基于转录组数据的珠子参WRKY转录因子序列分析

发布时间：2023-07-25 05:26

　　珠子参作为一种珍稀药用植物,可以为我们提供珍贵的药物资源,而作为高等植物中最大转录因子之一的WRKY转录因子在珠子参中的研究鲜有报道。主要分析珠子参WRKY转录因子序列,首先从珠子参转录组数据中筛选出长度大于500 bp的WRKY基因,然后进行保守结构域分析,同时用这些序列与珠子参所含成分相似的人参属植物人参、三七、西洋参的WRKY转录因子进行多序列比对,可以预测序列之间的结构和功能,然后做系统发育分析,分析序列之间的同源关系,最后将具有WRKY保守结构域的序列与珠子参茎节与节间总差异表达中筛选出交集,将交集基因及其差异表达数据绘制出热图,可以得到各差异表达基因的关系及基因表达水平。结果显示,72条珠子参WRKY转录因子序列中共有45条序列具有WRKY保守结构域,其中包含8个I组WRKY转录因子、2个III组WRKY转录因子、32个II组WRKY转录因子,剩余3个锌指结构缺失的WRKY转录因子。从进化关系来看,其中有6个珠子参WRKY转录因子跟人参、西洋参、三七的亲缘关系比较近。从差异表达基因来看,大多数WRKY基因在珠子参的根茎的茎节中的表达水平较高,而在根茎的节间中WRKY基因表达...

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【文章目录】：
1 引言
2 材料与方法
    2.1 实验材料
    2.2 实验方法
        2.2.1 珠子参WRKY基因筛选
        2.2.2 保守结构域分析
        2.2.3 多序列比对及系统进化分析
        2.2.4 WRKY差异表达基因模式分析
3 结果与分析
    3.1 珠子参WRKY基因
    3.2 WRKY基因保守结构域氨基酸比对结果
    3.3 WRKY基因同源性分析结果
    3.4 WRKY差异表达基因模式分析结果
4 结论与讨论



本文编号：3837246