芥蓝BaCSLD的克
发布时间：2021-10-11 11:44
为获知芥蓝中类纤维素合成酶基因的序列特征和表达特性,利用RT-PCR技术从芥蓝中扩增获得1个类纤维素合成酶基因全长cDNA序列,命名为BaCSLD（GenBank登录号:MH491418）,对该基因的序列特征、亚细胞定位、组织特异性表达情况进行分析,并通过最大似然法构建系统进化树。结果表明,BaCSLD cDNA序列包含一个2 796 bp的最大开放阅读框,编码931个氨基酸,且BaCSLD属于跨膜蛋白,具有8个跨膜区。BaCSLD与12个物种同源序列在进化树上分为4组,来自十字花科的AtCSLD与BaCSLD处于同一分支,亲缘关系较近的为苦瓜中的McCSLD,而与同属的油菜中的BnCSLD和芜菁中的BrCSLD关系较远。BaCSLD::GFP融合蛋白定位于细胞膜。此外,BaCSLD仅在芥蓝三级花蕾和花中表达。本研究结果为类纤维素合成酶基因功能的深入研究提供了参考。
【文章来源】：核农学报. 2020,34(05)北大核心CSCD
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
CDS基因全长DNA的扩增
经在线数据库http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM分析,BaCSLD属于跨膜蛋白,具有8个跨膜区(图2)。蛋白质专家分析系统(http://ca.expasy.org)分析表明,它们都具有多个活性位点,包括酪氨酸激酶磷酸化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、N-糖基化位点、依赖的蛋白激酶磷酸化位点、酰胺化位点、酰基化位点、蛋白激酶C磷酸化位点;在线数据库http://smart. Embl - heidelberg. de/smart/job_status分析发现,BaCSLD蛋白具有celluse-synt结构域。2.3 BaCSLD同源序列的系统进化关系分析
类纤维素合酶(CSL)与大量的纤维素合酶(CesA)构成了一个庞大的超基因家族,它们具有很高的序列相似性,且编码的蛋白质都具有糖基转移酶的活性[13,18]。植物体中存在数量众多的纤维素合酶基因,它们可能是漫长的进化过程中染色体发生复制的结果。目前该家族内各个基因的表达模式、功能鉴定和相互作用机制尚不明确[19-20]。在植物中纤维素合酶基因主要受转录水平的调控,虽然CesA蛋白在植物所有的组织和不同类型的细胞中都有表达,但家族中不同成员在植物发育的不同时期、不同的植物组织中的表达存在差异[20-21]。在拟南芥中,AtCesA1在根、花、莲座叶各个组织中都表达,而AtCesA9仅在胚的发育过程中以及茎、叶片的连接处有表达[21]。CesA1、CesA9基因在玉米中不同部位的表达水平也不同[22]。Suzuki等[23]对毛果杨CSL的表达分析发现,CSL在毛白杨中也具有组织特异性表达。本研究中,BaCSLD仅在芥蓝的大花蕾和开放的花中表达,可见不同的CSLD基因具有不同的表达模式[23-25]。类纤维素合酶家族中存在多个保守结构域,这些保守域的蛋白质序列赋予了该酶特定功能[26-27]。本研究结果显示,BaCSLD蛋白具有多个活性位点,多个磷酸化位点的存在可能与BaCSLD的酶活性动态变化相关[28]。目前, 有关CSL基因家族功能的研究鲜见报道,大多数的类纤维素合成酶基因功能需要进行全面系统的分析[27-28]。本研究系统进化分析结果表明,BaCSLD同源序列与拟南芥AtCSLD亲缘关系较近,这是由于芥蓝和拟南芥同属于十字花科,而BaCSLD与油菜中的BnCSLD和芜菁中的BrCSLD关系较远,可能是由于在进化过程中基因序列在一些重要位点发生了分化[29],因而对该基因的表达模式及其功能分析进行研究尤为重要。
【参考文献】：
期刊论文
[1]甘蓝NLR家族全基因组鉴定、进化分析及在不同病害胁迫下的表达分析[J]. 邢苗苗,刘星,孔枞枞,杨丽梅,庄木,张扬勇,王勇,方智远,吕红豪. 园艺学报. 2019(04)
[2]NaOH协同辐照预处理提高稻草纤维素酶解转化率[J]. 齐慧,武小芬,陈亮,邓明,王克勤. 核农学报. 2019(06)
[3]竹类植物中CYP85A1基因的克隆及表达分析[J]. 陈炜,赵建文,张智俊,林新春,郭小勤. 核农学报. 2019(04)
[4]基于iTRAQ技术的不同耐热性水稻花药差异蛋白分析[J]. 张桂莲,赵瑞,刘逸童,唐文帮. 核农学报. 2019(04)
[5]结球甘蓝BoTCTP基因表达载体的构建及转化芥蓝的研究[J]. 王静静,曹必好,陈国菊,陈长明,陈清华,雷建军. 农业生物技术学报. 2019(01)
[6]甘蔗纤维素合成酶基因ScCes3的全长克隆与表达分析[J]. 黄诚梅,吴凯朝,魏源文,邓智年,陆珍,曹辉庆,罗海斌,蒋胜理,徐林. 农业生物技术学报. 2018(12)
[7]茉莉生殖发育与分子生物学特性研究分析[J]. 邓衍明,齐香玉,苏家乐. 核农学报. 2019(02)
[8]园艺植物性别决定机制研究进展[J]. 赵玉洁,张太奎,刘翠玉,黄贤斌,苑兆和. 园艺学报. 2018(11)
[9]梨BAHD家族成员的鉴定、序列特征及表达分析[J]. 孙燕铭,李亿红,程曦,李国辉,盛玲玲,金青,蔡永萍,林毅. 核农学报. 2018(10)
