滨珊瑚共附生细菌多样性及其纯培养研究
发布时间：2021-11-14 14:04
珊瑚礁生态系统是全球生产力最高的生态系统之一,在海洋环境的物质循环与能量流动中发挥了重要作用,并以不到1%的覆盖面积为沿海数百万人提供了食物及收入来源。然而目前研究显示全球活珊瑚覆盖率正因人类活动影响和自然环境变化而逐渐降低,如人类过度捕捞活动,大型机械破坏珊瑚礁区,CO2过度排放导致的全球变暖,以及海洋酸化导致的珊瑚骨骼的侵蚀等。国内外大量研究指出当珊瑚受到环境压力时,珊瑚共附生细菌群落组成会发生变化,这种变化可能与珊瑚健康维持和恢复有关,对珊瑚共附生细菌的研究将有助于我们深入了解细菌与珊瑚健康关系,理解珊瑚退化的内在机理,为珊瑚礁健康的恢复创造机会。然而珊瑚共附生细菌研究起步晚,对珊瑚共附生细菌的研究还有待进一步探索。目前澄黄滨珊瑚所代表的块状珊瑚在多个地点代替枝状珊瑚成为优势种,证明块状珊瑚有更强的适应能力和抗干扰能力,因此本论文选取澄黄滨珊瑚（Porites lutea）和团块滨珊瑚（Porites lobata）作为研究对象,分析其共附生细菌多样性,并对其进行纯培养研究。首先,利用高通量测序技术从整体上对滨珊瑚共附生细菌多样性进行研究。16S rRNA基...
【文章来源】：广西大学广西壮族自治区 211工程院校
【文章页数】：115 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图2-16个珊瑚样品的Rank-Abundance曲线
广西大学硕士学位论文滨珊瑚共附生细菌多样性及其纯培养研究132.3.2.2Alpha多样性分析和稀释曲线分析从coverage指数可知（表2-4），6个样品的coverage指数均在0.99以上，说明样品种序列被检测出的概率很高，基本可以代表样品种细菌的真实情况。表2-4个珊瑚样品细菌多样性分析Table2-4thebacterialdiversityin6coralsamples样品编号sobsacechaoshannonsimpsoncoveragePL1258265.0758268.21.9632990.3527220.999454PL218731966.6051946.2494.9101950.0335610.995429PL3730741.8746743.69573.4495410.1664120.999241PL410281050.8791046.9833.7936720.0921140.998317P113531369.2231367.3934.548780.0812890.998884P212671334.8481334.0512.8953740.2261560.996985由多样性指数可看出，PL2的ace指数和chao指数呈较高水平，为1966.605和1946.249，说明其细菌丰富度较高，其次P1和P2的ace指数和chao指数相似，PL3和PL4的ace指数和chao指数相似，PL1的ace指数和chao指数最低，仅有265.0758和268.2，表明细菌丰富度较低。Sobs指数表明样品丰富度实际观测值，从表2-4中可知，PL1的sobs值最低，表明其丰度最低，PL2最高，P1和P2的sobs值接近，具有相似的丰富度。Shannon指数和simpson指数得到了相似的结果，Shannon指数结果显示PL1的shannon指数和simpson指数最低，多样性最低，PL2的shannon指数和simpson指数最高，多样性最高（表2-4）。图2-2Shannon指数和chao指数构建的6个珊瑚样品的稀释曲线Figure2-2Rarefactioncurveof6coralsamplesconstructedbyShannonindexandChaoindex图2-2所示为6个珊瑚样品测序结果的稀释曲线图。Chao指数和shannon指数结果
广西大学硕士学位论文滨珊瑚共附生细菌多样性及其纯培养研究14显示稀释曲线随测序数量增加趋于平缓，表明样品的测序量合理。shannon指数越大多样性越高，可以看出PL2和P1多样性最高，其次是PL3，PL4和P2，PL1最低。chao指数越高群落丰富度越高，可以看出PL2丰富度最高，其次是P1，PL3，P2和PL4，PL1丰富度最低。2.3.3物种组成分析通过群落组分分析可知6个珊瑚样品的细菌在门水平的比例和分布（图2-3）。可知6个珊瑚样品中细菌在门水平上主要分为变形菌门（Proteobacteria），占比在42.58-86.11%之间、拟杆菌门（Bacteroidetes），占比在2.27-23.13%之间、蓝细菌门（Cyanobacteria）占比在1.67-16.05%之间、放线菌门（Actinobacteria），占比在1.23-4.87%之间、厚壁菌门（Firmicutes），占比在0.36-2.4%之间、酸杆菌门（Acidobacteria），占比在0.26-1.31%之间，其余还有绿弯菌门（Chloroflexi）、浮霉菌门（Planctomycetes）、Patescibacteria、疣微菌门（Verrucomicrobia）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、螺旋体门（Spirochaetes）、梭杆菌门（Fusobacteria）、Dadabacteria、Epsilonbacteraeota、匿杆菌门（Latescibacteria）、硝化螺旋菌门（Nitrospirae）和Dependentiae，主要分布于变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、放线菌门、厚壁菌门和酸杆菌门。图2-3门水平群落组成分析Figure2-3Analysisofcommunitycompositioninphylumlevel不同珊瑚样品之间的细菌群落组成基本一致，但各门占比存在一定的差异。PL2，ProteobacteriaBacteriodetesUnclassified_k_norank_d_BacteriaCyanobacteriaActinobacteriaFirmicutesAcidobacteriaChloroflexiPlanctomycetesPatescibacteriaVerrucomicrobiaDeinococcus-ThermusGemmatimo
