烟草叶绿体基因组RNA编辑位点的鉴定与分析

发布时间：2021-04-25 14:56

　　为了更好地了解烟草叶绿体基因组中RNA编辑位点的数量及它们发挥的功能,本研究借助烟草3种器官（叶,花,根）的基因组测序数据及RNA测序数据,对烟草叶绿体基因组里胞嘧啶（C）转换为尿嘧啶（U）的RNA编辑位点进行了鉴定。在烟草叶绿体基因组中,发现了1 002个RNA编辑位点。609个编辑位点位于63个蛋白编码基因,占所有编辑位点的60.8%,其中无义突变的编辑位点46个。蛋白编码基因中,rpoC2、ycf1和ndhD发生的编辑位点最多,RNA基因中trnG、trnfM和trnD有最多的编辑位点。对叶、花和根中的编辑位点进行比较,根的RNA编辑位点最多,为652个。这些无义突变的RNA编辑位点,在花、根中主要是影响参与光合作用的基因,而在叶中这些基因未受影响。表明RNA编辑作为转录后调控的一种方式,对于维持不同器官的功能是非常重要的。本研究为进一步研究烟草RNA编辑的生物学功能提供帮助。 

【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(20)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 RNA编辑位点
    1.2 叶的编辑位点
    1.3 花的编辑位点
    1.4 根的编辑位点
    1.5 叶、花、根编辑位点比较
2 讨论
3 材料与方法
    3.1 数据及实验设计
    3.2 数据质控及比对到参考基因组
    3.3 鉴定RNA编辑位点
作者贡献


【参考文献】：
期刊论文
[1]蒙古扁桃nrDNA ITS和cpDNA trnH-psbA序列分子进化特点研究[J]. 段义忠,王建武,亢福仁,李娟.  基因组学与应用生物学. 2018(07)
[2]RNA editing machinery in plant organelles[J]. Junjie Yan,Qunxia Zhang,Ping Yin.  Science China（Life Sciences）. 2018(02)
[3]大麦叶绿体基因RNA编辑位点的预测与鉴定[J]. 马红战,张保军,樊虎玲.  麦类作物学报. 2013(06)
[4]烟草表达抗病基因同源物（RGA）的鉴定及RGA-SSR标记的开发[J]. 袁清华,谢锐鸿,张振臣,马柱文,李集勤,李淑玲,陈俊标.  作物学报. 2014(02)



本文编号：3159585