格氏乳杆菌与副格氏乳杆菌的筛
发布时间：2021-03-04 20:01
格氏乳杆菌（Lactobacillus gasseri）是肠道、生殖道重要菌种之一。因其具有优良的益生特性,部分菌株已应用于食品、医药等行业,但有关格氏乳杆菌比较基因组方面的研究仍是空白。2018年通过全基因组序列分析和生物信息分析,将副格氏乳杆菌从格氏乳杆菌中划分出来,成为一个新物种,但两者在基因层面的共性与差异仍不清楚。因此,全面的解析格氏乳杆菌和副格氏乳杆菌基因组,并对两者进行基因组比较,对明确两者的异同以及优良菌株选育和开发具有重要意义。本研究从人体粪便及生殖道样品中筛选格氏乳杆菌,并对菌株基因组进行测序。通过基因组分析研究菌株进化关系区分物种,比较基因组、泛基因组了解菌株基因组组成并寻找差异基因。此外,对菌株的前噬菌体、毒力因子、耐药基因进行预测,并测定菌株对13种常见抗生素的耐药性,以此评估菌株的安全性。主要结果如下:（1）从人体粪便和生殖道样品筛选菌株并鉴定菌株物种,经乳杆特异性引物GroEL测序鉴定,选取130株“格氏乳杆菌”,对菌株进行基因组草图测序得到序列,以ANI96%为阈值,初步将“格氏乳杆菌”分为两个组,一组由105株菌组成,其ANI范围在97.89%
【文章来源】：江南大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：72 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
“格氏乳杆菌”菌落形态（a）与菌形态（b）
13图 3-2 130 菌株与格氏乳杆菌 ATCC33323、副格氏乳杆 JCM5343 的平均核苷酸同一性比对聚类热图Fig. 3-2 ANI values of isolated strains together with L. gasseri ATCC33323 and L. paragasseri JCM53433.1.3.2 格氏乳杆菌与副格氏乳杆菌的管家基因系统发育此外，管家基因系统发育树也是鉴定区分物种的方法，其中 GroEL（分子伴侣）是一种比 16S rRNA 基因更强大的乳酸杆菌属单基因系统发育标记[96]。2011 年 Shevtsov
江南大学硕士毕业论文已经报道 GroEL 能够将 68 株乳杆菌确鉴定到种水平。2015 年 Ranjan 也通过 PCR 扩增GroEL 将干酪乳杆菌、副干酪乳杆菌和鼠李糖乳杆菌区分[97]。PheS（苯丙氨酰-tRNA 合酶α亚基）也是乳杆菌属物种分类强有力的工具，并具有较高的鉴别能力是可靠鉴定[69]。根据报道 PheS 基因构建将副格氏乳杆菌从格氏乳杆菌种区分出来[3]。本研究从 130 株菌种提取了两个管家基因 PheS 和 GroEL 的核酸序列，并构建管家基因进化树，结果显示 105 株副格氏菌聚集在一个进化分枝上（图 3-4）剩余的 25 株格氏乳杆菌在另一个进化分支上，这与基于直系同源基因的系统发进化树结果一致。因此，推测 PheS 基因和GroEL 基因的完整序列可作为鉴定格氏乳杆菌、副格氏乳杆菌的一种手段。
【参考文献】：
期刊论文
[1]泡菜发酵乳酸菌的分离鉴定及耐药性分析[J]. 党乔,孔令聪,刘洁,刘树明,魏星,马红霞,闵伟红. 食品科学. 2019(20)
[2]保加利亚乳杆菌CRISPR位点的序列分析[J]. 程娜,蔡针华,吕加平,贾震虎,逄晓阳. 生物技术通报. 2018(05)
[3]群体基因组学在乳酸菌研究中的应用[J]. 孙志宏. 中国食品学报. 2017(08)
[4]沙门氏菌CRISPR位点的结构特征比较[J]. 曲道峰,沈杨,张聪聪,韩剑众. 微生物学报. 2018(02)
[5]发酵用鲜辣椒中乳酸菌抗生素耐药性与耐药基因[J]. 蔡婷,徐顾榕,林凯,宋菲菲,张其圣,陈功,蔡义民,张庆,向文良. 食品与生物技术学报. 2016(09)
[6]罗伊氏乳杆菌的益生特性及安全性分析[J]. 朱振军,黄国宏,梁晓琳,蔡达,梁爱红,李全阳. 现代食品科技. 2016(06)
[7]内蒙古达茂旗牧区牛乳中乳酸菌的鉴定与耐药性分析[J]. 吕耀龙,李少英,包丹丹,赵春杰. 食品工业科技. 2016(12)
[8]乳酸菌CRISPR-Cas系统同源性分析[J]. 李婉,张丹青,王娜娜,霍贵成. 食品工业科技. 2016(11)
[9]碳水化合物活性酶数据库（CAZy）及其研究趋势[J]. 王帅,陈冠军,张怀强,王禄山. 生物加工过程. 2014(01)
[10]细菌泛基因组学的研究[J]. 庄绪冉,朱泳璋. 上海交通大学学报(医学版). 2012(11)
博士论文
[1]自然发酵乳中嗜热链球菌群体遗传学和功能基因组学研究[D]. 赵洁.内蒙古农业大学 2018
[2]复杂样品中双歧杆菌的高通量检测和菌种高效分离方法的研究[D]. 胡陆军.江南大学 2017
