小鼠精子发生过程中lncRNA作为ceRNA的网络构建与分析

发布时间：2022-12-09 00:09

　　多种雄性生殖性疾病和精子发生的过程息息相关,探究精子发生的分子调控机理具有重要的研究价值。长链非编码RNA（long noncoding RNA,lncRNA）是一类长度大于200个核苷酸的非编码RNA,其表达在不同的生长发育过程以及组织、细胞类型中具有时空特异性。已有研究表明,一些lncRNA在睾丸组织中特异性表达,预示其在精子发生过程中可能具有潜在的调控功能。然而,其中只有小部分lncRNA有功能上或者机制上的研究,尚缺乏针对其在精子发生过程中的系统性分析。近年来有研究发现,lncRNA可作为竞争性内源RNA（ceRNA）参与基因的表达调控。其通过与miRNA结合,从而充当miRNA的分子“海绵”,消除miRNA对相应靶基因的抑制和降解效果,在细胞发育、分化和疾病等生物学现象中扮演重要的调控角色。然而,精子发生过程中特异性表达的lncRNA是否会作为ceRNA发挥调控作用尚不明确。因此,本研究基于小鼠精子发生过程中的RNA-seq数据,构建小鼠精子发生过程中的lncRNA作为ceRNA的调控网络,探索ceRNA网络和精子发生转录调控的关系。1.基于RNA-seq数据分析小鼠精子发生... 

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【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
第一章 文献综述
    1.1 精子发生过程简述
    1.2 小鼠精子发生过程中的关键基因
    1.3 精子发生过程中的非编码RNA
        1.3.1 精子发生过程中的microRNA
        1.3.2 精子发生过程中的长链非编码RNA
    1.4 ceRNA研究现状
    1.5 本论文的研究目的
第二章 材料与方法
    2.1 数据的收集和整理
        2.1.1 小鼠参考基因组文件及注释文件
        2.1.2 小鼠microRNA数据和注释的获取
        2.1.3 小鼠转录因子数据库的获取
        2.1.4 小鼠精子发生过程中高通量测序数据的收集与处理
        2.1.5 miRNA和基因间的相互作用
    2.2 方法
        2.2.1 实验流程
        2.2.2 小鼠精子发生过程中的microRNA
        2.2.3 精子发生过程中的lncRNA和 mRNA
        2.2.4 筛选精子发生过程中的ceRNAs
第三章 结果
    3.1 精子发生过程中的miRNA与靶基因的相互作用
    3.2 RNA-seq数据的分析
    3.3 lncRNA作为ceRNA的调控网络的构建
        3.3.1 lncRNA-mRNA关系的鲁棒性分析
        3.3.2 ceRNA网络的优化
    3.4 精子发生过程特异的ceRNA网络
        3.4.1 阶段特异表达的基因与精子发生的功能密切相关
        3.4.2 基于差异基因的ceRNA网络
    3.5 ceRNA网络分析
        3.5.1 ceRNA网络展示
        3.5.2 ceRNA网络中的度
        3.5.3 ceRNA网络中的转录因子
        3.5.4 ceRNA网络与组织特异性
        3.5.5 ceRNA网络分析小结
    3.6 ceRNA网络中的mRNA呈动态表达
    3.7 高表达miRNA相关的ceRNA网络
    3.8 高置信度的ceRNA关系对筛选
        3.8.1 ceRNA关系对的Fisher精确检验
        3.8.2 基于表达的ceRNA关系对打分
第四章 讨论与结论
    4.1 讨论
    4.2 结论
    4.3 主要特色
附录
    附录A 两种情况下的富集分析结果
致谢
作者简介



本文编号：3714408