微生物基因组数据鉴定方法研究

发布时间：2022-12-09 01:40

　　随着DNA测序技术的发展,生物信息学的基因测序数据呈现出了爆炸式的增长趋势,随着研究人员对生物基因信息研究的逐渐加深,随之出现了大量的基因组测序数据。大量的基因组测序数据为生物信息的研究提供了数据基础,但是后续的分析和处理上仍然存在挑战。对于没有经验、没有足够生物信息学技能的用户来说,通过读数分析使测序数据合理地用于微生物鉴定,尤其是细菌鉴定,仍然是一个挑战。而在过去的几十年里,真菌导致的病害引起了广泛关注。随着测序技术的发展,对真菌测序分析成为了真菌研究的一个新的方向,但是随着真菌数据的逐渐增多,现在缺乏充足功能的分析工作流。尤其是基于真菌的染色体基因组的鉴定和注释。正如人们所知的那样,历史上的许多病毒都导致了大量的普通人感染和许多感染者的死亡。除了这些会对人类产生巨大危害的病毒外,许多症状轻微的病毒也需要得到人类的关注。并且随着时间推移,病毒往往在不断的变异。在现在人类对于病毒的研究还远远不够,甚至病毒的完整基因组测序数据仍然很少,所以对病毒的鉴定和分析仍存在挑战。为了改善应用微生物基因组信息受阻于有效分析结果的生物信息学挑战的局面,本文开发了一种名为PBGI的自动化生物信息学分析... 

【文章页数】：71 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 课题背景及研究的目的和意义
    1.2 国内外研究现状
        1.2.1 国外研究现状
        1.2.2 国内研究现状
        1.2.3 国内外的一些测序数据处理工具
    1.3 本文的主要研究内容
        1.3.1 基于第二代测序技术和第三代测序技术的细菌种类鉴别和功能注释
        1.3.2 基于第二代测序技术和第三代测序技术的真菌种类鉴别和功能注释
        1.3.3 基于第二代测序技术和第三代测序技术的真菌种类鉴别和功能注释
    1.4 章节安排
第2章 基于第二代测序技术和第三代测序技术的细菌种类鉴别和功能注释
    2.1 引言
    2.2 序列预处理
    2.3 重测序分析
    2.4 从头测序分析
    2.5 实验结果
        2.5.1 利用短读长的细菌基因组进行评估
        2.5.2 利用长读长的细菌基因组进行评估
        2.5.3 使用测序梭菌菌株进行评估
    2.6 本章小结
第3章 基于第二代测序技术和第三代测序技术的真菌种类鉴别和功能注释
    3.1 引言
    3.2 序列预处理
    3.3 参考基因组鉴定
    3.4 基因注释
    3.5 实验结果
        3.5.1 使用真菌短读长序列测试
        3.5.2 使用长读长真菌测序数据的测试
        3.5.3 参考基因组鉴定分析
    3.6 本章小结
第4章 基于深度学习的病毒种类鉴别和功能注释
    4.1 引言
    4.2 数据预处理
    4.3 输入序列预处理
    4.4 病毒种类鉴定方法
    4.5 序列注释功能
    4.6 实验结果
        4.6.1 利用短读长的病毒基因组进行评估
        4.6.2 利用长读长的病毒基因组进行评估
    4.7 本章小结
结论
参考文献
附录
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]3万亿美元:全球经济或为甲型H1N1流感买单[J]. 顾列铭.  观察与思考. 2009(10)
[2]SARS影响国民经济的短期与长期分析[J]. 李正全.  经济科学. 2003(03)



本文编号：3714553