枇杷果实坐果前后差异基因筛选

发布时间：2024-02-07 04:23

　　枇杷(Eriobotrya japonica)在坐果前后,小果花萼由开放状态转为闭合状态。为获得这一过程中促进果实发育膨大的相关基因,本研究以‘火炬’、‘田中’和‘白玉’开萼和闭萼的果实为试验材料,进行转录组测序分析。共获取40 Gb测序数据,每个样本的数据量在6.67～6.88 Gb之间,平均为6.75 Gb。对测序数据进行重头拼接后获得37 129个Unigene。分离鉴定到了518个共性差异表达基因。根据注释信息筛选出16个基因可能与枇杷开闭萼前后促进果实发育有关。其中包括6大类:WOX基因、赤霉素相关基因、生长素结合蛋白相关基因、扩张蛋白基因、脱落酸相关基因和乙烯相关基因。前4类与细胞分裂和增大直接相关,在坐果后发生显著上调表达。后2类中脱落酸和乙烯均与落果有关,在授粉后,这些基因被显著抑制。每个大类选择1～2个基因进行荧光定量验证,结果显示这些基因的荧光定量结果和转录组的FPKM值趋势吻合。该研究为枇杷坐果提供重要的分子理论指导,相关的差异基因的挖掘有助于枇杷坐果的分子机制解析。

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

图1六个样品聚类分析

使用Tophat软件计算每个Unigene的FPKM值并分离差异基因。‘田中’的开萼闭萼果样本间比较后(图2A)，上调基因有692个，下调基因有1814个。‘火炬’的上调基因有1256个，下调基因有1185个。‘白玉’的上调基因有410个，下调基因有2309个。韦恩图显示....

图2差异表达基因分析

根据上述16个基因的分类情况，每个大类选择1到2个基因，共计8个基因进行荧光定量PCR，例如CL4198Contig1(WOX基因)，CL30077Contig1(脱落酸8"-羟化酶)等(图3)。结果显示无论是上调还是下调基因，FPKM值和QPCR计算出的表达量的趋势一致，说....

图38个基因的qPCR验证

使用Trinity对CleanReads进行序列组装，最终获得目的枇杷的转录本文库。使用Tophat对转录本中Unigene的表达量进行计算，得到FPKM(Fragmentsperkilobaseoftranscriptpermillionfragmentsm....

图4枇杷开萼闭萼果实样品

使用荧光定量检测候选基因在6个样本中的相对表达量，每个样本含有3次生物学重复，共计18个样品。各取1μg总RNA，使用TaKaRa公司的PrimeScriptTMRTreagentKitwithgDNAEraser(RR047Q)进行反转录成cDNA。然后使用TB....

本文编号：3896754