核内RNA对真核细胞基因组三维高级结构的影响

发布时间：2021-03-06 01:46

　　目的:研究核内RNA与真核细胞基因组三维结构的关系,并探讨核内RNA对染色体高级结构如拓扑相关结构域（TAD）和A/B区室的影响。方法:利用全基因组染色质构象捕获（Hi-C）技术对正常GM12878细胞和经过RNase处理的GM12878细胞进行染色质相互作用的检测。结果:经RNase处理后,染色质的三维高级结构在整体上变得松散,染色体之间的相互作用增强（秩和检验P<0.05）,A/B区室发生改变,并且相比于所有染色体,X染色体在A/B区室上的变化更大。同时,核内RNA的去除也让TAD边界的强度有所减弱（Vilcox校验P<0.05）。结论:核内RNA参与了真核细胞基因组三维高级结构的形成,并使TAD和A/B区室更加致密。 

【文章来源】：生物技术通讯. 2020,31(05)

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

Hi-C数据的质量控制

我们绘制了全基因组IDE曲线（图4），随着基因距离的不断增大，野生型GM12878和RNase处理的GM12878细胞的相互作用频率由10-6下降到10-8，其中RNase处理组在基因距离108碱基对处的相互作用频率略高于野生型GM12878，说明相比于野生型GM12878细胞，经RNase处理后的GM12878细胞的染色体远距离相互作用有所增强，染色体的结构变得松散。图3 染色质内相互作用的减扣

染色质内相互作用的减扣


本文编号：3066224