序列导出，经 Clustal X, MEGA 建树软件搭建 SAMHD1 的系统进化树(图 4.2)。从进化树上分析表明草鱼 SAMHD1 与其他鱼类 SAMHD1 具有较高的相似性，并且在同一进化分支上，其中草鱼 SAMHD1 与犀角金线魮(鲤形目鲤科)SAMHD1的进化关系最近。
图 4.2 SAMHD1 的系统进化树Figure 4.2 Phlogenetic tree of SAMHD1Clustal X 软件比对了 19 个物种中的 SAMHD1 蛋白序列。序列号依次为：弹涂鱼(XP_020785555.1) ， 大 黄 鱼 (XP_010739883.2) ， 尖 吻 鲈 (XP_018523705.1) ， 青 鳉(XP_004070541.1)，尼罗罗非鱼 (XP_003438935.3)，斑马拟丽鱼 (XP_014268301.1)，牙鲆(XP_019952006.1) ， 海 马 (XP_019746801.1) ， 龙 鱼 (XP_018612066.1) ， 点 斑 鸬 鹚(XP_017342242.1)，斑马鱼 (NP_001153405.1)，犀角金线魮 (XP_016374600.1)，小家鼠(NP_001132992.1)，黄牛 (NP_001069329.1)，野猪 (NP_001279034.1)，人(NP_056289.2)，猕猴 (NP_001258571.1)，绿猴 (NP_001279009.1)。图中实心三角形标注草鱼SAMHD1。4.3 草鱼 SAMHD1 兔多克隆抗体的特异性为后续检测草鱼 SAMHD1 的蛋白水平，所以需制备草鱼 SAMHD1 的多克隆抗体。将构建好的 SAMHD1-antibody-pET32a 质粒转化进 BL21 表达菌中，大量表达并纯化蛋白后免疫日本大耳朵兔制备多克隆抗体，四次免疫后从耳动脉取血并制备多抗血清。用预先抽提得到的 CIK 细胞总蛋白进行 western blot 验证结果发现在 75 kD 附近能检测到一条明显条带，并与预期大小一致，此条带即为SAMHD1(图 4.3)。
【参考文献】：
硕士论文
[1]草鱼IRF-2下调IFN、PKR、PKZ转录的分子机制[D]. 谷美慧.南昌大学 2015
本文编号：2942518
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/2942518.html
教材专著
