马尾松幼苗PmMADS4基因的克隆及表达分析

发布时间：2022-01-25 05:51

　　MADS-box家族基因编码的转录因子,在植物、动物及微生物的发育过程中起着重要调控作用,本研究从马尾松幼苗转录组测序结果中筛选到1条具有完整开放阅读框的MADS-box基因序列,设计特异性引物并克隆获得该基因,通过生物信息学方法分析该基因的序列特征、编码蛋白的理化特性、结构域以及进化关系等,并应用荧光定量PCR技术分析该基因在马尾松幼苗不同组织中的表达活性。结果表明,克隆得到的MADS-box基因开放阅读框为672 bp,命名为Pm MADS4。Pm MADS4编码223个氨基酸,含有MADS保守域和K-box次级保守域。蛋白质理论分子量为24 854.15 kD,理论等电点为7.83;其蛋白质结构主要由大量的α-螺旋（58.74%）和大量随机卷曲（31.84%）构成;亚细胞预测该基因主要在细胞核（43.5%）、线粒体（17.4%）、高尔基体（13.0%）和细胞质（13.0%）中发挥生物学作用。系统进化分析显示,Pm MADS4属于MADS-box家族基因中MIKC型的GMADS分支。组织特异性表达分析发现,Pm MADS4在马尾松幼苗的顶芽和茎中高表达,表达量分别是根部的239倍和... 

【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(03)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

Pm MADS4基因克隆与鉴定

马尾松PmMADS4与杨树和拟南芥MADS-box家族基因系统进化分析

PmMADS4含有MADS和K结构域(图4)，其中MADS结构域属于MEF2-like(Ⅱ)类型，有1个磷酸化位点和12个蛋白质互作位点。采用GORⅣ在线工具对PmMADS4的二级结构进行预测，结果显示PmMADS4蛋白含有大量的α-螺旋(58.74%)和大量随机卷曲(31.84%)(图5)。通过SWISS-MODE工具对PmMADS4进行蛋白质三级结构分析，发现1个Pm MADS4的同源模型6bz1.1.A，比对发现Pm MA-DS4与6bz1.1.A氨基酸序列的一致性为48.19%。结合二级、三级结构的分析来看(图5;图6),K结构域含有3个两性α-螺旋的半保守结构(K1,K2,K3)，且该结构域一共含有91个氨基酸。图4 Pm MADS4蛋白保守结构域

【参考文献】：
期刊论文
[1]橡胶树乳管细胞中与HbMADS4互作蛋白的筛选[J]. 李辉亮,陈月异,郭冬,王颖,朱家红,彭世清.  基因组学与应用生物学. 2018(06)
[2]OsMADS34与OsMADS56蛋白互作及OsMADS56表达模式分析[J]. 李晓峰,张大兵.  基因组学与应用生物学. 2018(04)
[3]马尾松PmMYB169基因的克隆及表达分析[J]. 刘沛宇,刘小翠,杨鹍,彭磊,乔光,文晓鹏.  西南大学学报(自然科学版). 2017(03)



本文编号：3608004