整合性接合元件SXT/R391的生物信息学分析

发布时间：2024-04-27 21:54

　　整合性接合元件(ICE)是一种可自传递的移动遗传元件(MGE)。整合性接合元件常赋予宿主细菌新的性状,如耐药性和致病性等。目前,SXT/R391 ICE是ICE数据库中列出的最大的整合性接合元件,近几年携带SXT/R391元件的细菌在临床和环境中出现的频率逐渐增高。它们已成为传播众多抗生素抗性基因的重要载体。随着SXT/R391元件的增多,目前已经积累了许多相关的研究,但这些研究主要集中在SXT/R391元件基因组结构、基因功能、固定的分子机制等方面,有关SXT/R391元件进化的系统研究报道很少。因此,为了更有效的应对SXT/R391元件基因组进化与传播带来的潜在威胁,我们对SXT/R391元件的基因组进化、传播扩散规律展开了系统的研究。在本文的第一部分工作中,我们首先对现有的数据进行有效的筛查,搜集和整理了83个获得全基因组序列的SXT/R391元件。通过开发的预测SXT/R391元件的方法,预测到29个SXT/R391元件。之后对29个新元件和其所在基因组的GC含量、密码子适应性指数、有效密码子数分析。结果发现海洋细菌菌株中携带的SXT/R391元件在上述核酸组成分指标均与宿主的...

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【部分图文】：

图1所示，A）ICE被整合到染色体的一个位点中，并由右端（attR）和左端（attL）上的特定序列限制

军事科学院硕士学位论文第2页复制及加工模块（replication/DNAprocessingmodule）、DNA分泌模块（DNAsecretionmodule）和调控模块（theregulationmodule）。整合与剪切模块的主要功能是催化ICE特异性整合进宿主染色体以及....

图2SXT/R391元件的结构示意图

iT下游的mobI,为转移过程必需基因,其功能与oriT识别有关。λRed-like的同源重组系统（bet/exo）负责SXT/R391元件间的重组，traG、eex则为编码排斥系统的基因，用于阻止同一个宿主细胞再次获得密切相关的同类ICE（称之为进入排斥）。基于eex基因，SX....

图1.1SXT/R391元件的菌属分布

军事科学院硕士学位论文第13页pleuropneumoniaeMF490434107395France2012stoolsICEPmiFra1ProteusmirabilisMG01439391669China2011patientICESupCHN110003Shewanell....

图1.229个新元件和其所在基因组的G+C含量示意图

UCM-V493112512109,flgR,vasH,flgR,hspX,clpC,clpE,clpV1,clpB/vasG,bfpH1.3.3SXT/R391元件与其宿主的核酸组成分析研究发现由于选择压力的不同、突变的偏好性以及DNA修复相关的偏好性重组使不同的物种....

本文编号：3965764