【参考文献】：
期刊论文
[1]人类活动对徐闻灯楼角珊瑚礁生态系统的影响[J]. 王丽荣,赵焕庭,宋朝景. 海洋开发与管理. 2006(01)
本文编号：3494772
【文章来源】：广西大学广西壮族自治区 211工程院校
【文章页数】：115 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图2-16个珊瑚样品的Rank-Abundance曲线
广西大学硕士学位论文滨珊瑚共附生细菌多样性及其纯培养研究132.3.2.2Alpha多样性分析和稀释曲线分析从coverage指数可知（表2-4），6个样品的coverage指数均在0.99以上，说明样品种序列被检测出的概率很高，基本可以代表样品种细菌的真实情况。表2-4个珊瑚样品细菌多样性分析Table2-4thebacterialdiversityin6coralsamples样品编号sobsacechaoshannonsimpsoncoveragePL1258265.0758268.21.9632990.3527220.999454PL218731966.6051946.2494.9101950.0335610.995429PL3730741.8746743.69573.4495410.1664120.999241PL410281050.8791046.9833.7936720.0921140.998317P113531369.2231367.3934.548780.0812890.998884P212671334.8481334.0512.8953740.2261560.996985由多样性指数可看出，PL2的ace指数和chao指数呈较高水平，为1966.605和1946.249，说明其细菌丰富度较高，其次P1和P2的ace指数和chao指数相似，PL3和PL4的ace指数和chao指数相似，PL1的ace指数和chao指数最低，仅有265.0758和268.2，表明细菌丰富度较低。Sobs指数表明样品丰富度实际观测值，从表2-4中可知，PL1的sobs值最低，表明其丰度最低，PL2最高，P1和P2的sobs值接近，具有相似的丰富度。Shannon指数和simpson指数得到了相似的结果，Shannon指数结果显示PL1的shannon指数和simpson指数最低，多样性最低，PL2的shannon指数和simpson指数最高，多样性最高（表2-4）。图2-2Shannon指数和chao指数构建的6个珊瑚样品的稀释曲线Figure2-2Rarefactioncurveof6coralsamplesconstructedbyShannonindexandChaoindex图2-2所示为6个珊瑚样品测序结果的稀释曲线图。Chao指数和shannon指数结果
广西大学硕士学位论文滨珊瑚共附生细菌多样性及其纯培养研究14显示稀释曲线随测序数量增加趋于平缓，表明样品的测序量合理。shannon指数越大多样性越高，可以看出PL2和P1多样性最高，其次是PL3，PL4和P2，PL1最低。chao指数越高群落丰富度越高，可以看出PL2丰富度最高，其次是P1，PL3，P2和PL4，PL1丰富度最低。2.3.3物种组成分析通过群落组分分析可知6个珊瑚样品的细菌在门水平的比例和分布（图2-3）。可知6个珊瑚样品中细菌在门水平上主要分为变形菌门（Proteobacteria），占比在42.58-86.11%之间、拟杆菌门（Bacteroidetes），占比在2.27-23.13%之间、蓝细菌门（Cyanobacteria）占比在1.67-16.05%之间、放线菌门（Actinobacteria），占比在1.23-4.87%之间、厚壁菌门（Firmicutes），占比在0.36-2.4%之间、酸杆菌门（Acidobacteria），占比在0.26-1.31%之间，其余还有绿弯菌门（Chloroflexi）、浮霉菌门（Planctomycetes）、Patescibacteria、疣微菌门（Verrucomicrobia）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、螺旋体门（Spirochaetes）、梭杆菌门（Fusobacteria）、Dadabacteria、Epsilonbacteraeota、匿杆菌门（Latescibacteria）、硝化螺旋菌门（Nitrospirae）和Dependentiae，主要分布于变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、放线菌门、厚壁菌门和酸杆菌门。图2-3门水平群落组成分析Figure2-3Analysisofcommunitycompositioninphylumlevel不同珊瑚样品之间的细菌群落组成基本一致，但各门占比存在一定的差异。PL2，ProteobacteriaBacteriodetesUnclassified_k_norank_d_BacteriaCyanobacteriaActinobacteriaFirmicutesAcidobacteriaChloroflexiPlanctomycetesPatescibacteriaVerrucomicrobiaDeinococcus-ThermusGemmatimo
【参考文献】：
期刊论文
[1]人类活动对徐闻灯楼角珊瑚礁生态系统的影响[J]. 王丽荣,赵焕庭,宋朝景. 海洋开发与管理. 2006(01)
本文编号：3494772
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