木薯C2H2型锌指蛋白转录因子家族全基因组鉴定及表达分析

发布时间：2021-08-23 19:38

　　锌指蛋白转录因子（zinc-finger protein transcription factor, ZFP）是一种具有特定结构的蛋白,是真核生物重要转录因子之一,其通过与核内其他因子相互作用,调控各种生理反应,参与植物的生长发育和生物与非生物胁迫。目前对木薯锌指蛋白家族的研究依然较少。本研究利用木薯基因组数据库筛选鉴定了85个木薯C2H2型锌指蛋白转录因子家族成员,利用生物信息学手段分析该家族基因的结构特征和理化性质,结果表明同一C2H2型锌指蛋白家族的基因结构及氨基酸序列长度存在显著差异,大致可分为6个亚家族,各成员具有特征性的锌指结构域,但数量上存在差异;染色体定位显示该家族成员并非定位于木薯所有的18条染色体,在13号和16号染色体上没有C2H2型锌指蛋白家族成员定位。结合已有的转录组数据分析其在不同组织及非生物胁迫下的表达模式,发现各成员在不同组织中的表达模式不同,各组织均有高表达的基因,部分成员无组织表达差异,部分家族成员响应非生物胁迫。因此,木薯C2H2型锌指蛋白转录因子在植物生长发育和响应非生物胁迫功能方面具有重要的作用。 

【文章来源】：植物生理学报. 2020,56(12)北大核心CSCD

【文章页数】：13 页

【部分图文】：

木薯C2H2型锌指蛋白家族10种编码蛋白基序的结构

图3 C2H2型锌指蛋白家族系统发育进化树综上,本研究筛选鉴定了85个C2H2型锌指蛋白转录因子,定位在16条染色体上。C末端保守的氨基酸序列是典型的锌指结构域,除此之外,可根据不同的结构域将其分为6类。C2H2型锌指蛋白家族的成员具有组织特异性,部分成员的表达受非生物胁迫的影响且存在品种差异。这些结果可以让我们更加了解木薯C2H2型锌指蛋白家族的结构特征和表达模式,为之后进一步研究C2H2型锌指蛋白转录因子在木薯生长、发育及非生物胁迫中的作用机制提供可用信息。

综上,本研究筛选鉴定了85个C2H2型锌指蛋白转录因子,定位在16条染色体上。C末端保守的氨基酸序列是典型的锌指结构域,除此之外,可根据不同的结构域将其分为6类。C2H2型锌指蛋白家族的成员具有组织特异性,部分成员的表达受非生物胁迫的影响且存在品种差异。这些结果可以让我们更加了解木薯C2H2型锌指蛋白家族的结构特征和表达模式,为之后进一步研究C2H2型锌指蛋白转录因子在木薯生长、发育及非生物胁迫中的作用机制提供可用信息。

【参考文献】：
期刊论文
[1]木薯NOX基因家族成员的生物信息学及其表达分析[J]. 胡广,梁大成.  南方农业学报. 2019(10)
[2]木薯品种新选048耐旱生理特性研究[J]. 罗兴录,韦婉羚,单忠英,樊吴静.  热带作物学报. 2016(03)
[3]高温逆境下植物叶片衰老机理研究进展[J]. 杨小飞,郭房庆.  植物生理学报. 2014(09)
[4]干旱胁迫对苗期木薯内源激素含量的影响[J]. 周芳,刘恩世,赵平娟,王文泉,彭明.  干旱地区农业研究. 2013(05)



本文编号：3358472