盐碱菌对极端环境适应性的解析
发布时间：2022-07-07 11:11
盐碱菌是一类能在高盐强碱生境下进行生长、发育、繁殖的极端微生物,其最适生长盐度须要高于0.5 mol·L–1,同时最适生长pH须大于9.0。数十年间,盐碱菌独特的生命方式引起了广泛的关注,人类对盐碱菌的研究有了巨大的进展:从解析其适应盐碱的生命机制,到应用其提供的高潜力新型酶类及化合物进行工业生产,再到理解盐碱菌群在生境中扮演的角色及生态功能。而随着基因组测序技术与设备的更新与进步,低廉、快速、高效、准确地获得盐碱菌的基因序列及盐碱菌群宏基因组构成加速了我们对其生命机制、生产应用、生态功能的全面认识。本课题组保藏菌株,即中度嗜盐嗜碱好氧菌Alkalicoccus saliphilus DSM 15402T,我们报道了该菌株基因组草图的基本信息,其草图约有3.52 Mb,在3434个预测基因中鉴定出一些致力于保障胞内渗透平衡的基因,提供了DSM 15402T这株中度嗜盐嗜碱菌对高盐环境的分子层面的独特适应嗜极机理。另一株菌分离自中国新疆维吾尔自治区盐湖底泥中的嗜盐细菌,即Alkalicoccus halolimnae BZ...
【文章页数】：80 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
主要符号对照表
第一章 绪论
1.1 极端微生物概述
1.2 本课题的研究背景
1.2.1 盐碱细菌对极端环境的响应机制
1.2.2 盐碱群落多样性的意义
1.2.3 产iGDGTs的盐碱古菌对环境变化的响应
1.3 本课题的研究手段—二代测序技术
1.4 本课题的研究目的及意义
1.5 本课题的研究框架—对适应性的解析
1.6 创新点
第二章 二代测序技术注释盐碱细菌的嗜极基因
2.1 盐碱菌A.saliphilus DSM 15402T的嗜极基因
2.1.1 实验材料
2.1.2 实验方法
2.1.3 实验结果与分析
2.2 嗜盐菌A. halolimnae BZ-SZ-XJ29T的嗜极基因
2.2.1 实验材料
2.2.2 实验方法
2.2.3 实验结果与分析
2.3 本章小结
第三章 松嫩平原盐碱土细菌群落特征及驱动因子
3.1 实验材料
3.1.1 实验样品
3.1.2 主要药品和试剂
3.1.3 主要仪器、软件和数据库
3.2 实验方法
3.2.1 样品采集和环境参数测量
3.2.2 气象数据的获取
3.2.3 土壤总DNA提取及 16srDNA的扩增
3.2.4 Illumina Miseq 16SrDNA基因测序
3.2.5 数据统计与分析
3.3 实验结果与分析
3.3.1 样点地理信息
3.3.2 土壤理化指标
3.3.3 测序深度分析(群落多样性上限)
3.3.4 样本多样性指数分析
3.3.5 群落结构分析
3.3.6 科水平RDA图
3.3.7 物种(科)水平热图
3.3.8 科水平PCA图
3.4 讨论
3.5 本章小结
第四章 盐碱土中类异戊二烯四醚膜脂的分布特征及其古菌源探究
4.1 实验材料
4.1.1 实验样品
4.1.2 主要药品和试剂
4.1.3 主要仪器、软件和数据库
4.2 实验方法
4.2.1 样品采集和环境参数测量
4.2.2 脂质提取和分离
4.2.3 CL?iGDGTs的分析和定量
4.2.4 土壤总DNA提取及 16srRNA基因扩增
4.2.5 Illumina Miseq测序及分析
4.3 实验结果与分析
4.3.1 土壤理化指标
4.3.2 iGDGTs特征
4.3.3 iGDGTs与环境因子
4.3.4 群落结构
4.3.5 推测iGDGTs的微生物源
4.4 讨论
4.5 本章小结
第五章 全文结论
参考文献
附录
致谢
作者简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]应用IlluminaMiSeq高通量测序技术分析河西走廊地区盐碱土壤微生物多样性[J]. 牛世全,龙洋,李海云,达文燕,胡山,李渭娟,朱学泰,孔维宝. 微生物学通报. 2017(09)
[2]可培养盐碱菌多样性的研究进展[J]. 赵百锁,李俊. 微生物学报. 2017(09)
[3]内蒙古河套灌区不同盐碱程度的土壤细菌群落多样性[J]. 李新,焦燕,代钢,杨铭德,温慧洋. 中国环境科学. 2016(01)
[4]黑龙江与青海冻土甘油二烷基甘油四醚脂类化合物的组成特征[J]. 吴霞,董海良,蒋宏忱,张传伦. 中国科技论文. 2013(12)
[5]新疆阿克苏地区盐碱地细菌类群多样性及优势菌群分析[J]. 郑贺云,黎志坤,李超,张鲜姣,胡建伟,朱红惠. 微生物学通报. 2012(07)
[6]中国土壤pH对微生物四醚膜脂分布特征及陆源输入指数BIT的影响[J]. 杨欢,丁伟华,王金祥,金承胜,何钢强,秦养民,谢树成. 中国科学:地球科学. 2012(05)
[7]盐碱土改良技术回顾与展望[J]. 李志杰,孙文彦,马卫萍,尹红娟,李怀军,曲善功,曹卫东. 山东农业科学. 2010(02)
