海南短指软珊瑚全基因组测序初步分析

发布时间：2021-12-09 14:31

　　以Sinularia软珊瑚为研究对象,用Covaris超声波破碎仪随机将其DNA样品打断成长度为350 bp的片段,构建好的文库通过Illumina Nova Seq进行PE测序.结果表明:软珊瑚Sinularia ceramensis Verseveldt基因组大小为649. 58 Mbp,杂合率为1. 25%,重复序列比例为57. 06%.采用kmer=43进行初步组装,得到contig N50为836 bp,总长为586. 07 Mbp,scaffold N50为1 044 bp,总长为599. 11 Mbp.结果显示,Sinularia ceramensis Verseveldt的基因组为1个复杂的基因组,需要采用相应的策略进行基因组组装. 

【文章来源】：海南热带海洋学院学报. 2020,27(02)

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

短指软珊瑚图像及其共肉组织

短指软珊瑚(Sinularia ceramensis Verseveldt)共肉组织不同部位压片

短指软珊瑚共肉组织不同部位DNA扩增产物结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]海南珊瑚礁生物多样性的保护现状与研究展望[J]. 吴瑞,王道儒.  海洋开发与管理. 2014(01)
[2]海洋药物药理作用的研究[J]. 李明泽,高世勇,邹翔,季宇彬.  药品评价. 2005(03)
[3]软珊瑚化学成分和生物活性的研究进展[J]. 严小红,郭跃伟.  中国天然药物. 2005(02)



本文编号：3530803