原始小球藻AP2转录因子的生物信息学分析

发布时间：2021-04-22 02:13

　　为了揭示原始小球藻AP2基因家族编码蛋白的理化特性、分子功能和遗传进化特征,该文对原始小球藻AP2基因家族的蛋白成员进行了详细的生物信息学预测和分析,并利用PrtoParam、Pfam 3. 20、Protscale等在线工具分析了原始小球藻AP2家族所包含的8个蛋白成员。结果表明:该家族成员含有的氨基酸数为247 （XP₀11395646.1）到715 （XP₀11401904.1）,理论等电点最大为9.39 （XP₀11396011.1）、最小为5.81 （XP₀11398158.1）;家族中各个成员所含有的保守结构域的位置和数量都各不相同;所有蛋白成员均无信号肽,均不包含跨膜螺旋,不具有跨膜区域;蛋白成员中最大亲水性值为-3. 222（XP₀11398158.1）,最大疏水性值为2.333 （XP₀11401904.1）,且所有成员的平均亲疏水性值均小于0;成员中有多个磷酸化位点值远超标准值0.5,最大磷酸化位点值为0.998;该基因家族的蛋白成员二... 

【文章来源】：广西植物. 2020,40(12)北大核心CSCD

【文章页数】：16 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 AP2转录因子基因的蛋白成员的一级结构和理化性质分析
        1.2.2 氨基酸的保守结构域、跨膜结构及信号肽分析
        1.2.3 氨基酸的亲疏水性和磷酸化位点预测分析
        1.2.4 编码蛋白的二级结构和三级结构预测分析
        1.2.5 保守基序分析
        1.2.6 同源性分析及进化树分析
2 结果与分析
    2.1 AP2转录因子基因成员的一级结构和理化性质分析
    2.2 氨基酸保守结构域、信号肽和跨膜域结构分析
    2.3 氨基酸亲疏水性预测分析
    2.4 磷酸化位点分析
    2.5 原始小球藻AP2转录因子编码蛋白的二级结构和三级结构预测分析
    2.6 保守基序MEME分析
    2.7 同源性比对及进化树分析
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]蔷薇科植物DELLA蛋白的生物信息学分析[J]. 宋伟,李鼎立,王然,原永兵,刘成连,马春晖.  中国农学通报. 2013(19)
[2]玉米转录因子结构与功能研究进展[J]. 莫晓婷,赵军,范云六,王磊.  中国农业科技导报. 2013(03)
[3]玉米LIM结构域蛋白基因家族分析[J]. 张海燕,李佐同,赵长江,杨克军,王玉凤,胡雪微,赵莹.  玉米科学. 2013(03)
[4]“异养-胁迫”分段培养对原始小球藻生物量和油脂含量影响研究[J]. 汪桂林,桂小华,邓伟,赵志良,姚杰,闫云君.  中国生物工程杂志. 2013(03)
[5]小麦F-box蛋白基因的电子克隆和生物信息学分析[J]. 王俊生,李俐俐,杨欢,谭光轩,殷贵鸿.  河南农业科学. 2013(02)
[6]植物AP2/ERF类转录因子研究进展[J]. 张计育,王庆菊,郭忠仁.  遗传. 2012(07)
[7]一种基于Quartet Puzzling和邻接法的进化树构建算法[J]. 李建伏,郭茂祖,刘扬.  计算机研究与发展. 2008(11)

博士论文
[1]原始小球藻产油条件及油脂合成代谢调控的研究[D]. 桂小华.华中科技大学 2017

硕士论文
[1]中国樱桃AP2/ERF转录因子在花芽休眠解除过程的表达与作用研究[D]. 王月.浙江师范大学 2017
[2]甘蓝型油菜AP2亚家族转录因子及植物中WRI1的基因组学分析[D]. 王莉莉.西北农林科技大学 2016
[3]小兰屿蝴蝶兰AP2/ERF基因家族生物信息学分析[D]. 朱光哲.中国林业科学研究院 2016
[4]烟草碳酸酐酶基因的克隆及其生物信息学分析[D]. 杨朗.四川农业大学 2015
[5]原始小球藻分段培养条件优化及高附加值产物提取工艺研究[D]. 汪桂林.华中科技大学 2013
[6]红火蚁毒素致敏原soli1、soli4基因的克隆及表达[D]. 夏巧玉.西南大学 2007



本文编号：3152953