拟南芥核基因组与大麦叶绿体基因组RNA编辑的鉴定与分析

发布时间：2023-11-06 19:38

　　RNA编辑是指DNA转录形成RNA过程中碱基发生改变的现象,其可能发生于RNA转录过程或者前体RNA转录后加工过程,一般以后者为主。RNA编辑通过对转录本的再修饰,丰富了基因表达方式,直接或间接地调节了基因表达水平,是丰富遗传信息、参与生命活动调控的重要方式。基于高通量测序的RNA-Seq技术的发展和各种生物信息工具的研发使得大规模鉴定基因组中的RNA编辑事件成为可能,但目前相关研究主要集中在人类和模式动物中,在植物领域的研究还比较少。鉴于此,本研究以拟南芥核基因组和大麦叶绿体基因组为研究对象,在检索、收集大量的RNA-Seq数据的基础上,利用RES-Scanner软件对拟南芥核基因组和大麦叶绿体基因组的RNA编辑事件进行了系统的预测与鉴定分析,以期初步明确植物核基因组和细胞器基因组RNA编辑的组成和特征,为进一步开展植物RNA编辑的生物学功能研究奠定基础。主要取得了如下结果:(1)利用拟南芥生殖生长阶段的84个转录组数据,以拟南芥基因组为参考,共鉴定到26,231个RNA编辑位点;经过去冗余和注释后得到1,886个unique位点;各染色体长度和该染色体上的转录本数目与RNA编辑事件...

【文章页数】：71 页

【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1.1 测序技术和转录组测序技术
        1.1.1 测序技术的发展
        1.1.2 转录组测序技术
        1.1.3 链特异性RNA-seq测序
    1.2 RNA编辑及其研究进展
        1.2.1 RNA编辑的发现
        1.2.2 RNA编辑的机制和特征
        1.2.3 基于二代测序技术的RNA编辑位点检测
    1.3 研究目的及意义
第二章 拟南芥核基因组RNA编辑的鉴定与分析
    2.1 试验数据
    2.2 试验方法
        2.2.1 试验数据的预处理
        2.2.2 RNA编辑事件识别和鉴定
        2.2.3 RNA编辑位点的注释
        2.2.4 RNA编辑类型的确定
        2.2.5 基因表达水平的定量方法
    2.3 结果与分析
        2.3.1 RNA编辑事件在染色体上的分布
        2.3.2 RNA编辑事件在基因组上的分布
        2.3.3 RNA编辑事件的编辑类型和序列特征分析
        2.3.4 RNA编辑事件对氨基酸的潜在影响
        2.3.5 RNA编辑事件对miRNA的潜在影响
        2.3.6 RNA编辑事件对mRNA翻译效率的潜在影响
    2.4 讨论
第三章 大麦叶绿体基因组RNA编辑的鉴定与分析
    3.1 试验数据
    3.2 试验方法
    3.3 结果与分析
    3.4 讨论
第四章 结论
参考文献
附录
附录A 试验涉及的Python脚本
致谢
个人简历



本文编号：3861144