14种陆生植物中DUF4228基因家族的鉴定和表达分析

发布时间：2021-06-12 00:30

　　随着越来越多物种基因组测序的完成,利用生物信息学手段揭示不同家族基因的功能被广泛地应用于动植物等的研究中。本研究通过序列分析、系统进化分析以及表达量检测等方法,对14种代表植物中含有未知功能结构域DUF4228基因家族进行了综合分析,得到以下结果:1.利用Pfam30.0数据库中下载的DUF4228结构域的HMM模型,通过HMMsearch从14种陆生植物以及2种藻类植物基因组中搜索具有DUF4228结构域的基因,发现藻类植物团藻和莱茵衣藻没有含该结构域的基因,其他14种陆生植物共含有489个DUF4228家族基因。2.对上述的489个基因的氨基酸序列进行进化分析发现,可将该家族分为3个组,分别为group Ⅰ,group Ⅱ和groupⅢ。其中group Ⅰ基因数量最少,groupⅢ基因数量最多,groupⅡ为种子植物所特有。3.分析本研究中的489个基因的结构域发现,仅裸子植物火炬松中少数序列存在2-3个DUF4228结构域,其余基因均仅含有一个DUF4228结构域。4.保守基序分析表明,14个陆生物种的489个DUF4228家族基因中均存在motif Ⅰ。5.拟南芥AtDUF42... 

【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区

【文章页数】：106 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１本研究技术路线??Ｆｉｇ．?１?Ｔｈｅ?ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?ｒｏｕｔｅ?ｉｎ?ｔｈｉｓ?ｓｔｕｄｙ??

图５陆生植物中家族基因中ｇｒｏｕｐ丨的进化分析（第二部分）?

图６陆生植物中Ｚ７Ｗ４２％家族基因中ｇｒｏｕｐ?Ｉ的进化分析（第三部分）??Ｆｉｇ．６?Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ＤＵＦ４２２８?ｇｅｎｅｓ?ａｂｏｕｔ?ｇｒｏｕｐ?Ｉ?ｉｎ?ｌａｎｄ?ｐｌａｎｔ?ｌｉｎｅａｇｅｓ?（ｐａｒｔ?ＩＩＩ?）？??


本文编号：3225577