桃及其野生近缘种中病毒组研究

发布时间：2023-02-11 12:10

　　桃(Prunus persica L.)是具有重要经济价值的核果类果树,我国是世界最大的桃生产国和消费国。然而,桃树在其生长发育过程中易受多种病毒的侵染,从而影响桃树的生长、发育和生产,进而制约桃产业的健康、可持续发展。目前对于我国桃树病毒的种类、不同桃种质中病毒发生情况及其遗传多样性和演化等问题仍缺少全面的认识。本研究利用高通量测序对桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品进行病毒鉴定,分析不同桃种质中的病毒组成差异,分析病毒的遗传多样性和遗传演化,鉴定了5种桃病毒新种。首先,明确桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品中的病毒种类和组成情况。RNA-seq(RNA sequencing)和sRNA测序比较发现,RNA-seq可以拼接获得比sRNA测序更完整的病毒基因组序列和检出更多的病毒种类。因此选用RNA-seq对桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品进行病毒鉴定,经RT-PCR验证,共鉴定出15种已知植物病毒、2种类病毒及新病毒5种。其中,发生最为普遍的病毒和类病毒有桃相关黄症病毒属病毒、李属坏死环斑病毒、桃病毒D、李树皮坏死茎痘相关病毒、油桃茎痘相关...

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【学位级别】：博士

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摘要
abstract
第一章 绪论
    1.1 本研究的目的及意义
        1.1.1 本研究的目的
        1.1.2 本研究的背景及意义
    1.2 桃病毒研究进展
        1.2.1 桃病毒种类
        1.2.2 桃病毒发生分布及危害
        1.2.3 主要桃病毒的研究现状
    1.3 植物病毒检测技术研究进展
        1.3.1 常用检测技术
        1.3.2 高通量测序技术简介
        1.3.3 高通量测序检测病毒的方法
        1.3.4 生物信息学分析
    1.4 高通量测序技术在植物病毒学研究中的应用
        1.4.1 果树病害中的病毒鉴定
        1.4.2 植物病毒群体多样性和演化研究
        1.4.3 植物与病毒互作研究
第二章 桃种质样品中病毒检测
    2.1 材料
        2.1.1 桃叶片样品的收集
        2.1.2 主要的试剂及仪器
    2.2 试验方法
        2.2.1 总RNA提取
        2.2.2 总RNA质量检测、文库构建与测序
        2.2.3 生物信息学分析
        2.2.4 病毒验证
    2.3 结果
        2.3.1 高通量测序检测桃病毒方法比较
        2.3.2 RNA-seq检测桃种质样品中的病毒
        2.3.3 RT-PCR验证
        2.3.4 桃及其野生近缘种中的病毒种类和组成分析
    2.4 讨论
第三章 桃病毒序列多样性和遗传演化分析
    3.1 试验数据与方法
        3.1.1 数据
        3.1.2 序列多样性及重组分析
        3.1.3 遗传演化分析
    3.2 结果
        3.2.1 桃病毒种群内的序列多样性
        3.2.2 PaLV的遗传演化分析
        3.2.3 NSPaV的遗传演化分析
        3.2.4 PLPaV的遗传演化分析
        3.2.5 APV1、2、3的多样性和遗传演化分析
        3.2.6 PNSRV的多样性和遗传演化分析
        3.2.7 其它桃病毒的多样性和遗传演化分析
    3.3 讨论
第四章 新病毒的鉴定
    4.1 试验材料及方法
        4.1.1 植物材料
        4.1.2 病毒基因组扩增及测序
        4.1.3 序列分析
        4.1.4 生物学试验
        4.1.5 电镜观察
    4.2 结果
        4.2.1 桃褪绿叶斑病毒(peach chlorotic leaf spot virus,PCLSV)
        4.2.2 桃病毒1(peach virus1,Pe V1)
        4.2.3 桃病毒2(peach virus2,Pe V2)
        4.2.4 两个斑点病毒属新病毒种
    4.3 讨论
第五章 结论
参考文献
附录 A
附录 B
致谢
作者简历



本文编号：3740362