基于高通量测序的转座子显示技术开发及应用

发布时间：2021-10-31 20:40

　　随着基因组学研究的深入,全基因组分子标记检测技术已经成为作物学和育种中常用的一种技术手段。基于PCR的分子标记方法和全基因组基因分型技术（Genotyping By Sequencing,GBS）分别为目的基因的筛选（前景筛选）和遗传背景的筛选（背景筛选）提供了成熟的工具。然而,在科研和育种上,仍然需要开发价格低廉、能够同时对材料进行背景和前景筛选的全基因组分子标记技术。针对这个问题,我们结合已有的转座子显示技术,结合高通量测序技术开发了出一种新的全基因组分子标记检测方法TD-seq（Transposon display by sequencing）。TD-seq技术利用转座子在基因组散布分布的特点,实现对全基因组的检测。同时,TD-seq利用转座子在基因组上的拷贝数高的特点,将转座子显示得到的PCR产物全部进行高通量测序,实现用一对引物检测多达上千个分子标记位点的效果。另外,鉴于高通量测序的灵敏度高,可以检测因扩增效率低而导致的低含量PCR产物。因此,TD-seq技术利用高通量测序的优势,将传统凝胶电泳检测PCR产物有无的方法转换为利用高通量测序检测PCR产物中的SNP/indel。... 

【文章来源】：广西大学广西壮族自治区 211工程院校

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

RFLP标记多态性的分子基础[12]

3图1-2VNTR标记多态性的分子基础[12]Fig1-2MolecularbasisofVNTRpolymorphism1.1.2.2基于PCR的分子标记早期分子标记技术出现以后，分子标记技术越来越进步，逐渐发展出了基于PCR的分子标记技术，比如，随机扩增多态性DNA（RandomAmplifiedPolymorphicDNA，RAPD)标记[13]、DNA扩增指纹印记（DNAamplificationfingerprinting，DAF）标记[14]、随机引物PCR（arbitrarilyprimedPCR，AP-PCR）标记（如图1-3）[15]、简单序列重复区间（inter-simplesequencerepeats，ISSR）标记[16]、SSR标记简单序列重复（simplesequencerepeats，SSR)标记（如图1-4）[17]、特异序列扩增区域（sequencecharacterizedamplifiedregions，SCAR)标记和序列标签位点(sequencetaggedsites，STS)标记[18]。这些技术的原理都是：将不同的待测基因组DNA使用相同的引物进行扩增，然后利用凝胶电泳检测扩增产物的长度，所得到的大小相同的条带反映待测基因组之间的同源性，大小不同的条带反映待测基因组之间的多态性，如果某个条带仅在某一特定的待测样品中出现，该条带便可作为此种样品的分子标记[19]。虽然这几种基于PCR的分子标记使用灵敏度低的凝胶电泳方法检测扩增结果，但PCR技术的应用，提高了检测的灵敏度也提高了分子标记检测的准确性。

4图1-3随机引物PCR产物多态性的分子基础[12]Fig1-3MolecularbasisofrandomprimerPCRproductpolymorphism


本文编号：3468815