基于线粒体编码核糖体基因的海蛇DNA条形码筛选

发布时间：2021-10-31 14:20

　　海蛇是名贵中药材,也是滋补佳品,分子鉴定方法可适用于海蛇组织。为筛选适合海蛇DNA条形码的基因,本研究搜索并下载了GenBank上所有12S和16S基因序列。其中每个物种每个基因,尽量保留所有序列,但最多保留不同来源的5条序列。运用Mega软件比对后,建立MrBayes系统聚类树。结果显示,相对12S基因,16S基因序列包含物种多;其MrBayes树拓扑结构清晰,支持率高,适合作为DNA条形码。因此得出结论,不是每类物种的DNA条形码都必须是COI基因,对于海蛇的线粒体编码核糖体基因,16S适合度更高。筛选DNA条形码基因,可通过蛇肉、蛇皮、蛇胆、蛇血等组织,测得DNA序列片段,从而鉴定物种;可用于海关、餐饮、中药、环保等部门,从而保护野生动物,打击走私犯罪。 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(07)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

基于12S基因贝叶斯聚类树

12S和16S为线粒体中编码核糖体的基因，因为其变异不受氨基酸三联密码子的约束，因此变异率较高；由于扩增蛇类以上两个基因的引物通用性高，扩增条件温和，经常用作DNA分子标记。作者通过筛选12S和16S基因，旨在筛选出除COI外其它更合适做海蛇DNA条形码的基因，为市场上海蛇品种鉴定提供技术支持。由于Gen Bank海蛇12S基因无论是物种数还是序列总数都远不及16S，所以将16S基因作为海蛇DNA条形码更现实。从分子树可以看出，平颏海蛇属(Lapemis)、棘鳞海蛇属(Astrotia)和长吻海蛇属(Pelamis)都不成立，应归于真海蛇属(Hydrophis)。此信息在国际爬行动物数据库The reptile database已经得到承认(Pyron et al.,2013)，但中国的权威工具书《中国动物志》并未作出修改，故建议出版新的权威工具书。

【参考文献】：
期刊论文
[1]特异性PCR方法鉴别蛇胆汁及其伪品[J]. 吴桂凡,张文娟,程显隆,谢培德,罗轶,石岩,魏锋,马双成.  中国中药杂志. 2018(10)
[2]DNA条形码技术在大型红藻分子鉴定中的应用[J]. 黄艳,孙彬,何培民.  基因组学与应用生物学. 2018(03)
[3]线粒体COⅠ基因在观赏鱼中物种鉴定与分类应用[J]. 公月月,李伟,赵建,陈海港,王亚坤,朱新平.  基因组学与应用生物学. 2017(09)
[4]基于形态特征和线粒体12S、Cyt b和ND4基因片段的横斑锦蛇和玉斑锦蛇的关系研究[J]. 安小燕,黄燕,丁利,干少雄,毛晓陶,李书彬.  四川林业科技. 2017(02)
[5]基于COⅠ基因的DNA条形码在鳖科动物鉴定上的应用[J]. 唐伟,朱治任,汪财生,张明兴,钱国英.  江苏农业科学. 2017(06)
[6]基于细胞色素C氧化酶基因（COI）和核糖体16S rDNA条形码的中药海蛇品种鉴定[J]. 廖理曦,曾克武,屠鹏飞.  中国中药杂志. 2016(10)
[7]基于线粒体细胞色素B（cyt b）基因条形码的中药海蛇品种鉴定[J]. 廖理曦,曾克武,屠鹏飞.  中国中药杂志. 2015(16)
[8]蕲蛇DNA检测试剂盒的评价及应用[J]. 于文静,周亭亭,张丽华,李明成,王冰梅.  中国药学杂志. 2014(11)
[9]基于DNA条形码区域的中药地鳖隐存物种多样性发现研究[J]. 田晓轩,刘杰,肖咪,王鹏,朱彦.  天津中医药大学学报. 2014(02)
[10]基于COI条形码的中药材蛇蜕及其易混伪品的DNA分子鉴定[J]. 石林春,陈俊,刘冬,张红印,贾静,张辉,姚辉.  世界科学技术-中医药现代化. 2014(02)

硕士论文
[1]华南地区常见药用蛇类的DNA条形码研究及其在金钱白花蛇鉴定上的应用[D]. 廖婧.南方医科大学 2013



本文编号：3468290