念珠藻属植物hetR基因的适应性进化分析

发布时间：2021-03-07 15:51

　　以念珠藻属（Nostoc）及其近缘类群hetR基因的51条序列为研究对象,对hetR基因的编码蛋白进行生物信息学分析和系统发育分析,并使用分支模型、位点模型和分支-位点模型进行该基因位点的适应性进化研究。系统发育分析结果显示,51条hetR基因蛋白序列可分为4个大分支。适应性进化分析结果表明,在3种进化模型中,大多数分支及藻株都没有检测到统计学上具有显著性的正选择位点,说明检测的位点大多处于负选择压力下。但在普通念珠藻（Nostoc commune,CHAB2802）中检测到正选择位点（126T）,提示念珠藻属植物hetR基因发生了适应性改变。 

【文章来源】：植物科学学报. 2020,38(01)北大核心

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

基于hetR基因蛋白序列构建的系统发育树

本研究基于同源建模原理，对PDB数据库进行Blast搜索，发现普通念珠藻与Fischerella属藻类(PDBID:4J00)HetR蛋白的结构相似度高达92.36%，满足同源建模的可靠性条件。基于此来预测HetR蛋白的三维结构。经对位排列(图2)，确定被检测出的正选择位点的相对位置。在HetR蛋白三维预测结构中标示出正选择位点(图3)。图3 普通念珠藻HetR正选择位点的空间位置

普通念珠藻HetR正选择位点的空间位置

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3069391