柽柳（Tamarix chinensis Lour.）LTR类反转座子反转录酶序列的克隆与分析

发布时间：2021-12-02 07:44

　　LTR类反转座子在植物基因组的丰度、进化、结构和功能上起到了重要的作用。柽柳（Tamarix chinensis Lour.）作为一种优秀的耐盐碱耐旱的生态修复植物,其LTR类反转座子的研究未见报道。本实验以柽柳为实验材料,利用CTAB法提取DNA,利用简并引物对LTR类反转座子反转录酶序列进行扩增并进行扩增子测序。分别得到93602条Ty1-copia反转座子的RT序列,121185条Ty3-gypsy反转座子的RT序列。经筛选后序列进行相似度93%的聚类分析,最终获得具有反转座子代表性的Ty1-copia反转座子RT核苷酸序列629个,命名为TCcopia1^TCcopia629;Ty3-gypsy反转座子RT核苷酸序列607个,命名为TCgypsy1^TCgypsy607。Ty1-copia反转座子RT核苷酸序列的长度为261bp²91bp,Ty3-gypsy反转座子RT核苷酸序列的长度为390bp⁴74bp,二者皆富含AT序列,Ty1-copia反转座子RT核苷酸序列的AT/GC值在1.09

【文章来源】：辽宁大学辽宁省 211工程院校

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

反转座子主要类型及其基因结构

第1章前言9图1-2小麦，水稻和拟南芥52个copia家族的系统发育树Fig.1-2Phylogenetictreesof52copiafamiliesinwheat,riceandArabidopsisthaliana注：拟南芥科家族用红色表示，水稻家族用蓝色表示，小麦家族用绿色表示。子家族在名称末尾用大写字母表示。黑色大写字母表示引物结合位点(PBS)和多嘌呤序列(PPT)的类型。星号表示由于篇幅限制而省略的其他近亲家族的存在。在这些情况下，拷贝数是指所有被代表的家系的总数。分叉处的Bootstrap数字表示分叉右侧的序列在同一组100棵树中出现

第3章结果与分析18第3章结果与分析3.1DNA质量检测CTAB法成功提取柽柳基因组DNA，经1%琼脂糖凝胶电泳检测显示，DNA谱带清晰、带型整齐、无拖尾现象，纯度大于50ng/μL，表明纯度较高，能够满足实验要求（图3-1）。图3-1柽柳DNA检测Fig.3-1DNAdetectionofTamarixchinensis注：0.5:5ng/μLλDNA；1:10ng/μLλDNA；2:20ng/μLλDNA；3:30ng/μLλDNA；4:40ng/μLλDNA；5:50ng/μLλDNA3.2LTR反转座子RT序列PCR扩增结果3.2.1Ty1-copia反转座子RT序列扩增结果通过简并引物进行PCR扩增，在柽柳中扩增出的Ty1-copia类反转座子的RT序列，大小约为280bp，与前人报道一致[64]。说明这套引物序列适用于柽柳基因组中Ty1-copia反转座子RT序列的扩增。并且扩增产物条带清晰、亮度集中，无非特异扩增，可用于随后的扩增子测序。（图3-2）


本文编号：3528013