PEG胁迫下春小麦苗期叶片的转录组分析

发布时间：2021-09-30 08:03

　　春小麦的苗期生长受到干旱的严重影响,进而影响其产量和品质。为了明确响应干旱胁迫的关键表达基因,本研究以PEG胁迫和相应对照春小麦苗期叶片为材料构建转录组测序文库,利用Illumina HiSeq TM2000进行测序,采用FPKM法计算基因表达量,对差异表达基因进行功能分类和KEGG通路分析。结果表明,样品测序均得到6.4 G以上的碱基,每组样品Q30碱基百分比均大于88.73%。最终结果筛选到差异表达基因1 217个,其中410个上调表达基因,807个下调表达基因,显著富集到谷胱甘肽和苯丙烷类等代谢途径。本研究结果为小麦等作物抗旱基因的挖掘和功能研究奠定了良好的基础。 

【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(24)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

PEG胁迫与对照组差异基因统计

图1 PEG胁迫与对照组差异基因统计为了分析比较PEG胁迫和对照两组之间的表达，根据默认参数，用得到的clean reads映射到带有BOWTIE程序的转录组组件，然后将相匹配的读取数其转化为RPKM。根据FDR<0.05且|log2FC|>1从中筛选出了1 217个PEG胁迫处理和对照组间的差异表达基因，其中上调表达的基因有410个，807个基因表达受到抑制，为理解春小麦应答PEG胁迫的分子机制以及抗旱功能基因的挖掘提供了一定的理论依据。

CK与PEG差异基因GO分类

【参考文献】：
期刊论文
[1]水稻苗期耐冷性差异的转录组分析[J]. 郭慧,李树杏,孙平勇,郝留根,张宏伟,邓华凤.  分子植物育种. 2020(06)
[2]水稻苗期低温应答转录组分析[J]. 朱琳,袁梦,高红秀,曲悦,何沈雨,王剑,王珊,王思宇,杨玲,张忠臣,金正勋.  华北农学报. 2018(05)
[3]PEG胁迫及复水对春小麦苗期光合特性的影响[J]. 叶景秀,姚有华,谢德庆.  云南农业大学学报(自然科学). 2015(06)
[4]利用RNA-Seq鉴定甘蓝型油菜叶片干旱胁迫应答基因[J]. 卢坤,张琳,曲存民,梁颖,唐章林,李加纳.  中国农业科学. 2015(04)
[5]小麦抗旱机理研究进展[J]. 葛培,郭广芳,晏月明.  生物技术通报. 2010(04)
[6]青海省干旱成因分析[J]. 唐洪波,陈强.  水资源与水工程学报. 2007(02)
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博士论文
[1]甘蓝型油菜应答干旱胁迫的组学研究[D]. 王力敏.华中农业大学 2017
[2]PEG胁迫下的甘蔗RNA-Seq定量分析与差异表达基因鉴定[D]. 郭晋隆.福建农林大学 2013
[3]阿拉善荒漠区珍稀泌盐植物长叶红砂响应盐胁迫的转录组学研究[D]. 党振华.内蒙古大学 2013



本文编号：3415450