植物基因组重复序列的系统演化研究

发布时间：2023-11-05 09:00

　　重复序列是植物基因组的主要组成部分,在基因组结构变异中起着重要作用。利用NCBI数据库中459种植物的基因组,对全部基因组基于最新的DFAM和repbase数据库重新注释了串联重复序列和转座子(Transposable Element,TE),并发布了植物重复序列的新数据库:PlantRep。通过植物系统演化的基因组重复序列的比较,揭示了不同植物类群中存在重复序列对基因组的贡献的异同。通过对重复序列亚家族的深入比较,发现在植物演化的类群中存在从低等植物向高等植物递增的分布和只存在于部分物种的特异分布。比较不同植物类群重复序列拷贝的核苷酸序列,发现了植物不同类群之间核苷酸分歧率存在差异。结合基因注释,研究了在基因不同区域重复序列的分布频率。PlantRep揭示了不同植物类群重复序列的分布特征,并为植物重复序列的比较基因组研究提供了数据基础。

【文章页数】：96 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
主要符号对照表
第一章 绪论
    1.1 重复序列概述
    1.2 植物基因组进化研究的基础
    1.3 重复序列进化假说
        1.3.1 基因组大小的进化
        1.3.2 基因组和重复序列之间的关系
    1.4 重复序列进化速率的研究
    1.5 重复序列与基因关系的研究
    1.6 重复序列的系统演化
        1.6.1 重复序列演化研究现状
        1.6.2 植物重复序列进化的研究现状
    1.7 本研究的目的和意义
第二章 材料和方法
    2.1 基因数据、基因组数据和数据库
    2.2 植物分类
    2.3 重复序列家族基本特征的统计
    2.4 重复序列超家族的存在和缺失
    2.5 重复序列家族的分歧率计算
    2.6 LTR插入时间的计算
        2.6.1 Intact LTR的筛选
        2.6.2 插入时间的计算
    2.7 基因内部及其侧翼的重复序列分析
第三章 结果
    3.1 重复序列家族基本特征的统计
        3.1.1 基因组中重复序列的总比例
        3.1.2 重复序列对不同植物群基因组的相对贡献
        3.1.3 LTR
        3.1.4 TIR
        3.1.5 LINE和 SINE
        3.1.6 简单重复序列
        3.1.7 Rolling Circle
    3.2 重复序列亚家族的存在和缺失
        3.2.1 LTR
        3.2.2 DNA转座子
        3.2.3 LINE
        3.2.4 水平转移
    3.3 重复序列在不同类群中的扩增及多样化演化
        3.3.1 LTR的核苷酸差异
        3.3.2 植物LTR爆发时间
        3.3.3 LINE与 SINE的核苷酸差异
        3.3.4 TIR的核苷酸差异
    3.4 基因内部和其侧翼的重复序列分析
        3.4.1 LTR
        3.4.2 LINE
        3.4.3 SINE
        3.4.4 DNA转座子
        3.4.5 简单重复序列
第四章 讨论
第五章 结论
参考文献
附录
致谢
作者简历



本文编号：3860720