MADS-box基因GmAP3的克隆及生物信息学分析

发布时间：2021-06-07 17:15

　　植物MADS盒基因蛋白是一类在生物发育过程中起着重要作用的转录因子家族。本研究在前期大豆花芽转录组测序分析的基础上,利用RACE技术成功克隆了一个MADS-box基因的全长cDNA序列,利用生物信息学方法对它所编码的氨基酸基本性质和结构进行了系统分析。结果表明,该基因属于MIKC家族,为亲水性蛋白,稳定性较好;二级结构中同时含有α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲结构,其中α-螺旋和无规则卷曲所占比例均较高;亚细胞定位分析显示其定位在细胞核上;聚类分析表明该基因属于AP3亚家族,该基因编码的氨基酸与拟南芥AP3蛋白的同源性为41.18%,与大豆中GmNMH7的同源性最高为97%,命名该基因为GmAP3。本研究成功克隆出GmAP3基因,为该基因的进一步研究提供实验材料,并通过生物信息学分析预测,为下一步该基因的功能研究提供依据。 

【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(03)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

差异基因GmMADS NCBI BLASTn比对

大豆花芽总RNA提取的琼脂糖凝胶电泳

差异基因中间片段RT-PCR扩增及菌液PCR

【参考文献】：
期刊论文
[1]银杏MADS-box基因家族的表达及系统发育分析[J]. 董金金,刘伟,李萌,王俊燚,何崇单,蔡雨蒙,王启业,王义强.  植物生理学报. 2018(06)
[2]梨两个休眠相关MADS-box基因特征及在其休眠过程中的表达分析[J]. 刘国琴,郑鹏华,Sayed Hussain,滕元文.  园艺学报. 2013(04)
[3]MADS-box转录因子的相互作用及对果实发育和成熟的调控[J]. 刘菊华,徐碧玉,张静,金志强.  遗传. 2010(09)
[4]拟南芥和琴叶拟南芥中MADS-box基因的比较进化分析[J]. 薛皓月,徐桂霞,国春策,山红艳,孔宏智.  生物多样性. 2010(02)



本文编号：3216982