中国樱桃LTR类反转录转座子反转录酶序列的克隆和分析
发布时间：2022-01-25 04:34
利用同源序列法根据Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶保守区设计简并引物,从中国樱桃（Prunus pseudocerasus Lindl.）中分别扩增出约260和430 bp的目标片段,并进行克隆、测序、序列分析及转录活性检测。共获得44条Ty1-copia类反转录酶序列,13条Ty3-gypsy类反转录酶序列,序列间显示高度异质性,部分序列存在缺失、终止密码子及移码突变。系统发育树显示Ty1-copia可以分为TAR、Ale两类,Ty3-gypsy可以分为Tat、Reina、Tekay等3类。Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录酶dN/dS值均小于1,并且Ty3-gypsy高于Ty1-copia。13条Ty1-copia以及7条Ty3-gypsy反转录酶序列在樱桃正常生长条件下均有转录活性,但不受8种非生物胁迫的诱导。PpRT7在高温（42℃）胁迫24 h时转录活性升高,并且具有组织特异性。
【文章来源】：园艺学报. 2020,47(02)北大核心CSCD
【文章页数】：15 页
【部分图文】：
Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录酶同源序列的PCR扩增结果
氨基酸序列多重序列比对结果（图2）显示，这些序列具有Ty1-copia RT序列典型的保守结构域，其中RT-BOX2结构域为TAFFHG，与马尾松（Fan et al.,2013）、火龙果（范付华等，2012）等物种一致；RT-BOX3结构域由YGLKQAPRXW组成，相应位置的L（亮氨酸）、K（赖氨酸）、Q（谷氨酰胺）以及P（脯氨酸）是保守氨基酸；RT-BOX4结构域由LLLYVDDIL以及TALYVDDIL组成，富含L（亮氨酸），相应位置的Y（络氨酸）和D（天冬氨酸）是保守氨基酸。Ty1-copia中6条序列出现终止密码子或者移码突变，占总序列数的13.95%。PpRT4、PpRT21在第28位碱基G突变为T，第30位碱基A突变为G，从而形成TAG终止子；PpRT35、PpRT58在第52位碱基C突变为T，形成TAA终止子；PpRT45第166位碱基C突变成T形成TGA终止子；PpRT49在第46位碱基C突变G,48位碱基A突变G，形成TAG终止子，在第55位碱基G突变成T，形成TGA终止子；PpRT33在第111个碱基T突变成A，形成TAA终止子。PpRT4在第9个氨基酸处发生移码突变。PpRT4在第43个氨基酸处有6个氨基酸序列缺失。
Ty3-gypsy的13条序列中，有7条序列发生突变，其中REPp 6在第178位碱基C突变成T（图3），形成TCG终止子；REPp21在第245位碱基G突变为A，形成TAA终止子；REPp17在第336位碱基A突变为G，形成TAG终止子。REPp6在第79位，REPp7在第37位，REPp21在87位，REPp29在34位氨基酸处移码突变，REPp5在3′端有明显的缺失。对比两类RT序列突变率发现，Ty1-copia为13.95%，远低于Ty3-gypsy的53.84%。BLAST分析表明，所有Ty3-gypsy序列都与其他物种有较高的相似性，尤其与同为蔷薇科李亚属的梅（P.mume）相似性最高。以保守基序为基础推测所得序列开放阅读框，应用软件Mega6.0对氨基酸序列进行序列相似性计算和比对，结果显示，氨基酸相似性在46.7%～100%之间。比对结果（图3）可以看出，Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶序列上游都存在一个保守区域“MCVDY”，这与火龙果（彭磊等，2017）、桂花（王庆竹等，2018）上的研究一致。
【参考文献】：
期刊论文
[1]一个毛竹LTR转座子PHRE9的全长鉴定与转录活性分析[J]. 郑浩,季航,蒋政勤,徐芷馨,周明兵. 农业生物技术学报. 2019(04)
[2]桂花LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析[J]. 王庆竹,李慧平,文晓鹏,范付华. 园艺学报. 2018(02)
[3]火龙果Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析[J]. 彭磊,吴艳,刘小翠,杨鵾,范付华,文晓鹏. 果树学报. 2017(02)
[4]梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析[J]. 蒋爽,骆军,孙永旺,蔡丹英,滕元文. 园艺学报. 2016(08)
[5]植物活性长末端重复序列反转录转座子研究进展[J]. 梁琳琳,周明兵. 生物工程学报. 2016(04)
[6]石蒜Ty1-copia类反转录转座子反转录酶基因（RT）的克隆与分析[J]. 周芬静,高燕会,童再康. 农业生物技术学报. 2015(04)
[7]梨反转录转座子逆转录酶序列预测及其进化和转录分析[J]. 蒋爽,蔡丹英,滕元文. 园艺学报. 2014(11)
[8]脱落酸对铁皮石斛Ty1-copia类反转录转座子转录活性的影响[J]. 李聪,斯金平,高燕会,朱玉球,蒋园. 中国中药杂志. 2014(10)
