青海省裂腹鱼DNA条形码及其特征性诊断位点研究

发布时间：2023-02-27 19:25

　　青海省裂腹鱼鱼类至少有20种,占青海省土著鱼类的40%以上;其中5种为濒危物种,8种为易危物种。准确的物种鉴定对于这些物种的保护至关重要。传统分类学方法在裂腹鱼类的物种鉴定中不仅操作繁复,甚至易出现错误。因此,有必要开发一种能够快速对各裂腹鱼物种进行准确鉴定的方法。DNA条形码技术(DNA barcoding)是一种用于快速鉴定物种的分子技术,Self-Organized Map(SOM)可用于预测不同分类群间的特异性诊断位点。本研究基于COI基因,并以Cyt b基因作为分子参照,开展了青海省裂腹鱼DNA条形码及其特征性诊断位点研究,主要研究结果如下:1.本研究共获得了青海省24个采样点159尾(8属15种/亚种)裂腹鱼的COI基因序列(648 bp)。经Blast比对,鉴定率达98%。基于Kimura-2-Parameter(K2P)模型,COI序列的平均种间遗传距离为9.17%,约为平均种内遗传距离(0.22%)的42倍;但仅5种裂腹鱼的遗传距离同时符合2%阈值和10倍原则,暗示种间距离与种内距离存在重叠区。Cyt b序列分析也得到相同的结果。此外,Automatic Barcod...

【文章页数】：56 页

【学位级别】：硕士

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中文摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 裂腹鱼资源及其研究现状
        1.1.1 裂腹鱼简介
        1.1.2 青海省裂腹鱼资源状况
        1.1.3 裂腹鱼研究现状
    1.2 DNA条形码分子标记及研究现状
        1.2.1 DNA条形码简介
        1.2.2 DNA条形码分子标记
        1.2.3 DNA条形码研究现状
    1.3 SOM法
    1.4 研究目的与意义
    1.5 分析软件
第二章 材料与方法
    2.1 实验器材与试剂
        2.1.1 实验器材
        2.1.2 实验试剂
    2.2 实验方法
        2.2.1 采样
        2.2.2 DNA提取、PCR扩增及测序
        2.2.3 数据分析
第三章 结果与分析
    3.1 基因组DNA提取及扩增测序结果
    3.2 COI条形码序列特征
    3.3 COI条形码物种鉴定有效性
        3.3.1 Blast比对结果
        3.3.2 遗传距离分析结果
        3.3.3 系统发育分析结果
    3.4 裂腹鱼类种级特征性诊断位点
第四章 讨论
    4.1 COI条形码有效性分析
    4.2 物种鉴定中的异常种群/个体分析
    4.3 COI片段作为DNA条形码的优劣势
    4.4 SOM预测模型在物种水平上的可行性
    4.5 实验动物福利
第五章 结论与展望
参考文献
致谢
个人简历



本文编号：3751304