[10]芥蓝和结球甘蓝分别与甘蓝型油菜杂交的后代结实性及Rfo传递效率比较[J]. 于海龙,李志远,杨丽梅,刘玉梅,庄木,吕红豪,李占省,方智远,张扬勇. 园艺学报. 2018(01)
硕士论文
[1]单双子叶植物中纤维素合成酶基因家族的分子进化研究[D]. 江琴.福建农林大学 2018
本文编号：3430442
【文章来源】：核农学报. 2020,34(05)北大核心CSCD
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
CDS基因全长DNA的扩增
经在线数据库http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM分析,BaCSLD属于跨膜蛋白,具有8个跨膜区(图2)。蛋白质专家分析系统(http://ca.expasy.org)分析表明,它们都具有多个活性位点,包括酪氨酸激酶磷酸化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、N-糖基化位点、依赖的蛋白激酶磷酸化位点、酰胺化位点、酰基化位点、蛋白激酶C磷酸化位点;在线数据库http://smart. Embl - heidelberg. de/smart/job_status分析发现,BaCSLD蛋白具有celluse-synt结构域。2.3 BaCSLD同源序列的系统进化关系分析
类纤维素合酶(CSL)与大量的纤维素合酶(CesA)构成了一个庞大的超基因家族,它们具有很高的序列相似性,且编码的蛋白质都具有糖基转移酶的活性[13,18]。植物体中存在数量众多的纤维素合酶基因,它们可能是漫长的进化过程中染色体发生复制的结果。目前该家族内各个基因的表达模式、功能鉴定和相互作用机制尚不明确[19-20]。在植物中纤维素合酶基因主要受转录水平的调控,虽然CesA蛋白在植物所有的组织和不同类型的细胞中都有表达,但家族中不同成员在植物发育的不同时期、不同的植物组织中的表达存在差异[20-21]。在拟南芥中,AtCesA1在根、花、莲座叶各个组织中都表达,而AtCesA9仅在胚的发育过程中以及茎、叶片的连接处有表达[21]。CesA1、CesA9基因在玉米中不同部位的表达水平也不同[22]。Suzuki等[23]对毛果杨CSL的表达分析发现,CSL在毛白杨中也具有组织特异性表达。本研究中,BaCSLD仅在芥蓝的大花蕾和开放的花中表达,可见不同的CSLD基因具有不同的表达模式[23-25]。类纤维素合酶家族中存在多个保守结构域,这些保守域的蛋白质序列赋予了该酶特定功能[26-27]。本研究结果显示,BaCSLD蛋白具有多个活性位点,多个磷酸化位点的存在可能与BaCSLD的酶活性动态变化相关[28]。目前, 有关CSL基因家族功能的研究鲜见报道,大多数的类纤维素合成酶基因功能需要进行全面系统的分析[27-28]。本研究系统进化分析结果表明,BaCSLD同源序列与拟南芥AtCSLD亲缘关系较近,这是由于芥蓝和拟南芥同属于十字花科,而BaCSLD与油菜中的BnCSLD和芜菁中的BrCSLD关系较远,可能是由于在进化过程中基因序列在一些重要位点发生了分化[29],因而对该基因的表达模式及其功能分析进行研究尤为重要。
【参考文献】：
期刊论文
[1]甘蓝NLR家族全基因组鉴定、进化分析及在不同病害胁迫下的表达分析[J]. 邢苗苗,刘星,孔枞枞,杨丽梅,庄木,张扬勇,王勇,方智远,吕红豪. 园艺学报. 2019(04)
[2]NaOH协同辐照预处理提高稻草纤维素酶解转化率[J]. 齐慧,武小芬,陈亮,邓明,王克勤. 核农学报. 2019(06)
[3]竹类植物中CYP85A1基因的克隆及表达分析[J]. 陈炜,赵建文,张智俊,林新春,郭小勤. 核农学报. 2019(04)
[4]基于iTRAQ技术的不同耐热性水稻花药差异蛋白分析[J]. 张桂莲,赵瑞,刘逸童,唐文帮. 核农学报. 2019(04)
[5]结球甘蓝BoTCTP基因表达载体的构建及转化芥蓝的研究[J]. 王静静,曹必好,陈国菊,陈长明,陈清华,雷建军. 农业生物技术学报. 2019(01)
[6]甘蔗纤维素合成酶基因ScCes3的全长克隆与表达分析[J]. 黄诚梅,吴凯朝,魏源文,邓智年,陆珍,曹辉庆,罗海斌,蒋胜理,徐林. 农业生物技术学报. 2018(12)
[7]茉莉生殖发育与分子生物学特性研究分析[J]. 邓衍明,齐香玉,苏家乐. 核农学报. 2019(02)
[8]园艺植物性别决定机制研究进展[J]. 赵玉洁,张太奎,刘翠玉,黄贤斌,苑兆和. 园艺学报. 2018(11)
[9]梨BAHD家族成员的鉴定、序列特征及表达分析[J]. 孙燕铭,李亿红,程曦,李国辉,盛玲玲,金青,蔡永萍,林毅. 核农学报. 2018(10)
[10]芥蓝和结球甘蓝分别与甘蓝型油菜杂交的后代结实性及Rfo传递效率比较[J]. 于海龙,李志远,杨丽梅,刘玉梅,庄木,吕红豪,李占省,方智远,张扬勇. 园艺学报. 2018(01)
硕士论文
[1]单双子叶植物中纤维素合成酶基因家族的分子进化研究[D]. 江琴.福建农林大学 2018
本文编号：3430442
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3430442.html
教材专著