[9]国内外欧洲甜樱桃主产区生态气候比较与分析[J]. 李明,赵改荣,刘聪利,李玉红. 果树学报. 2014(S1)
[10]中国樱桃遗传资源多样性研究进展[J]. 黄晓姣,王小蓉,陈涛,陈娇,汤浩茹. 果树学报. 2013(03)
博士论文
[1]桑树全基因组转座子的鉴定及特征分析[D]. 马赑.西南大学 2014
本文编号：3607906
【文章来源】：园艺学报. 2020,47(02)北大核心CSCD
【文章页数】：15 页
【部分图文】：
Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录酶同源序列的PCR扩增结果
氨基酸序列多重序列比对结果（图2）显示，这些序列具有Ty1-copia RT序列典型的保守结构域，其中RT-BOX2结构域为TAFFHG，与马尾松（Fan et al.,2013）、火龙果（范付华等，2012）等物种一致；RT-BOX3结构域由YGLKQAPRXW组成，相应位置的L（亮氨酸）、K（赖氨酸）、Q（谷氨酰胺）以及P（脯氨酸）是保守氨基酸；RT-BOX4结构域由LLLYVDDIL以及TALYVDDIL组成，富含L（亮氨酸），相应位置的Y（络氨酸）和D（天冬氨酸）是保守氨基酸。Ty1-copia中6条序列出现终止密码子或者移码突变，占总序列数的13.95%。PpRT4、PpRT21在第28位碱基G突变为T，第30位碱基A突变为G，从而形成TAG终止子；PpRT35、PpRT58在第52位碱基C突变为T，形成TAA终止子；PpRT45第166位碱基C突变成T形成TGA终止子；PpRT49在第46位碱基C突变G,48位碱基A突变G，形成TAG终止子，在第55位碱基G突变成T，形成TGA终止子；PpRT33在第111个碱基T突变成A，形成TAA终止子。PpRT4在第9个氨基酸处发生移码突变。PpRT4在第43个氨基酸处有6个氨基酸序列缺失。
Ty3-gypsy的13条序列中，有7条序列发生突变，其中REPp 6在第178位碱基C突变成T（图3），形成TCG终止子；REPp21在第245位碱基G突变为A，形成TAA终止子；REPp17在第336位碱基A突变为G，形成TAG终止子。REPp6在第79位，REPp7在第37位，REPp21在87位，REPp29在34位氨基酸处移码突变，REPp5在3′端有明显的缺失。对比两类RT序列突变率发现，Ty1-copia为13.95%，远低于Ty3-gypsy的53.84%。BLAST分析表明，所有Ty3-gypsy序列都与其他物种有较高的相似性，尤其与同为蔷薇科李亚属的梅（P.mume）相似性最高。以保守基序为基础推测所得序列开放阅读框，应用软件Mega6.0对氨基酸序列进行序列相似性计算和比对，结果显示，氨基酸相似性在46.7%～100%之间。比对结果（图3）可以看出，Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶序列上游都存在一个保守区域“MCVDY”，这与火龙果（彭磊等，2017）、桂花（王庆竹等，2018）上的研究一致。
【参考文献】：
期刊论文
[1]一个毛竹LTR转座子PHRE9的全长鉴定与转录活性分析[J]. 郑浩,季航,蒋政勤,徐芷馨,周明兵. 农业生物技术学报. 2019(04)
[2]桂花LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析[J]. 王庆竹,李慧平,文晓鹏,范付华. 园艺学报. 2018(02)
[3]火龙果Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析[J]. 彭磊,吴艳,刘小翠,杨鵾,范付华,文晓鹏. 果树学报. 2017(02)
[4]梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析[J]. 蒋爽,骆军,孙永旺,蔡丹英,滕元文. 园艺学报. 2016(08)
[5]植物活性长末端重复序列反转录转座子研究进展[J]. 梁琳琳,周明兵. 生物工程学报. 2016(04)
[6]石蒜Ty1-copia类反转录转座子反转录酶基因（RT）的克隆与分析[J]. 周芬静,高燕会,童再康. 农业生物技术学报. 2015(04)
[7]梨反转录转座子逆转录酶序列预测及其进化和转录分析[J]. 蒋爽,蔡丹英,滕元文. 园艺学报. 2014(11)
[8]脱落酸对铁皮石斛Ty1-copia类反转录转座子转录活性的影响[J]. 李聪,斯金平,高燕会,朱玉球,蒋园. 中国中药杂志. 2014(10)
[9]国内外欧洲甜樱桃主产区生态气候比较与分析[J]. 李明,赵改荣,刘聪利,李玉红. 果树学报. 2014(S1)
[10]中国樱桃遗传资源多样性研究进展[J]. 黄晓姣,王小蓉,陈涛,陈娇,汤浩茹. 果树学报. 2013(03)
博士论文
[1]桑树全基因组转座子的鉴定及特征分析[D]. 马赑.西南大学 2014
本文编号：3607906
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3607906.html
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