[8]松嫩平原盐碱土理化性质与生态恢复[J]. 张巍,冯玉杰. 土壤学报. 2009(01)
[9]中国盐渍土研究的发展历程与展望[J]. 杨劲松. 土壤学报. 2008(05)
[10]土壤微生物总DNA的提取和纯化[J]. 张瑞福,曹慧,崔中利,李顺鹏,樊奔. 微生物学报. 2003(02)
硕士论文
[1]黄河三角洲土壤细菌多样性分析及嗜盐细菌的分离鉴定[D]. 贾芳芳.中国农业科学院 2012
本文编号：3656316
【文章页数】：80 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
主要符号对照表
第一章 绪论
1.1 极端微生物概述
1.2 本课题的研究背景
1.2.1 盐碱细菌对极端环境的响应机制
1.2.2 盐碱群落多样性的意义
1.2.3 产iGDGTs的盐碱古菌对环境变化的响应
1.3 本课题的研究手段—二代测序技术
1.4 本课题的研究目的及意义
1.5 本课题的研究框架—对适应性的解析
1.6 创新点
第二章 二代测序技术注释盐碱细菌的嗜极基因
2.1 盐碱菌A.saliphilus DSM 15402T的嗜极基因
2.1.1 实验材料
2.1.2 实验方法
2.1.3 实验结果与分析
2.2 嗜盐菌A. halolimnae BZ-SZ-XJ29T的嗜极基因
2.2.1 实验材料
2.2.2 实验方法
2.2.3 实验结果与分析
2.3 本章小结
第三章 松嫩平原盐碱土细菌群落特征及驱动因子
3.1 实验材料
3.1.1 实验样品
3.1.2 主要药品和试剂
3.1.3 主要仪器、软件和数据库
3.2 实验方法
3.2.1 样品采集和环境参数测量
3.2.2 气象数据的获取
3.2.3 土壤总DNA提取及 16srDNA的扩增
3.2.4 Illumina Miseq 16SrDNA基因测序
3.2.5 数据统计与分析
3.3 实验结果与分析
3.3.1 样点地理信息
3.3.2 土壤理化指标
3.3.3 测序深度分析(群落多样性上限)
3.3.4 样本多样性指数分析
3.3.5 群落结构分析
3.3.6 科水平RDA图
3.3.7 物种(科)水平热图
3.3.8 科水平PCA图
3.4 讨论
3.5 本章小结
第四章 盐碱土中类异戊二烯四醚膜脂的分布特征及其古菌源探究
4.1 实验材料
4.1.1 实验样品
4.1.2 主要药品和试剂
4.1.3 主要仪器、软件和数据库
4.2 实验方法
4.2.1 样品采集和环境参数测量
4.2.2 脂质提取和分离
4.2.3 CL?iGDGTs的分析和定量
4.2.4 土壤总DNA提取及 16srRNA基因扩增
4.2.5 Illumina Miseq测序及分析
4.3 实验结果与分析
4.3.1 土壤理化指标
4.3.2 iGDGTs特征
4.3.3 iGDGTs与环境因子
4.3.4 群落结构
4.3.5 推测iGDGTs的微生物源
4.4 讨论
4.5 本章小结
第五章 全文结论
参考文献
附录
致谢
作者简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]应用IlluminaMiSeq高通量测序技术分析河西走廊地区盐碱土壤微生物多样性[J]. 牛世全,龙洋,李海云,达文燕,胡山,李渭娟,朱学泰,孔维宝. 微生物学通报. 2017(09)
[2]可培养盐碱菌多样性的研究进展[J]. 赵百锁,李俊. 微生物学报. 2017(09)
[3]内蒙古河套灌区不同盐碱程度的土壤细菌群落多样性[J]. 李新,焦燕,代钢,杨铭德,温慧洋. 中国环境科学. 2016(01)
[4]黑龙江与青海冻土甘油二烷基甘油四醚脂类化合物的组成特征[J]. 吴霞,董海良,蒋宏忱,张传伦. 中国科技论文. 2013(12)
[5]新疆阿克苏地区盐碱地细菌类群多样性及优势菌群分析[J]. 郑贺云,黎志坤,李超,张鲜姣,胡建伟,朱红惠. 微生物学通报. 2012(07)
[6]中国土壤pH对微生物四醚膜脂分布特征及陆源输入指数BIT的影响[J]. 杨欢,丁伟华,王金祥,金承胜,何钢强,秦养民,谢树成. 中国科学:地球科学. 2012(05)
[7]盐碱土改良技术回顾与展望[J]. 李志杰,孙文彦,马卫萍,尹红娟,李怀军,曲善功,曹卫东. 山东农业科学. 2010(02)
[8]松嫩平原盐碱土理化性质与生态恢复[J]. 张巍,冯玉杰. 土壤学报. 2009(01)
[9]中国盐渍土研究的发展历程与展望[J]. 杨劲松. 土壤学报. 2008(05)
[10]土壤微生物总DNA的提取和纯化[J]. 张瑞福,曹慧,崔中利,李顺鹏,樊奔. 微生物学报. 2003(02)
硕士论文
[1]黄河三角洲土壤细菌多样性分析及嗜盐细菌的分离鉴定[D]. 贾芳芳.中国农业科学院 2012
本文编号：3656316
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3656316.html
教材专著