[3]泛基因组学分析方法开发及应用[D]. 赵永兵.中国科学院北京基因组研究所 2014
硕士论文
[1]粪肠球菌乳源分离株与其它环境分离株基因组比较分析[D]. 王彦杰.内蒙古农业大学 2018
[2]加氏乳杆菌JDM511安全性分析[D]. 叶露.上海交通大学 2014
[3]特殊生境中产细菌素乳杆菌的分离、鉴定及益生特性分析[D]. 赵慧.辽宁师范大学 2005
本文编号：3063826
【文章来源】：江南大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：72 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
“格氏乳杆菌”菌落形态（a）与菌形态（b）
13图 3-2 130 菌株与格氏乳杆菌 ATCC33323、副格氏乳杆 JCM5343 的平均核苷酸同一性比对聚类热图Fig. 3-2 ANI values of isolated strains together with L. gasseri ATCC33323 and L. paragasseri JCM53433.1.3.2 格氏乳杆菌与副格氏乳杆菌的管家基因系统发育此外，管家基因系统发育树也是鉴定区分物种的方法，其中 GroEL（分子伴侣）是一种比 16S rRNA 基因更强大的乳酸杆菌属单基因系统发育标记[96]。2011 年 Shevtsov
江南大学硕士毕业论文已经报道 GroEL 能够将 68 株乳杆菌确鉴定到种水平。2015 年 Ranjan 也通过 PCR 扩增GroEL 将干酪乳杆菌、副干酪乳杆菌和鼠李糖乳杆菌区分[97]。PheS（苯丙氨酰-tRNA 合酶α亚基）也是乳杆菌属物种分类强有力的工具，并具有较高的鉴别能力是可靠鉴定[69]。根据报道 PheS 基因构建将副格氏乳杆菌从格氏乳杆菌种区分出来[3]。本研究从 130 株菌种提取了两个管家基因 PheS 和 GroEL 的核酸序列，并构建管家基因进化树，结果显示 105 株副格氏菌聚集在一个进化分枝上（图 3-4）剩余的 25 株格氏乳杆菌在另一个进化分支上，这与基于直系同源基因的系统发进化树结果一致。因此，推测 PheS 基因和GroEL 基因的完整序列可作为鉴定格氏乳杆菌、副格氏乳杆菌的一种手段。
【参考文献】：
期刊论文
[1]泡菜发酵乳酸菌的分离鉴定及耐药性分析[J]. 党乔,孔令聪,刘洁,刘树明,魏星,马红霞,闵伟红. 食品科学. 2019(20)
[2]保加利亚乳杆菌CRISPR位点的序列分析[J]. 程娜,蔡针华,吕加平,贾震虎,逄晓阳. 生物技术通报. 2018(05)
[3]群体基因组学在乳酸菌研究中的应用[J]. 孙志宏. 中国食品学报. 2017(08)
[4]沙门氏菌CRISPR位点的结构特征比较[J]. 曲道峰,沈杨,张聪聪,韩剑众. 微生物学报. 2018(02)
[5]发酵用鲜辣椒中乳酸菌抗生素耐药性与耐药基因[J]. 蔡婷,徐顾榕,林凯,宋菲菲,张其圣,陈功,蔡义民,张庆,向文良. 食品与生物技术学报. 2016(09)
[6]罗伊氏乳杆菌的益生特性及安全性分析[J]. 朱振军,黄国宏,梁晓琳,蔡达,梁爱红,李全阳. 现代食品科技. 2016(06)
[7]内蒙古达茂旗牧区牛乳中乳酸菌的鉴定与耐药性分析[J]. 吕耀龙,李少英,包丹丹,赵春杰. 食品工业科技. 2016(12)
[8]乳酸菌CRISPR-Cas系统同源性分析[J]. 李婉,张丹青,王娜娜,霍贵成. 食品工业科技. 2016(11)
[9]碳水化合物活性酶数据库（CAZy）及其研究趋势[J]. 王帅,陈冠军,张怀强,王禄山. 生物加工过程. 2014(01)
[10]细菌泛基因组学的研究[J]. 庄绪冉,朱泳璋. 上海交通大学学报(医学版). 2012(11)
博士论文
[1]自然发酵乳中嗜热链球菌群体遗传学和功能基因组学研究[D]. 赵洁.内蒙古农业大学 2018
[2]复杂样品中双歧杆菌的高通量检测和菌种高效分离方法的研究[D]. 胡陆军.江南大学 2017
[3]泛基因组学分析方法开发及应用[D]. 赵永兵.中国科学院北京基因组研究所 2014
硕士论文
[1]粪肠球菌乳源分离株与其它环境分离株基因组比较分析[D]. 王彦杰.内蒙古农业大学 2018
[2]加氏乳杆菌JDM511安全性分析[D]. 叶露.上海交通大学 2014
[3]特殊生境中产细菌素乳杆菌的分离、鉴定及益生特性分析[D]. 赵慧.辽宁师范大学 2005
本文编号：3063826
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3063826.html
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